8 августа 1941 года Вавилов подал заявление на имя Берии:
«В связи с возбуждением Вами ходатайства о моем помиловании и отмене приговора Военной коллегии, а также учитывая огромные требования, предъявленные всем гражданам Советского Союза в связи с военными событиями, позволю себе ходатайствовать о предоставлении мне возможности сосредоточить работу на задачах наиболее актуальных для данного времени по моей специальности — растениеводству. (Выделено везде Вавиловым. — М. П.)
1) Я мог бы закончить в течение полугода составление «Практического руководства для выведения сортов культурных растений, устойчивых к главнейшим заболеваниям».
2) В течение 6–8 месяцев я мог бы закончить при напряженной работе составление «Практического руководства по селекции хлебных злаков», применительное к условиям различных районов СССР.
Мне также близки области субтропического растениеводства, включая культуры оборонного значения, как тунговое дерево, хинное дерево и др., а также растения, богатые витаминами.
Весь свой опыт в области растениеводства, все свои знания и силы я бы хотел отдать полностью Советской власти и моей Родине, там, где я мог бы быть максимально полезен.
>8.8.1941 г.
Бутырская тюрьма, к[амера] 49 Николай Вавилов».
Прошел август, сентябрь, половина октября. Громоздкая и медлительная бюрократическая машина на Лубянке все еще не решила окончательно, убить ли Вавилова сразу или он может пригодиться. Возможно, что в конце концов машина пришла бы к разумному выводу, но вмешались непредвиденные обстоятельства.
15 октября 1941 года, когда посланец Берии в очередной раз явился в камеру Николая Ивановича с тем, чтобы продолжить собеседования о войне и фашизме, немецкие танки подступили к окраинам Москвы. Положение столицы стало критическим. Официальная пресса продолжала скрывать действительную обстановку на фронте, но слухи о близости немцев просочились в город. Утром 16 октября в Москве вспыхнула паника, жители устремились из города на Восток. В середине дня разладилась работа городского транспорта, кое-где начали громить магазины. Беспокойство усилилось еще больше после того, как учреждениям было приказано жечь архивы. Органы НКВД начали массовую эвакуацию заключенных. Академик Вавилов был среди тех тысяч обитателей Внутренней тюрьмы НКВД, Бутырок, Таганки, Лефортова, которых свезли на вокзалы для отправки в тюрьмы Саратова, Оренбурга и Куйбышева.
Мне удалось разыскать несколько бывших заключенных, которые провели эту осеннюю ночь на вокзальных площадях. Доцент Андрей Иванович Сухно вспоминает: «Нас привезли из Бутырок на Курский вокзал что-нибудь около полуночи. Стража с собаками оцепила всю привокзальную площадь и приказала нам стать на четвереньки. Накануне в Москве выпал первый снег, он быстро растаял, и жидкая холодная грязь растеклась по асфальту. Люди пытались отползать от слишком больших луж, но этому мешала теснота, да и стража, заметив движение в толпе заключенных, принимала крутые меры. Сколько нас там стояло? Думаю, что не менее десяти тысяч, а может, и больше. По одежде и по внешнему облику все те, кого я видел ночью, с кем ехал потом в поезде, были московские интеллигенты. Так на четвереньках простояли мы часов шесть. Рассвело. На улицах стали появляться прохожие. Поднимать голову было настрого запрещено, но мы явственно слышали по своему адресу выкрики: «Шпионы! Предатели!»
Наконец подали вагоны, те самые «столыпинские», которые каждый русский знает по знаменитой картине Ярошенко «Всюду жизнь». На картине, как вы помните, арестанты через зарешеченное окно бросают хлебные крошки разгуливающим по перрону голубям. Идиллия! Ни о чем подобном мы, арестанты 1941 года, и помыслить не могли. Во-первых, потому, что в «купе», где царские жандармы возили пятерых заключенных, стража с красными звездами на фуражках набивала по 20–25 человек. Сидеть приходилось по очереди. От духоты и усталости люди теряли сознание».
Доктор биологических наук Михаил Семенович Мицкевич, арестованный на пятый день войны, добавляет: «До Саратова поезд шел недели две. В дороге мы голодали так, что к концу пути стали настоящими скелетами».