Упомянутые директивы и события прекратили попытки ОКБ-52 параллельно вести работы по созданию на базе УР-500К тяжёлой ракеты УР-700 для экспедиции на Луну. В ходе дальнейших работ по лунным направлениям во второй половине 1964-го — первой половине 1965 года и в ОКБ-1, и в ОКБ-52 было выявлено, что поставленные задачи требуют перестройки деятельности промышленных организаций и ведомств, так как объём работ по лунным задачам оказался значительно большим, нежели это казалось на фоне эйфории предыдущих лет.
В условиях многопрофильных задач, решаемых ОКБ-1 и заводом 88 (впоследствии ЗЭМ), кроме комплекса HI — ЛЗ начали «пробуксовывать» и остальные программы, в том числе комплекс «Союз» (7К, 9К, ПК), работы по системам связи, автоматическим кораблям для полётов к Венере, Марсу (MB) и другим программам. Всячески стараясь дискредитировать разработку в ОКБ-52 корабля для облёта Луны (Л К-1) и доразгонного ракетного блока, руководство ОКБ-1 пыталось своими силами разработать комплекс для облёта Луны пилотируемым кораблём.
«В 1963 году ЦК и правительство приняли решение, которым обязывали Королёва готовить экспедицию на Луну, а Челомея — облёт Луны кораблём с экипажем на борту. Королёв сумел добиться изменения этого решения: новым постановлением ЦК КПСС обе задачи поручались ОКБ-1. Только из-за драчки между Королёвым и Челомеем мы потеряли два года и до сих пор не можем облететь Луну — создалась такая ситуация, что мы можем и не быть первыми на Луне», — записал Н.П. Каманин 8 декабря 1967 года [53].
Одновременно рассматривался вариант доставки экипажа на ОИСЗ отдельным кораблём, выводимым ракетой Р-7, с последующей пристыковкой к лунному комплексу с разгонным блоком и переходом в него членов экипажа через боковой люк. Этот вариант решал проблему обеспечения безопасности космонавтов при использовании ракеты УР-500К, которая к тому времени не имела достаточной надёжности. Второй в этих вариантах была проблема управления лунным комплексом, в частности запуском разгонного блока Д, и возвращения на Землю с лунной орбиты со второй космической скоростью.
В середине 1965 года были проведены структурные изменения в правительстве СССР. ВСНХ был преобразован в Совет министров СССР. Упразднены некоторые государственные комитеты (в том числе оборонной техники, авиационной техники, радиоэлектронной техники), образованы министерства общего машиностроения, авиационной промышленности, оборонной промышленности, машиностроения, электронной промышленности и другие. Вновь созданному Минобщемашу были переподчинены ряд предприятий космической отрасли, в том числе челомеевское ОКБ-52.
26 августа 1965 года у председателя ВПК Л.В. Смирнова состоялось совещание по рассмотрению вопроса «О состоянии работ по исследованию космического пространства, Луны и планет». По результатам рассмотрения было отмечено, что работа по реализации в первую очередь лунных программ, а также по системам связи, исследованиям Венеры и Марса выполняется неудовлетворительно, в результате чего возникает серьёзная угроза утраты приоритета Советского Союза в области освоения космоса. ОКБ-52 не разработаны и не представлены планы-графики по созданию комплекса для облёта Луны, не рассмотрена и не утверждена схема полёта корабля при облёте, отмечена слабая работа головных организаций ОКБ-1, ОКБ-52 и научно-технического совета Минобщемаша.
Было предписано считать центральной задачей 1965–1967 годов осуществление подготовки и последующего облёта Луны пилотируемым кораблём. Минобщемашу было поручено в недельный срок представить график изготовления и отработки ракеты УР-500К; совместно с руководителями ОКБ-1 и ОКБ-52 С.П. Королёвым и В.Н. Челомеем в двухнедельный срок рассмотреть и решить вопрос о возможности унификации разрабатываемых пилотируемых кораблей для облёта Луны и высадки экспедиции на её поверхность; в месячный срок представить программу ЛКИ ракеты УР-500Ки пилотируемого корабля.
Тем не менее и ВПК, и Минобщемашем было сочтено целесообразным продолжить работы по рассмотрению использования комплекса «Союз» (7К, 9К, ПК) в качестве второго варианта для решения задач облёта Луны, а также поручено ОКБ-1 и ОКБ-52 проработать все вопросы применения ракеты-носителя УР-500К в программе комплекса «Союз».
