«Кайзер Вильгельм II» также несколько раз слегка коснулся грунта. Но повреждения линкора оказались такими незначительными, что командующий эскадрой через короткий промежуток времени, когда держал свой флаг на борту броненосного крейсера «Виктория Луиза», 23 апреля снова вернулся на борт «Кайзера Вильгельма II», временно ставшего флагманским кораблём.
К этому времени 1-я эскадра имела следующий состав: линкоры «Кайзер Вильгельм II» (флагманский корабль командующего эскадрой). «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» (с 5 мая проводил ходовые испытания), устаревшие броненосцы «Баден» (флагманский корабль младшего флагмана), «Вюртемберг», «Саксен», броненосные крейсера «Виктория Луиза», «Фрейя» (проведение ходовых испытаний) и авизо «Яагдт».
В состав штаба эскадры входили: командующий эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский, начальник штаба корветтен-капитаи Рииве (до прибытия капитана 1-го ранга Боркенхагена), офицер морского генерального штаба корветтен-капитан Рииве, флаг-лейтенант обер- лейтенант Рихтер, младший флагман контр-адмирал Фишель. флаг-лейтенант обер-лейтенант фон Хиппель.
18 апреля произошло важное для императорской семьи событие. В этот день на борту линкора «Кайзер Вильгельм II» в присутствии кайзера состоялось приведение к присяге его младшего сына принца Адальберта, при этом на корабле впервые подняли флаг гросс-адмирала.
Начиная с 27 апреля, существенными составляющими элементами весенних учений явилось выполнение под командованием младшего флагмана учебных артиллерийских стрельб и манёвров с высадкой десанта у Апепраде. Эти манёвры с высадкой десанта провели в первый раз со времён нахождения генерала фон Каприви во главе германского адмиралтейства.
В последующих учениях по перестроению кораблей на ходу в Северном море «Кайзер Вильгельм II» не принимал участие.
Поскольку 2 апреля флагманский линкор «Кайзер Фридрих III» временно вышел из строя, сев на мель, на период с 17 июня по 24 октября 1901 г. на «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» возложили обязанности флагманского корабля 1-й эскадры. 17 июня командующий 1-й эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский поднял свой флаг на борту линкора «Кайзер Вильгельм дер Гроссе», так что «Кайзер Вильгельм II» временно перестал быть флагманским кораблём эскадры. С 29 сентября принца замещал контр-адмирал Фишель.
В это время в рамках проходящей Кильской недели «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» принял участие в торжественном открытии памятника Великому Курфюрсту перед зданием Морской академии в Мюрвике на берегу Фленсбургского залива.
Тем временем произошли некоторые изменения в составе эскадры. Сначала из её состава вывели броненосный крейсер «Фрейя». На его место 19 июля 1901 г. в состав 1-й эскадры срочно ввели новый линкор «Кайзер Барбаросса», чтобы он принял участие в переходе эскадры в Кадис для встречи возвращающейся в это время с Дальнего Востока дивизии линкоров типа «Бранденбург».
В конце июля 1-я эскадра во главе с линкором «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» и несколько крейсеров направились в учебный поход к берегам Испании, чтобы в районе Кадиса встретить и приветствовать возвращающуюся с Дальнего Востока дивизию линкоров. Недружелюбно настроенное к Германии французское правительство приняло решение не разрешать заход немецкой эскадры в Брест. После встречи 1-я эскадра снова прибыла в Киль и начала подготовку к большим осенним манёврам учебного флота, начало которых назначили на 11 августа.
Тем временем организационные и персональные перемены в составе командования флота и корабельного состава, в соответствии с которыми и во взаимосвязи с уходом в отставку вице- адмирала Гофмана всё большую роль должно было играть высшее командование военно-морского флота, в основном закончились.
Эта тенденция находилась в явном противоречии с мнением статс-секретаря имперского морского ведомства адмирала Тирпица, который предлагал, чтобы командующего учебным флотом выбирали каждый год из ряда соответствующих предъявленным требованиям должностных лиц, не принимая во внимание ни ранг, ни старшинство по службе. В то же время командующий эскадрой принц Генрих Прусский настаивал, чтобы для осенних манёвров, по возможности, был бы определён постоянный командующий флотом. Мнение принца поддержал кайзер.
