Параллельно с этим духовным течением и по временам с ним перекрещиваясь, существовала другая «духовная школа», сосредоточенная на так называемой «Иисусовой молитве».
Это наименование обыкновенно дается (с VII в. , по крайней мере) особому виду умной молитвы, состоящей из постоянного внутреннего повторения коротких молений, имеющих своей главной частью призывание имени Иисуса как Сына Божия, так что вся молитва приобретает троический характер. Эта молитва, тесно связанная с мистикой сердца, передавалась своего рода устным преданием и имела как и более «мирской», так и более тайный и мистический метод в своей практике и передаче. Мы находим наиболее раннее ясное указание о ней в творениях св. Диадоха (V в.), ее традиционный текст был уже совершенно выработан в VI—VII вв., как это мы видим из «Жития прп. Досифея» и особенно из «Слова об Авве Филимоне», одного из наиболее замечательных памятников православной духовности. Главными центрами изучения ее были Синай и позднее Афон. Великие богословы православной духовной жизни, как св. Иоанн Лествичник (VII в.), Исихий (ѴІП в.) и Филофей Синайские (Хв.), Илия Экдик (XI в.), Никифор (XIII в.), Феолипт Филадельфийский, св. Григорий Синаит и св. Григорий Палама (XIV в.), св. Марк Эфесский (XV в.) и позже в России прп. Нил Сорский (XVI в.), Паисий Величковский (ХѴПІ в.), еп. Игнатий Брянчанинов и еп. Феофан Затворник (XIX в.), содействовали своими писаниями аскетическому развитию этой молитвы, ставшей столь существенной для православной духовности, и дали этой молитве богословское обоснование. Великие и чудные святые, как, например, прп. Максим Кавсокаливис (XIV в.) для Афона и прп. Серафим Саровский (XIX в.) для России, оправдали занятие ею своим лучезарным явлением. Трудно с точностью сказать, к какой эпохе относятся различные вспомогательные методы для сосредоточения внимания при занятии ею; они уже поминаются в аскетических писаниях Х—XI вв., но в высшей степени вероятно, что, как часть устного предания, они существовали гораздо ранее. Их полное развитие относится тем не менее к периоду XII—ХIѴ вв. (последняя формулировка в XVIII в. Никодимом Святогорцем) и составляет собою значительный и положительный, хотя и несущественный, вклад в православное духовное предание. Стоит отметить, что эта психотехническая сторона делания «Иисусовой молитвы» в общем имела мало влияния на русскую духовность.
Следует также делать различие в большом потоке православного духовного предания между течением преимущественно опытного и нешкольного направления, представленного главным образом «Изречениями» (Apophtegmata) египетских монахов, несомненно очень высокой духовности, и более ученым мистицизмом св. Григория Нисского (тем не менее совершенно подлинным) и Псевдо–Дионисия (конечно, более искусственным) и св. Максима Исповедника. Последний был одним из первых, кто пытался и в сильной степени сумел дать синтез различных духовных течений (Евагрия, Дионисия). Благодаря главным образом ему интеллектуалистические черты Евагриевого учения были смягчены, и «agape» (любовь) заменила Евагриев «гносис» (ведение) в качестве высшей ступени мистической жизни. Как позднего, но весьма интересного представителя «ученого» мистицизма, мы должны упомянуть писателя XII—XIII вв. Каллиста Катафигиота, который находился под явным влиянием Дионисия.
Для лучшего понимания православного духовного предания было бы очень полезно изучение таких традиционных мистических тем, как «Божественный Свет» и «Божественный Мрак» (Gnophos); «Божественный Свет», несомненно, преобладает в православной духовности и является, пожалуй, одной из отличительных ее черт по сравнению с латинским мистицизмом, как он выражен у Иоанна Креста, который был, видимо, в этом отношении под влиянием арабского мистицизма. Православная духовность была даже характеризована как «мистицизм Света», и это особенно верно по отношению к Макарию, Симеону Новому Богослову и Григорию Паламе. Однако и «Божественный Мрак» как высокое мистическое состояние не неизвестен православному духовному преданию. Мы находим его у Климента Александрийского, у Григория Нисского и под его влиянием у Псевдо–Дионисия, как это широко известно. Впоследствии он, однако, исчезает почти совершенно из обычного духовного словаря, но опять появляется в более позднюю эпоху у Симеона Нового Богослова и у св. Григория Паламы. Так, в Гимнах Симеона Божественные лучи «сияют», в то время как Солнце «ослепляет» нас избытком своего Света. А св. Григорий в своих знаменитых проповедях на Преображение истолковывает облако, которое охватило апостолов, как «Божественный Мрак». Но все же «Божественный Мрак» традиционно толкуется в православной духовности как избыток Света, как «hyperlampros Gnophos» («пресветлый Мрак») , превосходящий человеческую способность восприятия, а не как духовное состояние, существенно отличное от видения Божественного Света, что, по–видимому, имеет место в латинском мистицизме.