В очередное заграничное плавание «Адмирал Нахимов» вышел в ноябре 1899 года под командованием капитана 1 ранга С.С.Всеволовского. Тяжелая ледовая обстановка в Финском заливе заставила корабль зайти в Ревель, выдержав ночью 11-балльный шторм со снежной пургой, во время которого на камнях о. Гогланд потерпел аварию броненосец береговой обороны «Генерал-адмирал Апраксин». Дальнейшее продвижение было невозможно, рассматривался даже вопрос о возвращении в Кронштадт. Но с прибытием нового ледокола «Ермак» появилась надежда, и 26 января, первым из боевых кораблей, «Нахимов» с помощью «Ермака» преодолел 100 миль ледовых полей. На чистую воду крейсер вышел с поврежденной на большой площади подводной обшивкой и погнутыми лопастями винтов, ремонт которых решили провести в одном из иностранных портов.
После посещения Киля и Шербура «Адмирал Нахимов» в марте 1900 года прибыл в Специю и стал в док на двухмесячный ремонт. В июне крейсер через Суэцкий канал поспешил на Дальний Восток, где русская эскадра Тихого океана впервые приняла участие в боевых действиях при подавлении боксерского восстания в Китае. Поскольку существовала опасность прорыва ряда китайских крейсеров в океан для действий против торгового судоходства, «Нахимов» получил приказ «главного начальника и командующего войсками Квантунской области и морскими силами Тихого океана» вице-адмирала Е.И.Алексеева задержаться в Гонг-Конге для охраны русских транспортов. Присоединиться к эскадре крейсер смог только в августе, успев поучаствовать в действиях против китайцев, продолжавшихся до октября.
После модернизации внешний вид крейсера сильно изменился. Так выглядел «Нахимов» в 1899 г.
«Адмирал Нахимов» после модернизации, 1900 г. Хорошо видны затянутые брезентом башни. (Фотооткрытка из коллекции Б.Лемачко).
До конца года «Нахимов» посетил Шанхай и Нагасаки, а в январе 1901 года — Мозампо, после чего приступил к обычным учениям в составе эскадры. Командиром стал капитан 1 ранга А.Ф.Стемман. Во время маневров на внешнем рейде Порт-Артура отличился один из минных катеров «Адмирала Нахимова». В течение двух с половиной часов, ни разу не попав в луч прожектора и не будучи обстрелянным, он прошел мимо крейсера «Адмирал Корнилов», успешно атаковал броненосец «Сисой Великий» и крейсер «Дмитрий Донской», а затем, пройдя через временно открытый для выхода миноносца бон внутрь гавани, «потопил» стоявшую там канонерку «Отважный». Начальник эскадры вице-адмирал Н.И.Скрыдлов в своем приказе, высоко оценив действия командира катера мичмана В.Н.Игнатьева, высказал озабоченность необеспеченной охраной стоянки кораблей на внешнем рейде Порт-Артура.
В июне крейсер вместе с эскадрой перешел из Порт-Артура во Владивосток, где 6 июля стал в док для ремонта. Конец лета и сентябрь «Нахимов» с другими кораблями провел в интенсивных маневрах и учениях около Владивостока, а в октябре вернулся в Артур, где до начала зимовки эскадра продолжала боевую учебу. 12 декабря в Россию ушел отряд кораблей, которые с 1898 года составляли основу Тихоокеанской эскадры и вынесли на себе основную тяжесть освоения Порт-Артура: броненосцы «Наварин» и «Сисой Великий», крейсера «Владимир Мономах», «Дмитрий Донской» и «Адмирал Корнилов». Наступившая суровая зима с обильными снегопадами сделала бесполезной стоянку кораблей на открытом внешнем рейде Порт-Артура. Из-за сильного волнения прекратилось даже сообщение с берегом. Поэтому вместе с отрядом крейсеров контр-адмирала К.П.Кузмича и ремонтировавшим машины броненосцем «Севастополь» 20 декабря «Адмирал Нахимов» перешел на внутренний рейд, закончив кампанию 1901 года. Броненосцы «Петропавловск» и «Полтава» ушли в Японию.



На ремонте в Специи, весна 1900 г. Поврежденная обшивка и погнутые лопасти гребного винта вызваны плаванием во льдах на Балтике.
Весной на рейдах Порт-Артура и Талиенвана возобновились боевые учения эскадры, к которой постоянно присоединялись новые корабли, прибывавшие с Балтики. «Адмирал Нахимов» вступил в кампанию 1 мая вместе с броненосцем «Севастополь», минзагом «Енисей», недавно прибывшими крейсером «Варяг» и пятью миноносцами. Возросшая мощь русского флота на Тихом океане была продемонстрирована 16–17 мая в давно облюбованном для этих целей китайском порту Чифу. После возвращения в Порт-Артур «Адмирал Нахимов» 30 мая вместе с отрядом крейсеров контр-адмирала К.П.Кузмича ушел во Владивосток для докования.