После 1937 года для тех, кто писал доносы, и для тех, кто их читал, «вина» академика Вавилова окончательно прояснилась. Теперь в агентурное дело директора ВИРа потоком пошли сообщения о его антилысенковских (а следовательно — антисоветских) деяниях. Одно из таких «дел» за номером 30.06.69, заведенное в декабре 1938 года, так прямо и называлось: «Генетика». Собранные в трех томах материалы сводились к тому, что академик Вавилов Н. И. объединил вокруг себя антисоветски настроенных научных работников не только в Институте растениеводства, но и в Институте генетики АН СССР. Эти возглавляемые Вавиловым контрреволюционеры (имярек) защищают реакционные расовые теории буржуазных ученых, противопоставляют себя академику Лысенко и не желают признавать его трудов.
Почему же после таких обвинений Николай Иванович еще оставался на свободе? До поры до времени его спасала международная известность, слава великого ученого. Но там, где происходит непрерывное накопление взрывчатого материала, катастрофа рано или поздно неминуема. В начале 1939 года, вскоре после того как Сталин и Лысенко были «избраны» в члены Академии наук СССР, заместитель Берии Кобулов, очевидно, по указанию своего шефа подвел итоги многолетней слежки за Вавиловым в специальной докладной записке «о борьбе реакционных ученых против академика Т. Д. Лысенко». Гроза нависла теперь не только над Вавиловым и его учителем академиком Прянишниковым, которые, по словам Кобулова, «становятся в позу защитников советской генетики от «нападок» Лысенко и усиленно пытаются дискредитировать Лысенко как ученого». Кобулов назвал противниками Лысенко также президента АН СССР В. Л. Комарова, вице-президента АН СССР Г. М. Кржижановского, академика А. Е. Ферсмана, Л. А. Орбели, члена-корреспондента Н. К. Кольцова и многих других.
От кобуловской докладной уже совершенно явственно благоухает дворцовой кухней. Один из руководителей органов госбезопасности заявил о своей готовности раздавить любого (даже президента Академии наук, даже друга Ленина, старейшего большевика Г. М. Кржижановского), кто посягнет на святейшие догматы Трофима Денисовича Лысенко. Трудно предположить, что Кобулову (человеку, кстати сказать, совершенно безграмотному) ламаркизм Лысенко казался более достоверным биологическим учением, нежели дарвинизм Вавилова. Машина Берии брала под защиту не президента ВАСХНИЛ, не «мичуринскую» биологию, но нежно любимого сталинского фаворита. Вероятно, весной 1939 года, во время одного из приемов на высшем уровне, Лысенко пожаловался на помехи, которые вавиловцы чинят, нет, не ему, конечно, а социалистическому сельскому хозяйству. Отличный актер, Трофим Денисович, когда надо, умел пробуждать к себе и симпатии, и сострадание. В Кремле-то, надо полагать, он делал это особенно артистично. Ему удалось вызвать недовольный рев Сталина, а этого достаточно было, чтобы Берия немедленно сделал «организационные выводы». Судьба академика Николая Вавилова была решена тогда же — летом 1939 года, и только обстоятельства международного характера оттянули арест на несколько месяцев.
Летом 1939 года в столице Шотландии состоялся наконец VII Международный конгресс генетиков. В мировой прессе широко обсуждался вопрос о президенте конгресса: должен ли в Эдинбурге председательствовать Вавилов или в соответствии с правилами руководство конгресса следует передать виднейшему генетику Шотландии доктору Кру? Николай Иванович получил в связи с этим много писем от своих друзей из Англии, Америки и других стран. Большинство генетиков мира стояли за него и выражали надежду на скорую встречу в Эдинбурге. Когда до начала конгресса осталось два месяца, директор ВИРа обратился за разрешением на выезд. Он написал сначала президенту АН СССР Комарову, потом Молотову и наркому иностранных дел Литвинову. В письмах, написанных с большим чувством, он настойчиво убеждал наркома иностранных дел и председателя Совнаркома, что его поездка носит отнюдь не личный характер, что она поднимает международный престиж страны. Вавилов объяснил, что политически выгодно провести конгресс под эгидой Советского Союза как страны, имеющей блестящие достижения в области генетики. Это привлечет к СССР симпатии западной интеллигенции.