Петерсу можно было бы торжествовать, но время никому тогда такой возможности не давало. Обычно в ту нору говорили: одно сделано, займемся другим…
Положение оставалось сложным. В январе 1919 года Петерс напечатал статью «К борьбе с бандитами»: «…Бандитские налеты опять учащаются, и в связи с этим поднимается вопрос: неужели опять приближается март и апрель прошлого года, когда с наступлением темноты нельзя было почувствовать себя в безопасности на улице?» Бандитизм, уголовный и политический, оставался настоящим бедствием. В Москве, например, действовало более 30 банд, хорошо вооруженных и организованных, которые буквально терроризировали город.
В.И. Ленин вынужден был дать особое указание ВЧК, обращенное прямо к Петерсу;
«Зам. пред. ВЧК т. Петерсу.
Ввиду того что налеты бандитов в Москве все более учащаются и каждый день бандиты отбивают по нескольку автомобилей, производят грабежи и убивают милиционеров, предписывается ВЧК принять срочные и беспощадные меры по борьбе с бандитами».
Тактика бандитов во многом отличалась от тактики контрреволюция. Законспирированные и нагло действующие большие шайки в Москве вмели свои центры, заставы на окраинах, умело приобретали оружие. Так, в одном случае наганы, револьверы и патроны бандам поставлял некий портной Гросс, добывая «имущество» у некоторых государственных служащих, на плохо охраняемых окладах. Банды нередко захватывали автомобили, используя их потом для внезапных налетов. ВЧК выяснила, что основу шаек составляют уголовники, социальные отбросы старого режима. К бандам часто примыкали анархисты и белогвардейцы. Были совершены наглые ограбления предприятий «Богатырь», «Главсахар», «Главкожа». Убивали кассиров, которые везли деньги для рабочих, стреляли в милиционеров, обстреливали самокатчиков ВЧК. Задержанные бандиты: Васька Черный имел девять судимостей, Конек — семь, Лягушка — три, Абрам Лея — пять. В шайках процветал культ «дам-королев», которых бандиты одаривали награбленным.
За дело взялись Петерс, начальник уголовного отдела московской милиции Трепалов, комиссар милиция Розенталь. Петерс как заместитель председателя ВЧК выступил с обращением к населению Москвы, заявил, что «Чрезвычайная комиссия считает себя обязанной повести самую решительную и беспощадную борьбу с бандитами, вплоть до шитого уничтожения их». Петерс предложил населению активно участвовать в борьбе с бандитизмом, в наведении социалистического порядка.
Сложным оказалось ликвидировать банду, главарем которой был Козуля, жестоко расправлявшийся с помощью оружия даже со своими «конкурентами» из бандитского мира. Он был виновником гибели девяти милиционеров. В начале февраля 1919 года Козулю все-таки схватили, но ночью он сумел бежать из-под стражи из Московской ЧК. Петерс приказал Розенталю во что бы то ни стало бандита изловить. 14 работников уголовного розыска, милиционеров и боевых дружинников отправились по следам бандита. Тот скрывался в районе станции Апрелевки, под Москвой. Чекисты под видом людей, отправившихся покупать хлеб у крестьян, настигли Козулю в деревне Кудинооке и задержали его.
Были схвачены и расстреляны бандиты Степка-солдат (выдавал себя за красноармейца), Сенька Косой, Костяк, занимавшиеся вооруженными нападениями и ограблениями квартир. Была ликвидирована и банда Кошелькова — самая крупная, насчитывавшая более 100 головорезов, которой фактически подчинялся добрый десяток менее крупных банд, орудовавших в городе.
В Москве стало тише, спокойнее. А Петерс получает новое задание. В июне В.И. Ленин подписывает документ о назначении Петерса чрезвычайным комиссаром для принятия мер по очистке Петрограда и всей прифронтовой полосы от белогвардейцев и шпионов. Петерс становится начальником штаба внутренней обороны Петрограда.
…Над Балтикой и Петроградом переваливались низкие тучи, в их разрывах прорывалась солнце; обрушивались дожди, частые и холодные, словно, и не началось лето. Обманчиво тихо было в гарнизонах фортов Красная Горка, Серая Лошадь, Обручево. Свинцовой тяжестью налился горизонт на море, а за горизонтом стоял «союзный» флот. Петрограду угрожали Юденич, белофинны и белоэстонцы, широко разветвленный белогвардейский «Национальный центр». Его члены скрывались под видом простых обывателей и ждали, когда раздадутся в фортах предательские выстрелы.
