Собор 1666 года, который продолжал свою работу после расстрижения и анафематствования главных вождей церковной оппозиции, объявил все произведенные в ходе никоно-алексеевской реформы изменения в богослужебных книгах и церковных чинах православными и во всем согласными с древними греческими и славянскими книгами. Собор утверждал, что церковная реформа и книжная «справа» патриарха Никона соответствуют воле восточных церквей и их якобы древней практике, а также осуществлены с совета и благословения восточных патриархов. Как первое, так и второе было ложью. Наряду с новопечатными книгами, содержавшими в себе множество ошибок и изменений в текстах молитв и церковных уставах по сравнению с книгами старопечатными, собор 1666 года утвердил следующие нововведения в церковной практике:
1) двоеперстное перстосложение для крестного знамения было заменено троеперстным, при этом собор вопреки исторической правде утверждал, что именно троеперстием «отцы и деды и прадеды издревле друг от друга приемлюще тако знаменовахуся»;
2) двоеперстное перстосложение для священнического благословения было заменено так называемым имянословным перстосложением («малаксой»);
3) восьмиконечный крест на просфорах заменялся четырехконечным;
4) была изменена форма молитвы Исусовой (вместо «Господи Исусе Христе, Сыне Божии, помилуй нас» собор предписал произносить: «Господи Иисусе Христе, Боже наш, помилуй нас»);
5) сугубая (двойная) аллилуйя в богослужении была заменена на трегубую (тройную), то есть вместо славословия «аллилуйя, аллилуйя, слава Тебе, Боже» собор предписывал произносить «аллилуйя, аллилуйя, аллилуйя, слава Тебе, Боже».
И хотя собор 1666 года формально не проклинал старых обрядов — это было сделано позже, в 1667 году, на соборе с участием «вселенских» патриархов, — тем не менее он полностью запретил их употребление в церкви, утверждая, что единственно правильными являются новопечатные книги и введенные в ходе никоновской реформы обряды.
Участники собора приняли обращенное ко всему духовенству «Наставление духовное», в котором выразили свое общее определение относительно церковного раскола. «Наставление» начиналось с перечисления «вин» старообрядцев, далее следовало повеление совершать богослужения только по новоисправленным книгам, говорилось о необходимости причащаться и исповедоваться (против вождей старообрядчества, призывавших не принимать никаких таинств от никонианских попов). В конце было сказано о том, что все священнослужители должны иметь «Наставление» и действовать в соответствии с ним, иначе они будут подвергнуты суровым наказаниям.
22 июня 1666 года русским людям было явлено мрачное знамение, ничего хорошего не предвещавшее: «В Петров пост, в пяток, в час шестый, тьма бысть; солнце померче, луна подтекала от запада же, гнев Божий являя…» К началу июля завершился печально знаменитый Московский собор 1666 года. Все предсказания ученых богословов и боговдохновенных старцев сходились в одну точку, находя страшное подтверждение в действительности…
После расстрижения Аввакума под стражей отвезли в Никольский Угрешский монастырь, где он пробыл 17 недель. И сюда боярыня Морозова продолжала присылать своему духовному отцу всё необходимое. 2 сентября царь приказал отослать Аввакума подальше от столицы, в Боровский Пафнутьев монастырь, причем игумену Парфению был дан строгий наказ «посадить Аввакума в тюрьму и беречь ево накрепко с великим опасением, чтобы он с тюрьмы не ушел и дурна никакова б над собою не учинил, и чернил и бумаги ему не давать, как и прочим колодникам». 5 сентября 1666 года Аввакума доставили в Боровский Пафнутьев монастырь. Здесь он пробыл до 30 апреля 1667 года. Несмотря на строгие условия, в которых содержался Аввакум, время от времени боярыне Морозовой удавалось передавать в монастырь «потребная и грамотки».
