Осенью сорокового бурлил не только ВИР. По сведениям секретных агентов НКВД, арест Вавилова произвел «убийственное» впечатление на всю Академию наук СССР. В агентурных донесениях тех месяцев говорится: академики убеждены, что арест произведен по настоянию Лысенко. Академик Лузин назвал арест «очередным ужасом». За Вавиловым, сказал Лузин, не может быть никакого преступления, он — жертва клеветы и интриг. «Что они сделали! Они посадили в клетку гражданина мира!» — воскликнул академик Прянишников, когда до него дошли подробности ареста в Черновцах. Не остался равнодушным и президент АН СССР В. Л. Комаров. Он сказал академику Завидовскому, что Вавилова посадили в тюрьму, как жулика, разбойника и убийцу «за то, что он имел смелость не соглашаться с Лысенко».
Мнение В. Л. Комарова, зафиксированное столь ответственными лицами, как тайные агенты госбезопасности, для нас особенно интересно, ибо роль президента в судьбе Николая Ивановича была в разные годы весьма различной. Академик В. Л. Комаров (1869–1945), видный ботаник-флорист, конечно, презирал Лысенко. Ему едва ли доставила удовольствие комедия «выборов» безграмотного сталинского фаворита в действительные члены Академии в январе 1939 года. Но и слишком громкая слава Вавилова раздражала Комарова. Напрасно Николай Иванович при каждом удобном случае устно и письменно заявлял, что пальма первенства в русской ботанике принадлежит Владимиру Леонтьевичу. Комаров отлично понимал: первое лицо в этой области науки все-таки не он.
Несколько лет президенту пришлось вести двойную игру, маневрировать между силами, противоборствующими в биологической науке. И маневры его не всегда бывали пристойными. Профессор Николай Родионович Иванов (ВИР) вспоминает, что Комаров очень боялся посылать вавиловцев в зарубежные поездки. Экспедиционные документы лежали у него на подписи неделями и месяцами. Однажды Вавилов явился к президенту за объяснениями. Владимир Леонтьевич, стыдливо поеживаясь, признался: «Что поделаешь, подличаем… подличаем помаленьку…» Жена Дончо Костова приводит в своих мемуарах типичный для того времени эпизод. Место действия — какое-то заседание в академии, время — 1939 год. Лысенко произнес речь в своем обычном нигилистическом наступательном тоне. Потом слово взял президент академии В. Л. Комаров, одобрил его выступление. Когда заседание окончилось, Комаров пригласил Вавилова, а с ним и Дончо Костова в свой кабинет. Здесь, вынув из стола книгу Лысенко, он начал критиковать ее, высмеивать неграмотность автора. Николай Иванович нахмурился, бросил несколько иронических замечаний и холодно попрощался. Всем своим видом он показывал: двойственное поведение президента ему неприятно. Когда они вышли из кабинета, Вавилов, кивнув в сторону высоких президентских дверей, спросил Костова: «Видали? Каков наш Василий Шуйский?» «Об этом разговоре, — вспоминает А. А. Костова, — я узнала случайно: Дончо спросил меня, кто такой Шуйский. Ему, иностранцу, была незнакома личность прославленного Пушкиным лукавого царедворца».
Была и другая причина, разделявшая двух ботаников. В области общебиологических представлений президент АН СССР Комаров, как это ни покажется странным, стоял ближе к Лысенко, нежели к Вавилову. Он решительно не признавал трудов Моргана, Бэтсона, Нильсона-Элле, выводов современной науки о гене как носителе наследственных свойств организма. В книге «Происхождение культурных растений» (1938) Комаров писал:
«Изложив в той главе теории Н. И. Вавилова по возможности близко к подлиннику и отмечая, что на фоне мировой литературы по дарвинизму они являются наиболее крупными за последнее время, мы все же должны оговориться, что основа их, по-нашему, спорная. Суть дела в том, что и в теории гомологических рядов и в теории генных центров понятие о гене как о самодовлеющем материальном теле поставлено безоговорочно. Понятие о гене, о корпускуле, обусловливающей своим присутствием ту или другую особенность организма, как причина обусловливает действие, возбуждает в нас живейшее чувство противоречия».
Возможно, что «чувство противоречия», которое испытывал Владимир Леонтьевич по отношению к новейшим достижениям генетики, объяснялось тем, что в его почтенном возрасте ему уже трудно было освоить новые открытия. Но не исключено и другое: хитрый политик Комаров понял, что в обстановке победоносного наступления Лысенко и его «мичуринской биологии» безопаснее держаться подальше от всего того, что попахивает «тлетворным» духом Запада, западной науки, а заодно и от вавиловских работ.