Особенно остро пережил Вавилов разлуку с Костовым. Жена болгарского ученого, Анна Анатольевна, так описала обстоятельства их отъезда из СССР. «Однажды в 1939 г. муж сказал мне, что настолько предан и любит Советский Союз, что ему доставляет жестокое страдание, когда к нему, как иностранцу, относятся с подозрением. Я больше этого не могу переносить», — признался он. Николай Иванович старался и в этот вопрос внести свой оптимизм. «Что ж, уезжайте пока, но я уверен, что это явление временное и оно пройдет. Оставайтесь нашими друзьями, как мы останемся вашими друзьями. Ваша Болгария так близка от нас географически, что и вы к нам и мы к вам будем приезжать. А через некоторое время, я уверен, пройдет это напряженное положение, и мы опять пригласим вас». На вокзале последние слова, которые мы слышали от Николая Ивановича, были: «Дорогие друзья, мне вас будет не хватать. Надеюсь на скорое свидание».
Миновала война, и гражданин Народной Республики Болгарии Дончо Костов вновь посетил Советский Союз. «Мы целый день проговорили с ним о событиях 30-х годов, о ВИРе и Вавилове, — рассказывает московский профессор А. И. Атабекова. — Костов вспомнил о последнем расставании. Николай Иванович сам внес тяжелый чемодан в вагон. «В ту минуту, когда поезд должен был тронуться от московского перрона, — сказал Костов, — я заглянул в его глаза.
Они были грустные». И тут (добавляет проф. Атабекова) наша беседа оборвалась. Произошло то, чего я никак не ожидала, Дончо Костов, немолодой уже, мужественный человек, уронил седеющую голову на руки и беззвучно заплакал…»
Так называемая борьба против преклонения перед иностранщиной, начавшаяся с нападок на заграничные экспедиции, понемногу стала распространяться на всю зарубежную литературу, вспоминает ближайшая сотрудница Вавилова профессор Евгения Николаевна Синская. Слова «мировая литература» стали чем-то ругательным. В этом отношении постоянно подливали масло в огонь лысенковцы, считавшие, что они достигли вершин биологической мысли и незачем тратить время на ознакомление с другими теориями. Нет надобности и в иных биологических изданиях, кроме их журнала «Яровизация». В тех сборниках, которые удавалось продвинуть в печать, приходилось вести борьбу за каждый список иностранной литературы. Усердные редакторы корпели над рукописями, тщательно изгоняя «преклонение». Особенно старательные стремились изгнать даже укоренившиеся в русском языке иностранные термины. Слово центр заменяли «серединой» или «средоточием», «перпендикулярный» — «направленным под прямым углом», «филогенетический» — «родоначальным» и т. д., не очень заботясь о том, точно ли соответствуют русские выражения иноязычным.
Профессор Синская свидетельствует, что в 1936–1940 годах в ВИРе и других институтах «много ценной литературы изымалось из пользования, и хорошо еще, что она не всегда уничтожалась. Часто ее клали под спуд или выдавали ограниченному кругу читателей. Вырастало особое поколение «непомнящих родства», начинающих историю науки, особенно биологической, с сегодняшнего дня и зачастую тратящих силы на открытие Америки».
В начале 1940 года Лысенко, которому уже удалось к этому времени лишить профессуру университетов, медицинских, педагогических и сельскохозяйственных институтов права преподавать студентам подлинную биологию (ее заменила так называемая «мичуринская» биология), обратил внимание на школьников. «Вопросы менделизма-морганизма надо изъять из программы по дарвинизму для средней школы, — писал он заместителю наркома просвещения РСФСР. — Это, на мой взгляд, целесообразно, хотя бы уж по одному тому, что ведь средняя школа должна обучать учащихся основам науки: менделизм же и морганизм, конечно, малое отношение имеют к основам науки».
Вавилов как мог противоборствовал обнищанию биологии. По его инициативе в середине 30-х годов Институт растениеводства предпринял издание трех капитальных многотомных трудов: «Растениеводство СССР», «Теоретические основы селекции растений» и «Культурная флора СССР». Но довести до конца удалось лишь второй труд, тот самый, которым так интересовались немцы. Тридцать седьмой недобрый год оказался рубежом и для издательской деятельности Вавилова. Из «Растениеводства СССР» издали только часть первого тома. «Культурная флора СССР», призванная подытожить огромную ботанико-географическую работу вавиловского коллектива, тоже оказалась изданной лишь в незначительной части. «Рукописи кочевали от одного рецензента к другому и, наконец, окончательно потонули в издательской пучине», — вспоминает один из авторов, профессор Купцов.