Остальные пункты относились к вопросам, с кем списывался он найденною цифирною азбукою, к кому писано найденное циферное письмо и кто то письмо советовал писать?
На эти вопросы Степан Богданович отвечал, что азбуку составил сам, выписывал ее из книг и ни с кем не переписывался, и в найденном письме говорится частью о жене, об отце, который оставил брата, и об сыне, частью же выписки из книг, но во всяком случае нисколько не относящихся к возмущению.
Степана Богдановича подняли на дыбу в долгой и мучительной пытке. Из желания выслужиться и выказать в полном блеске свое искусство перед царем, заплечный мастер с намерением удлинял страдания: он встряхивал медленно, с расстановкою, отчего лопались связки и вывороченные кости производили более острую боль; точно так же, с рассчитанным искусством он проводил по изрезанным и обнаженным мускулам горячим утюгом или раскаленными углями. На первой пытке Степану Богдановичу дано было двадцать пять ударов кнутом, но таких жестоких, что при первых же ударах кровь брызнула ключом. Но и этим не кончилась пытка: изрезанного и окровавленного, его привязали на трое суток к столбу, на доске с голыми ногами на деревянных гвоздях.
Нестерпимы были страдания, но, несмотря на всю боль, Степан Богданович, как будто понимая, что его стоны будут скорее приятны оскорбленному мужу, во все время не издал ни одного крика, ни одного вопля о пощаде. Ослабевшего и едва живого, его сняли с виски и подвели к новому допросу… но и теперь он повторил только то же, что говорил и по пунктам.
Покончив с пыткой мужа, привели к допросу его жену, на откровенное признание которой во всем можно было вполне рассчитывать. Однако слабая и болезненная Татьяна Васильевна в трудном испытании показала себя, античной героиней. Несмотря на угрозы и на вид страшных пыточных снарядов, она с спокойной твердостью защищала и оправдывала мужа, высказывая, что у государыни-инокини бывала она сама с мужем и одна, что муж ее ни с кем не важивался и что вообще ничего не замечала и ничего не знает.
Более податлив оказался сын, юный Андрей Степанович. При первых же угрозах он оговаривал отца в дружбе его с епископом Досифеем, с ключарем Федором Пустынным и с ризничим Петром, в тайных свиданиях отца с ними и в их пересылках цифирными письмами.
Между тем в последствии рассказа Авдотьи Федоровны о пророчествах, привезли в Преображенское и Ростовского епископа Досифея. В первом объяснении, данном им 23 февраля, отец Досифей высказал только то же, что царица-инокиня и генерал Глебов у него бывали, когда он был в Спасо-Ефимовском монастыре, да, кроме того, Степан Богданович был еще раз после, уже один, в то время — когда Катерина Алексеевна была объявлена государыней. На этом последнем свидании Степан Богданович будто говорил ему: «Для чего вы, архиереи, за то не стоите, что государь от живой жены на другой женится?» На что он, Досифей, будто бы отвечал: «Я не большой, и не мое то дело, и стоять мне о том не для чего».
Генералу Глебову и отцу Досифею дали очную ставку, на которой каждый из них подтвердил только прежние свои показания. Пользуясь этим случаем, Степана Богдановича снова поднимали на дыбу и снова секли кнутом, но и опять-таки не допытались до признания в злых умыслах на государя.
Отец Досифей явился подозрительному уму царя тем типом корыстных и упорных бородачей, с которым он боролся почти тридцать лет и который он, при всей своей энергической силе, сломить не мог. Недаром же все эти пророчества и грубые обманы слепых умов, думал он, под ними должны быть скрыты тайные крамолы, выжидавшие только благоприятного случая выступить наружу. Во что бы то ни стало необходимо узнать все их цели и средства, необходимо вытянуть признания и заставить их вполне открыться против воли. Но заставить говорить пытками отца Досифея было нельзя, и на такое оскорбление религиозного чувства государь не мог решиться — оставался один путь: лишить епископа того сана, под которым крамольники могли считать себя в безопасности.
Для избежания этого затруднения по приказанию государя Петр Андреевич составил из розыскного дела обвинительные пункты против отца Досифея о том, что инокиня Елена скинула монашеское одеяние именно с того времени, как стал навещать ее святитель, что он поминал старицу Елену при священнодействии царицею и что он, наконец, вводил в заблуждение инокиню пророчествами и рассказами о гласах, исходящих будто бы от святых икон. Эти обвинительные пункты на другой же день были отправлены на рассмотрение высших церковных иерархов, еще не разъехавшихся из Москвы после третьего февраля, с категорическим вопросом: не подлежит ли Ростовский Досифей обнажения от архиерейского сана за такие непотребные дела?
