Во второй половине ноября 1941 года Николай Архипович был направлен на Юго-Западный фронт начальником оперативной группы НКВД СССР при особом отделе. Здесь он организовывал и вел глубокую разведку в тылу противника на Киевском направлении.
В начале июня 1942 года Николай Архипович был вызван в Москву для подготовки к выполнению специального задания: в качестве командира вместе со своей группой он должен был десантироваться в глубокий тыл противника. Пребывание в тылу никаким сроком не было определено.
В течение месяца он отобрал в ОМСБОНе 64 обученных бойца, среди которых были чекисты, пограничники, минеры, радисты, медицинские работники, получил необходимые инструкции и снаряжение и к 1 августа доложил о готовности к выполнению задания. Группа его называлась „Охотники“.
…В тот год ему исполнилось сорок лет — расцвет сил.
В ночь на 1 августа 1942 года первый эшелон „Охотников“ в количестве 28 человек десантировался на парашютах в 800 километрах от линии фронта, в районе города Олевска Житомирской области. До 18 августа туда же были переброшены второй и третий эшелоны. Странно было тайком, ночью приземляться на своей же родной земле.
Первую зиму Николай Архипович со своей группой вел боевую работу в западных районах Киевской области. Вскоре группа выросла в отряд за счет притока местных патриотов. Налаживали связь с Центром, с взаимодействующими группами, с подпольем; нарушали работу железнодорожного транспорта всеми возможными способами: разрушали колею, портили средства связи, централизации и блокировки, выводили из строя систему электропитания, устраивали заграждения на железных дорогах, обстреливали составы во время движения и подрывали их. Почти все получалось, и люди, находившиеся в его отряде, сразу поверили ему, его опыту и знаниям, а это было чрезвычайно важно, особенно на первых порах — в отряде рождались высокий боевой дух, уверенность в своих силах.
В боевые столкновения с частями противника из-за малочисленности, да и особого назначения группы вступать было нежелательно, но несколько раз ввязаться в бой все-таки пришлось. Потерь либо вообще не было, либо они были незначительны. Сказывались знания и опыт Николая Архиповича.
В начале апреля 1943 года он уводит отряд в Цуманьские леса.
К географическому понятию „Цуманьские леса“ партизаны в годы войны относили все леса, расположенные на обширной территории в треугольнике Сарны — Ровно — Ковель. Места эти привлекали партизан возможностью эффективной боевой работы. Отсюда было совсем близко до Ровно, Луцка, Ковеля. Рядом пролегали две важные железнодорожные магистрали, по которым двигались эшелоны из Германии к фронту. Параллельно проходило шоссе Брест — Киев. Здесь воевали многие партизанские формирования: 1-й батальон соединения А.Ф. Федорова, спецотряд майора В.А. Карасева, отсюда уходило в Карпатский рейд соединение С.А. Ковпака. А севернее железной дороги Сарны — Ковель начинался сплошной партизанский край, где обосновались отряды А.П. Бринского, Г.М. Линькова (Бати), И.Н. Банова (Черного), и позже основные силы соединений А.Ф. Федорова (Черниговского), В.А. Бегмы, И.Ф. Федорова (Ровенского). Еще севернее были обширные территории, освобожденные от оккупантов партизанами Белоруссии.
В Цуманьских лесах — а это была Волынь — отряд действовал девять месяцев, оседлав железную дорогу Ровно — Ковель. Николай Архипович систематически отправлял группы в 3–5 человек подрывать вражеские эшелоны с живой силой и боевой техникой. Немцы в ответ значительно уменьшили скорость поездов. Это привело к снижению эффективности диверсий. Тогда Николай Архипович решил, что минирование нужно сочетать с налетами на вражеские эшелоны. После захвата подорванного эшелона партизаны уносили трофеи с собой, а все оставшееся в вагонах и на платформах поджигали. Подобные операции проводились за 15–20 минут. Горевшие поезда загромождали пути, и таким образом противнику наносился не только материальный ущерб, снижалась пропускная способность железной дороги.
Отряд Прокопюка все время перемещался, маневрировал, и это осложняло поначалу ситуацию с ранеными. Но вскоре у Николая Архиповича сложились дружеские отношения с партизанским вожаком Алексеем Федоровичем Федоровым, и появилась возможность передавать раненых в госпиталь его соединения, а иногда даже пользовались его аэродромом для отправки на Большую землю тяжелораненых и пленных.
