Через две недели после проведения консультации спецподразделения полиции штата берут штурмом муниципалитет Сан-Андреса и взамен избранных сапатистских властей, сажают в кабинеты представителей ИРП. Проправительственная пресса сообщают новость о «конце еще одного сапатистского муниципалитета». Тем не менее, на следующий день около трех тысяч гражданских сапатистов мирным путем восстанавливают контроль над административным центром и берут его под свою охрану.
В этом же 1999 году начинается крупнейшая в истории Мексики забастовка главного вуза страны — УНАМ. Студенты и преподаватели требуют ограничить приватизацию образования. Многие из них становятся регулярными посетителями Лакандонской сельвы, где происходит постоянный обмен опытом и идеями. Сапатисты заявляют о своей поддержке студенческого движения и ведут постоянные дискуссии о путях совместного сопротивления.
В феврале 2000 года федеральная полиция Мексики нарушает университетскую автономию и, чтобы положить конец забастовке, входит на территорию УНАМ. Сотни студенческих руководителей и преподавателей оказываются за решеткой. САНО выступает с заявлением, осуждающем насилие и организует акции солидарности с заключенными студентами.
2 июля в стране проходят президентские выборы, кладущие конец 70 годам правления ИРП. Сапатисты, как обычно, не вмешиваются, не препятствуя проведению избирательных кампаний на своей территории и не выражая поддержки ни одному из кандидатов. Они выступают с заявлением, которое отражает позицию, которой они неизменно придерживались все эти семь лет: «Избирательный период — это не время сапатистов. И не только из-за нашего вооруженного сопротивления или потому, что у нас нет лица. Кроме всего этого и прежде всего — из-за нашего стремления найти новую форму делать политику, у которой мало или вообще ничего общего с формой сегодняшней… Согласно сапатистской идее, демократия — это нечто выстраивающееся снизу и вместе со всеми, даже с теми, чей образ мысли отличен от нашего. Демократия — это осуществление людьми власти постоянно и повсеместно». На выборах побеждает кандидат правой Партии Национальный Альянс, бывший управляющий мексиканским филиалом Coca-Cola Висенте Фокс Кесада. Фокс обещает, что решит чьяпасский конфликт за 15 минут и дает слово, что его правительство примет закон о конституционном признании прав и культуры индейцев, согласованный когда-то с сапатистами в Сан-Андресе.
2 декабря, на следующий день после принесения Фоксом президентской присяги в присутствии десятков местных и иностранных журналистов сапатисты проводят в Ла-Реалидад пресс-конференцию. Перед ее началом Маркос читает письмо-обращение к новому президенту: «Для сапатистов, во всем, что касается доверия, вы начинаете с нуля… У вас не должно быть сомнений — мы ваши противники. Единственное, что под вопросом, — это каким образом будет развиваться наше противостояние: путем гражданским и мирным или же мы должны оставаться с оружием в руках и со скрытыми лицами, чтобы добиться того, к чему стремимся, что является, сеньор Фокс, ничем иным, как демократией, свободой и справедливостью для всех мексиканцев… За эти почти семь лет войны мы пережили двух глав государства (самопровозгласившихся «президентами»), двух секретарей министерства обороны, шесть государственных секретарей, пять уполномоченных «по мирному урегулированию», пять «губернаторов Чьяпаса» и множество чиновников рангом ниже… В течение этих почти семи лет мы все время настаивали на диалоге. Мы делали так потому, что это наша обязанность перед гражданским обществом, потребовавшим от нас заставить замолчать оружие и искать мирного решения…. Если вы изберете путь честного, серьезного и уважительного диалога, то докажите на деле вашу готовность. Не сомневайтесь, что со стороны сапатистов ответ будет положительным. Так сможет возобновиться диалог и начнет строиться настоящий мирный процесс…» В качестве предварительных условий для возобновления диалога с правительством САНО выдвигает три условия: ратификация договоренностей, подписанных в Сан-Андресе, освобождение всех заключенных сапатистов в Чьяпасе и за его пределами и ликвидация семи из 259 военных баз в штате.
