Во второй половине июня 1919 года Михаил Сергеевич был отозван из Петрограда в Москву и сразу был командирован в качестве особоуполномоченного ВЧК в Вологду. К концу июня 1919 года здесь резко усложнилась обстановка в связи с переходом в наступление. В южном направлении большой группировки англо-американо-французских интервентов и белогвардейцев из района Архангельска и оживлением контрреволюционных элементов в тылу войск нашей 6-й армии.
На этом участке фронта правящие круги США, Англии и Франции в течение нескольких месяцев усиливали группировку своих войск, доставляя морем все новые людские пополнения, боевые самолеты и военные корабли, вооружение, боеприпасы, снаряжение и продовольствие. Была создана военная флотилия интервентов на Северной Двине, переформированы, заново оснащены и укреплены белогвардейские части генерала Миллера. По замыслу англо-американского командования, эта группировка должна была развернуть наступление в двух направлениях: из района Архангельска на Котлас и Вятку, чтобы соединиться с войсками Колчака и, переместив базу снабжения колчаковского фронта в Архангельск, совместными силами наступать на Москву с северо-востока; другая часть войск предназначалась для наступления вдоль железной дороги Архангельск — Вологда.
Особый отдел ВЧК, Кедров располагали проверенными данными о том, что внутренняя контрреволюция, будучи хорошо осведомленной о намерениях и действиях правительств Англии, США и Франции, возлагала немалые надежды на интервентов. Еще с осени 1918 года отмечалось проникновение на Север бывших офицеров, участников разгромленных в центре страны контрреволюционных мятежей, туда же тянулись и деклассированные элементы. Различными тайными путями они просачивались через фронт и вливались в белогвардейские части. С помощью буржуазии и меньшевистско-эсеровских предателей ими создавались в Вологде, Котласе, Великой Устюге и других северных городах тайные очаги контрреволюции, занимавшиеся накапливанием оружия, подготовкой контрреволюционных мятежей к моменту приближения войск интервентов и шпионажем в их интересах.
Хорошо зная местные условия, а также командование 6-й армии: командующего А.А. Самойло, членов реввоенсовета Н.Н. Кузьмина, М.К. Ветошкина, местных партийных и советских работников, Кедров быстро разобрался в обстановке в этом обширном регионе и с помощью особого отдела 6-й армии, опираясь на партийные организации, развернул активную и решительную работу по ликвидации очагов контрреволюции.
Так с прибытием М.С. Кедрова в Великий Устюг в городе был собран партийный актив, на котором он разъяснил коммунистам остроту и опасность сложившейся обстановки, призвал их к бдительности и изложил подготовленный при его участии план действий по разгрому контрреволюции.
Этим планом предусматривалась и практически осуществлялась усиленная охрана прифронтовой зоны, устанавливался строгий режим передвижения в ее пределах. В городах и селах, примыкавших к фронту, проводились обыски и облавы в домах местной буржуазии, кулаков, в монастырских помещениях, лесных укрытиях. В результате было задержано большое число подозрительных лиц, найдено и изъято оружие и боеприпасы. Прибежищем контрреволюционных элементов оказались многие монастыри. В частности, в Михайло-Архангельском мужском монастыре, в Троицком, Ивано-Предтеченском и Янковском женских монастырях были обнаружены скрывавшиеся белогвардейцы. В этих церковных обителях было спрятано большое количество винтовок, станковых пулеметов, револьверов, гранат и патронов.
Рассказывая об этом кратковременном периоде деятельности М.С. Кедрова на Севере, бывший член реввоенсовета 6-й армии и председатель Вологодского исполкома М.К. Ветошкин в своих воспоминаниях писал: «…надо указать, что Кедров быстро организовал в районе Вологды перехват белогвардейских офицеров и эсеров, стремившихся прорваться в Архангельск. Так была прервана связь белогвардейского „правительства“ (в Архангельске. — М.К.) и интервентов с контрреволюционными центрами внутри страны. Заслугу Кедрова нельзя не отметить».
