Михаил Абрамович готовит укрепления на Байкале, а после оставления Иркутска возглавляет штаб войск Красной гвардии на Прибайкальском фронте.
Теперь учреждения Центросибири постоянно находились в железнодорожных вагонах. В одном из эшелонов размещались сотрудники пограничного отдела. Трилиссер вместе с женой и только что родившейся дочкой занимал небольшое купе. Рядом располагалась семья Луцкого.
Когда Прибайкальский фронт был разбит, эшелон двинулся на восток и дошел до станции Суражевка на реке Зее. А дальше, на восточном берегу Зеи, уже стояли японские войска, оккупировавшие Хабаровск. Все, кто находился в эшелоне, переходили на нелегальное положение. Пути Луцкого и Трилиссера разошлись.
В конце августа 1918 года М.А. Трилиссер прибыл в Благовещенск. Было ясно, что сдержать наступление белых и японцев не удастся. В городе находилось много партийных и советских работников Сибири и Дальнего Востока, которым грозила расправа.
М.А. Трилиссер вместе с командирами красногвардейских отрядов стал отправлять бойцов небольшими группами в тайгу и в небольшие города — Зею, Алексеевск, Бочкарево. В городе было подготовлено несколько конспиративных и явочных квартир. Сам Трилиссер остался проживать на нелегальном положении в Благовещенске для руководства большевистским подпольем. Во время ночной облавы интервентам удалось его схватить.
Михаил хорошо знал о жестокостях японской контрразведки, но все же духом не падал. И действительно, друзья, коммунисты-подпольщики, вскоре пришли на выручку. Трилиссеру дали знать, что в городской полиции работает дежурным Клименко, который сочувствует большевикам. В тюрьме не было врача, а медицинскую помощь можно было получить только в здании полиции. Трилиссеру подсказали, чтобы он «заболел» в тот день, когда дежурит Клименко. Он так и сделал.
«Больного» Михаила доставили в закрытой машине в полицию. В ожидании врача его поместили в изолятор. Клименко отослал охранника с поручением, осторожно выпустил Трилиссера, а когда тот скрылся, поднял шум, что арестованный бежал.
Успешное наступление Красной Армии позволило амурским большевикам усилить удары по врагу. Полным ходом шла подготовка к вооруженному восстанию. о январе 1920 года Трилиссер проводит совещание Бочкаревского партизанского штаба, где разрабатывается основной план выступления. Затем Михаил Абрамович выехал в центральный партизанский штаб для организации взаимодействия всех отрядов.
Областной комитет большевиков готовил рабочих а крестьян к вооруженному восстанию. Для большей уверенности в успехе восстания областной исполком дает указание о подтягивании партизанских отрядов к городу. В ночь с 5 на 6 февраля красные знамена взвилась над многими зданиями Благовещенска. 9 февраля состоялось первое легальное собрание городской организации РКП (б). Собрание заслушало доклад М.А. Трилиссера «О текущем моменте» и приняло решение о созыве областной конференции большевиков.
Трилиссер утверждается уполномоченным ЦК РКП (б)' по Амурской области и председателем Благовещенского обкома партии, а с апреля 1920 года, когда была провозглашена Дальневосточная республика, Трилиссер назначается эмиссаром ДВР по Амурской области и избирается членом Дальбюро ЦК РКП (б).
В октябре 1920 года новое ответственное задание партии: его переводят на работу в Читу. Как член Дальбюро ЦК РКП (б) он участвует в создании органов Советской власти, Госполитохраны. Работая в сложнейшей обстановке существования буферной Дальневосточной республики с ее коалиционным правительством, Михаил Абрамович проявляет дипломатический такт, умение работать в различных условиях.
Наступила весна 1921 года. X съезд РКП (б) подходил к концу. Владимир Ильич Ленин выглядел нездоровым. Похудевшим и усталым был и Феликс Эдмундович Дзержинский.
Он знал многих делегатов в лицо и, сидя в президиуме, пытался отыскать знакомых. Во время перерыва попросил:
— Пригласите, пожалуйста, ко мне делегата от амурских большевиков Михаила Абрамовича Трилиссера…
Дзержинский с кем-то оживленно разговаривал, но, когда к нему подошла секретарь и, указав на Трилиссера, сказала: «Вот Михаил Абрамович», — повернулся к Трилиссеру:
