Очутившись в знакомых местах, хорошо зная язык и обычаи, прекрасно разбираясь в психологии своих соотечественников, Ваупшасов вложил в борьбу с националистическим подпольем весь жар сердца и опыт народного борца, вспоминает Б.Я. Пищик. Не с одной бандой расправились чекисты под его руководством в Алитусском, Паневежском и других районах Литвы. Но больше всего ему доставляла удовлетворение не стрельба в ответ на бандитские атаки, а умелая политическая работа. Командированный в Аникщайский район на Виленщине, он столкнулся со следами зверств банды, которой руководил бывший офицер буржуазной армии, махровый контрреволюционер. Но были сведения и о том, что в банде не все единодушны, напротив, существуют серьезные разногласия. Можно было, конечно, выследить бандитов и уничтожить. Ваупшасов пошел иным путем. Он просидел все ночь над текстом обращения к ним: «Вы совершаете тягчайшее преступление, убивая мирных, честных людей… Тешить себя иллюзиями, будто народная власть недолговечна, или внутри страны произойдут какие-либо изменения, удобные вам и господам империалистам — вашим хозяевам, совершенно бессмысленно!.. Мне хочется надеяться, что вы поймете, какое горе приносите литовскому народу… Если вы действительно любите свой народ, если у вас осталась хоть капля совести и чести, вы поймете все, что я написал вам в этом коротком письме, и откликнитесь на него…»
Затем следовали условия легализации, обещание амнистии и возможности трудиться на благо Родины. Через некоторое время банда почти в полном составе сдалась властям. Спустя много лет встречал Ваупшасов в Вильнюсе некоторых из легализованных тогда людей. Все они честно трудились, обзавелись семьями, растили детей. Этим своим успехом он очень дорожил.
По свидетельству Г.Г. Лебедева, Ваупшасов был прекрасный советчик и в оперативных делах, и в анализе политической ситуации, и в трудном деле воспитания только еще складывавшегося коллектива чекистов. Он прислушивался к мнению каждого работника и тактично, не унижая самолюбия подчиненного, поправлял ошибочные выводы и предложения. Его опыт партизанской и подпольной борьбы позволял ему предугадывать намерения бандитских главарей, а значит, и правильно организовывать операции. Каждая операция готовилась им чрезвычайно тщательно. Как умный и опытный режиссер, он не упускал мельчайших деталей, вплоть до настроений и самочувствия бойцов, и что самое главное — лично проверял знание каждым отведенной ему роли и места в предстоящем бою.
Вспоминает И.И. Головинов: «Во время поездок по уездам приходилось часто останавливаться на хуторах. Станислав Алексеевич не упускал возможности поговорить по душам с крестьянами. Он как-то умел расположить к себе собеседников, и зачастую крестьяне рассказывали ему то, что не всегда можно было добыть оперативным путем».
В Литве С.А. Ваупшасов прослужил до середины 50-х годов, когда пришла пора выходить в отставку…
Москва. Десятиэтажный дом на Ленинском проспекте. Нас сердечно встречает Анна Сидоровна Ваупшасова. Маленькая, энергичная, с ясными глазами, она помнит мельчайшие детали пережитого.
— Приехали мы из Литвы в Москву. Получив отставку, прожил Станислав Алексеевич неделю или две тихо-спокойно: книги читал, мне по хозяйству помогал. Потом, гляжу, оделся по-парадному, взял портфель. «Все, мать, — говорит, — отдохнул, пора и за дело браться». Все дни проводил в архивах, вечерами писал. Поработает до часа ночи, видит, что я не сплю, ляжет и скажет: «Если проснешься, разбуди меня часика в четыре. Утречком, на свежую голову, легко пишется». Трудился исступленно, забывал поесть-попить. Я уж тут следила, то чайку подам, то чуть не силком заставлю покушать.
Анна Сидоровна проводит в кабинет Станислава Алексеевича. Светлая комната, ничего лишнего. В углу стол, на нем бюсты В.И. Ленина и Ф.Э. Дзержинского. На стене портрет хозяина, на раме внизу медная пластинка с гравированной надписью: «Дорогому другу и соратнику по партизанской борьбе Герою Советского Союза Станиславу Алексеевичу Ваупшасову — от бывших партизан». Анна Сидоровна поясняет:
