После подписания соглашения, которое можно считать серьезным успехом советской дипломатии, на Народный комиссариат внутренних дел и лично на наркома возлагалась совершенно особая ответственность по проведению в жизнь и реализации в полном объеме всех его статей.
Территории Прибалтийских государств и Западной Украины, отведенные в сферу влияния СССР, необходимо было еще советизировать, что в условиях сохранения, например, в Прибалтийских республиках своей государственности, значительного влияния националистических организаций и активного противодействия иностранных спецслужб было весьма сложным делом.
Понятно, что, подписывая Пакт, немцы никаких подарков нам не делали. Зона, признаваемая ими как сфера советского влияния, должна была стать ареной подковерной борьбы. Поэтому НКВД Берии, следуя решениям Центрального комитета партии и постановлениям СНК, и это следует подчеркнуть в деятельности спецслужб, направляющими всегда и во всем были указания ЦК, так вот, подчиняясь распоряжениям партии, наркомат утвердил детально спланированную программу работы в Прибалтийских государствах, где на первом месте стояли действия по нейтрализации немецких спецслужб в Латвии, Литве и Эстонии. Во-вторых, борьба с националистическими и профашистскими организациями. В-третьих, оперативная разработка политического руководства республик и видных общественных и культурных деятелей.
Противостояние советской стороне было весьма существенным как внутри республики, так и со стороны сил, находящихся за eе пределами. В целом ситуация для прибалтийцев складывалась крайне неблагоприятно, поэтому их нелюбовь к советскому периоду истории можно по крайней мере понять. На них давили с двух сторон. С одной стороны, немцы оказывали серьезное давление на правительство Сметоны в Литве, Ульманиса в Латвии и Пятса в Эстонии, пользуясь значительным влиянием на деловые круги в республиках и большую диаспору. С другой, СССР, рассматривавший Прибалтику как зону своих стратегических интересов по целому ряду причин: и присоединение земель, ранее входивших в состав империи, и возможность получения незамерзающих портов для Балтийского флота, а соответственно, влияния на весь Балтийский регион, и самое главное, считалось, что страны Балтии будут служить надежным буфером между набиравшим силу нацизмом и Советским Союзом.
Внутри самих республик набирали силу ультранационалистические и профашистские движения и организации, такие как «Шаулюсаюнга» и «Яуно и Лиетува» в Литве; Крестьянская партия, «Айзсаргн» и «Перкакруст» в Латвии; «Изамаалиит», «Кайтселеит» и Эстонский союз освободительной борьбы в Эстонии.
В Литве также действовала Всероссийская фашистская партия (ВФП), объединявшая в своих рядах часть белой иммиграции из бывших национальных окраин Российской империи.
В этих условиях правящие круги прибалтийских государств и прибалтийский истеблишмент пытались вести игру как с Германией, так и с СССР.
С одной стороны, осенью 1939 года по предложению советского правительства с Латвией, Литвой и Эстонией были заключены соглашения, по которым Советский Союз получил право на размещение на территории республик некоторого количества частей Красной армии, создание военно-морских баз и пунктов базирования кораблей и соединений Балтийского флота и организацию всей необходимой инфраструктуры к ним.
С другой стороны, лидеры Прибалтийских государств вели диалог с германским руководством, включая и вопросы военного сотрудничества. Немцы пытались склонить Латвию, как ключевое государство региона, к заключению долгосрочных пакетных соглашений, что поставило бы их под своеобразный политический и экономический «зонтик» Германии.
Данная возможность была вполне реальна в исполнении, поэтому лично Берией, отвечавшим за отслеживание ситуации в Прибалтике, было выдано задание с целью представить предложения по возможному развитию ситуации на основании сообщений, поступающих от наших резидентур.
Чичаев И. А. – резидент в Латвии в 1938–1940 гг. – и Ермаков С. И. – резидент в Эстонии с 1937–1940 гг. – были вызваны в Москву, где по приказу Берии ими был представлен доклад о положении дел в республиках и противоречиях в правительственных кругах Латвии и Эстонии.