Дзержинский слушал внимательно, иногда что-то записывал в блокнот. О наиболее крупных операциях чекистов ему в общих чертах было известно, но многое он узнал впервые.
— Скажите, Иван Ксенофонтович, какие трудности испытывают чрезвычайные комиссии? Какие недостатки в их работе? — спросил он.
— Основная трудность — это нехватка работников. Особенно это чувствуется в транспортных ЧК. Я им рекомендовал установить более тесный контакт с партийными комитетами, с профсоюзами, просить у них пополнение. Транспортные ЧК слабо связаны с территориальными чрезвычайными комиссиями. Серьезный недостаток в работе всех ЧК — неумение выбрать главное направление. Много занимаются борьбой с мелкой спекуляцией, регистрацией нетрудовых элементов вместо того, чтобы бросить все силы на выявление законспирированных белогвардейских групп.
В конце разговора Дзержинский поручил Ксенофонтову подготовить приказ, который бы обобщил деятельность чекистских органов на Кавказе и сформулировал задачи по улучшению работы чрезвычайных комиссий и особых отделов. В феврале 1921 года приказ был разослан на места.
По возвращении из командировки Ксенофонтов снова с головой ушел в повседневную работу. Почти ежедневно он проводил заседания президиума ВЧК. На них рассматривались самые разнообразные вопросы: об организации чрезвычайных комиссий в автономных республиках, охране границы, увеличении ставок сотрудников, обследовании мест заключения, о помощи Наркомпросу в борьбе с детской беспризорностью, награждениях отличившихся чекистов, о перемещениях сотрудников ВЧК и т. д.
Одной из неотложных и важных задач ВЧК в тот период была борьба с политическим бандитизмом, прежде всего с бандами Махно на Украине и антоновщиной в Тамбовской губернии. Центральный Комитет партии придавал быстрейшему разгрому банд первостепенное значение. Против них были посланы регулярные части Красной Армии и войска ВЧК, образованные в январе 1921 года.
6 февраля Ксенофонтов провел расширенное заседание президиума ВЧК. В нем приняли участие члены коллегии и заведующие отделами ВЧК. Ксенофонтов сообщил, что мятеж Антонова в Тамбовской губернии разрастается, его банды совершают опустошительные набеги в Воронежскую, Пензенскую, Саратовскую губернии:
— Центральный Комитет партии, товарищ Ленин, — говорил Иван Ксенофонтович, — требуют как можно быстрее покончить с антоновщиной. Скоро наступит весна, и тогда, после полевых работ, бандитизм примет еще более опасные масштабы. Сейчас же, до весенней распутицы, имеется возможность сравнительно легкой переброски войск, окружения и уничтожения банд. Наша задача — обеспечить разведку. Мы должны знать состав и численность банд, их главарей, местонахождение штабов, источники снабжения оружием и боеприпасами, их планы и намерения. В этих сведениях крайне нуждается командование частей Красной Армии и войск ВЧК.
Президиум ВЧК принял решение послать в Тамбовскую и другие охваченные восстаниями губернии опытных чекистов, улучшить сбор разведывательной информации о мятежниках.
Ксенофонтов как заместитель председателя ВЧК координировал действия Секретного отдела ВЧК и местных чрезвычайных комиссий в разработке совместных мероприятий по проникновению в банды Антонова и разложению их изнутри, поддерживал постоянную связь с председателями губернских ЧК и с командованием частей ВЧК.
Весной 1921 года Секретный отдел ВЧК, возглавляемый Т.П. Самсоновым, совместно с Воронежской ЧК начал подготовку операции по внедрению в штаб Антонова бывшего левого эсера Е.Ф. Муравьева. Под видом члена ЦК левоэсеровской партии ему удалось проникнуть в логово мятежников. Муравьев получил важные сведения о дислокации бандитов, их командном составе, вооружении, связях и планах. С помощью Муравьева удалось вызвать нескольких руководителей банд в Москву якобы на «съезд повстанческих армий и отрядов» и арестовать их. Три группы боевиков Муравьев послал «за оружием» в Тулу, Воронеж и Москву, все они также попали в руки чекистов. Эти мероприятия способствовали дезорганизации политического и военного руководства мятежников накануне решающих операций Красной Армии и войск ВЧК по уничтожению банд Антонова.