Помимо своих служебных обязанностей Алексеев уделяет внимание и подготовке к поступлению в Академию Генерального Штаба. Из ее стен он вынесет вскоре убеждение, что «область… нашей науки “стратегии” не поддается каким-либо положительным правилам… Могут быть принципы, но и с теми не все согласны…», явственно противоречащее мнению о нем как о кабинетном схоласте. Окончание в 1890 году Академии по первому разряду и причисление к Генеральному Штабу позволили Алексееву, в надеждах на дальнейшее продвижение по службе, подумать и об устройстве личной жизни: он женится на Анне Николаевне Пироцкой, дочери его старшего сослуживца, до конца жизни остававшейся верной и любимой спутницей Михаила Васильевича. Но устройство своего дома и стесненность в средствах для обеспечения семьи (в 1891–1899 годах родилось трое детей) потребовали от Михаила Васильевича еще более напряженной работы – в частности, совмещения службы в Штабе I-го армейского корпуса с преподаванием в двух военных училищах.
Серьезным работником показал себя Михаил Васильевич и в Академии Генерального Штаба, где с 1898 года состоял профессором (этому предшествовали пять лет службы в канцелярии Военно-ученого комитета Главного Штаба). Его курс истории русского военного искусства нельзя отнести к числу удачных, но основательностью он бесспорно отличался, и заслуги Алексеева были оценены его коллегами: в 1904 году он становится заслуженным профессором Академии, а три с половиной года спустя избирается почетным членом ее Конференции (высшего органа, своего рода «ученого совета»).
Но перед этим была еще Русско-Японская война. С 1900 года профессор Алексеев совмещает преподавание со службой в Главном Штабе, а с середины 1904-го даже оставляет ради нее Академию. В это время он уже генерал-майор, а к трем боевым наградам прибавляются четыре ордена мирного времени. Не желая оставаться в Петербурге, Михаил Васильевич добивается назначения в Действующую Армию и в начале ноября 1904 года отправляется в Штаб III-й Маньчжурской Армии на должность генерал-квартирмейстера.
Звучащие в письмах Михаила Васильевича тех месяцев рассуждения о свойствах истинного военачальника очень важны для понимания его личности. «Полководцу нужны: талант, счастье, решимость, – пишет он. – Не говорю про знание, без которого нельзя браться за дело…На войне нужно дерзать и нельзя все рассчитывать». Как это непохоже на «столоначальника», каким обычно представляют Алексеева! В отличие от своих младших соратников по Белому движению – Корнилова, Деникина, Маркова, – он действительно не был человеком порыва, ему не были присущи лихость, отчаянность, азарт, – однако у Михаила Васильевича не отнять и понимания необходимости дерзать, учета морального фактора, вкуса к военному творчеству. Покажет он себя и подлинно боевым генералом, получив за Мукденское сражение Золотое Оружие. Но ценнее любых орденов должен был стать тот боевой опыт, который Алексеев приобрел в условиях современной войны, уже предвосхищавших многое из того, с чем вскоре придется столкнуться на Первой мировой.
* * *
По возвращении в Петербург генерал-майор Алексеев получает назначение на должность обер-квартирмейстера Главного управления Генерального Штаба, где и служит в течение двух лет. В конце августа 1908 года он назначается начальником Штаба Киевского военного округа (а вскоре и производится в генерал-лейтенанты), но уезжает к новому месту службы, должно быть, не с легким сердцем: «военный ренессанс», когда на основании опыта прошедшей войны пересматривались многие положения боевой подготовки, тактики и оперативного искусства, активным участником чего был Алексеев, проходил в отнюдь не простой обстановке. Борьба новаторских и консервативных тенденций внутри самого́ военного ведомства осложнялась настойчивыми попытками вмешательства в армейские и флотские дела «общественных деятелей», пытавшихся, противопоставляя себя чиновной бюрократии, играть роль единственных «радетелей о России и русском народе». Напущенный в те годы туман не рассеялся и по сей день, лучшим примером чего могут служить непрекращающиеся обвинения генерала Алексеева в принадлежности к масонству.