В начале 1917 года семья Френкелей переехала в Ялту. Сам он остался в Петрограде.
С 1918 по 1921 год Яков Ильич жил в Крыму вместе с родителями. Он был избран приват-доцентом созданного в 1918 году Таврического университета. Среди студентов, посещавших его лекции по физике, были И.В. Курчатов и К.Д. Синельников — в будущем известные ученые-физики.
С 1919 года ассистентом кафедры физики работал только что окончивший Московский университет теоретик Игорь Евгеньевич Тамм.
Жизнь преподавателей и студентов в голодающем Крыму была очень трудной. После лекций они на равных условиях получали бесплатный «обед» — неизменный суп из перловой крупы, прозванной иронически шрапнелью, в котором плавали 2...3 микроскопические рыбки-тюльки.
Каждому полагался также хлебный паек — 200 граммов в день. Помещения зимой совершенно не отапливались, и комнаты были пропитаны сыростью и холодом. Об электрическом освещении почти забыли. Повсюду пользовались примитивными коптилками.
Френкель в этот период подружился с Таммом; оба, несмотря на суровые условия быта, сумели сохранить оптимизм. Дружба их продолжалась всю жизнь до самой смерти Френкеля.
Тамм писал о Френкеле: «Это был живой, общительный, увлекающийся, необычайно разносторонний человек. Наряду с наукой, он находил время и для игры на скрипке, и для живописи (сохранился целый ряд написанных им картин и портретов друзей и знакомых); он не только обладал своеобразным обаянием, покорявшим даже мало знакомых с ним людей, но отличался и необыкновенной душевной теплотой и был на редкость добрым человеком, в подлинном, самом лучшем смысле этого слова».
Френкель, каким его рисует Тамм, уже зрелый человек с жизненным опытом, высоко ценимый за свой талант и человеческие черты.
В начале 1921 года Френкель по вызову А.Ф. Иоффе вернулся в Петроград уже с женой, С.И. Гординой, бывшей студенткой Таврического университета. Уезжая из Симферополя, он обещал похлопотать в Петрограде о помощи бедствующим профессорам и студентам Таврического университета. Для этого Френкель встретился с Максимом Горьким в его квартире на Кронверкской. Однако положение в Петрограде было не лучше, чем в Крыму.
Бывшая студентка физико-механического факультета Е.Д. Девяткова вспоминает о зиме 1921...1922 года: «Топлива практически не было, и учебные помещения не отапливались. По этой причине с января до апреля 1922 года занятия были прекращены и второй семестр перенесен на летние месяцы. Отдельные занятия со студентами физико-механиками проводились в сравнительно небольшой комнате — канцелярии факультета, в середине которой была сложена кирпичная печка с выводом трубы прямо через форточку. Дежурный студент должен был заранее приходить и растапливать печку. Поскольку дрова были сырыми, на занятиях часто приходилось сидеть в густом дыму. С осени 1922 года с отоплением стало несколько лучше».
К этому стоит добавить, что студенты были полуголодными, не имели учебников — нелегко было в такой обстановке доносить до них премудрости физики. Но зато оптимизма ни профессору, ни слушателям было не занимать — на нем все и держалось.
Френкель, как и другие профессора, большей частью читал совершенно новые курсы. Е.Д. Девяткова замечает, что особенно много заниматься приходилось по предметам Френкеля.
На студенческом семинаре Я.И. Френкеля студенты делали доклады по журнальным статьям. Главным образом это были экспериментальные исследования немецких ученых в области электронных и ионных явлений в вакууме и в газах, продолжавших работы Томсона и Резерфорда в Кембридже в конце прошлого века. Теоретических работ не было. Курса ядерной физики не читали, хотя к этому времени за границей было уже опубликовано много работ Резерфорда, Бора и других исследователей атомного ядра.
Френкелю пришлось создавать теоретическую физику в нашей стране, преодолевая некоторое предубеждение к теоретикам, в том числе и со стороны даже кое-кого из крупных ученых.
Приглашая Я.И. Френкеля в свой институт, А.Ф. Иоффе проявил определенную дальновидность, хотя сам в то время недооценивал теоретическую физику. Тогда Иоффе казалось достаточным иметь в штате крупного научного института одного теоретика. Но это было, конечно, заблуждение, каких немало находим мы в биографиях выдающихся ученых. В то же время сам Иоффе глубоко понимал теорию тех явлений, которые исследовал и изучал. Он дожил до небывалого расцвета теоретической физики и, в частности, до торжества теоретических идей своего ближайшего сотрудника Френкеля.
