Новая система, естественно, была сильным аргументом в руках сухопутных войск, получавших в руки новую фронтовую крылатую ракету с мощной боевой частью и хорошей для того времени дальностью. Но нашлись у неё и противники, указывавшие на уязвимость крылатой ракеты от средств ПВО (в отличие от ракеты баллистической). В 1965 году было даже проведено подобие учений, когда маршрут крылатой ракеты был известен до десятков метров, высота её — около 200 метров — была задана, время её прохождения известно до минут, а на одном из участков маршрута было выставлено несколько взводов «Шилок» (около двадцати машин). Открывшие шквальный огонь ЗСУ-23–4 «Шилка», имевшие скорострельность из всех четырёх стволов 44 выстрела в секунду, естественно, сбили одиночную ракету. Столь же невразумительными были учения ЗРВ МО ПВО в 100 километрах восточнее полигона Ашулук. ЗРК С-75, привлекаемые на учения, были срочно доработаны по снижению нижнего предела зоны поражения с высоты 1000 метров до высоты 300 метров. ВВС, к которым относились комплексы С-5, вооружённые ракетами ФКР-2, было запущено десять ракет. Восемь ФКР, которые шли на высотах 300 и более метров, были уничтожены. Две ракеты, следовавшие на высоте менее 300 метров, были пропущены: ЗУР, выпущенные по этим крылатым ракетам, столкнулись с землёй. Со стороны ВВС начальником группы ФКР был генерал-майор авиации (впоследствии генерал-лейтенант), в прошлом известный советский лётчик-истребитель, Герой Советского Союза С.Ф. Долгушин. По его команде двум ФКР была задана высота 200–250 метров, и они успешно преодолели зону ПВО.
В.Н. Челомей, в ответ на недостаточно аргументированные возражения некоторой части военных, доказывал, что при одном и том же стартовом весе (5,4 тонны) крылатая ракета С-5 летит на 500 километров, а баллистическая ракета Р-11 — только на 150 километров, обе имеют одинаковое круговое вероятное отклонение (3 километра), но заряд С-5 в несколько раз мощнее, при этом стоимость ЗУР вполне сопоставима со стоимостью ракет П-5 и С-5.
Позднее, в 1964 году, на вооружение был принят и модернизированный комплекс С-5М.
И вновь важнейшим изобретением коллектива В.Н. Челомея, впервые реализованным в комплексе С-5, некоторые исследователи считают использование именно в наземном комплексе пускового контейнера. Для того чтобы и в сухопутном комплексе сохранить неизбежный на подводной лодке контейнер, требовалось нетривиальное мышление, полагают они. Конечно, конструктивно пусковой контейнер сухопутного комплекса существенно отличается от лодочного. Он много легче, так как на него не действует давление воды в десятки атмосфер. Но он не только защищает изделие от погодных факторов и «неизбежных в пути случайностей», но многократно повышает боеготовность ракеты, позволяя вывозить её на боевые стрельбы заправленной и снаряжённой, в сопровождении личного состава, от которого только требуется штатно произвести пуск.
Заметим, что последними задачами, возложенными на ракеты П-5 и П-5М в 1970–1980-е годы в Советском ВМФ, было их использование в качестве мишеней. Яркий эпизод о зенитных стрельбах с участием этих ракет, состоявшихся в феврале 1979 года в условиях полярной ночи, оставил контр-адмирал В.Г. Лебедько: «В ходе стрельбы ракеты-мишени инспекция запустила со стороны полуострова Рыбачий. Стрелял БПК “Адмирал Юмашев” (командир капитан 2-го ранга Л. Стефанов)… Мы также отдавали себе отчёт, что успех стрельбы обеспечен трудом конструкторов, техников и рабочих, создавших это замечательное оружие» [67].
Сегодня хочется отдать должное В.Н. Челомею, выдающемуся конструктору и учёному, а также тому поколению людей, которое в трудные послевоенные годы, в условиях холодной войны, в исторически короткий срок сумело создать новое оружие, принципиально изменившее облик ВМФ, многократно увеличившее его возможности и установившее равновесие сил с вероятным противником.