В 1989 году после появления в России законодательной базы для частного предпринимательства под руководством Березовского было создано акционерное общество «ЛогоВАЗ».
Березовский был основателем и председателем попечительского совета независимого благотворительного фонда «Триумф – ЛогоВАЗ», учредившего в 1991 году ежегодную премию «Триумф» за высшие достижения в российской культуре.
В начале 1996 года он инициировал консолидацию новой финансово-промышленной элиты России в поддержку переизбрания Б. Ельцина на пост президента России. Это начинание сыграло важную роль в сохранении российского курса реформ.
В октябре 1996 года президент Ельцин назначил Березовского заместителем секретаря Совета безопасности России, где в течение года он эффективно занимался одной из самых сложных проблем современной России – восстановлением мира в Чеченской республике.
В апреле 1998 года президентами стран СНГ Березовский был избран исполнительным секретарем Содружества Независимых Государств. Он занимал эту должность до марта 1999 года.
Березовский принимал активное участие в организации президентской кампании 1999–2000 годов, в результате которой президентом России был избран В. Путин. Сам Березовский был избран депутатом Государственной Думы Федерального собрания Российской Федерации от Карачаево-Черкесского избирательного округа.
В знак несогласия с отступлением нового президента России от курса реформ Бориса Ельцина осенью 2000 года Березовский сложил с себя депутатские полномочия и объявил об уходе в оппозицию.
В 2000 году он учредил «Фонд гражданских свобод».
В 2001 году по инициативе Сергея Юшенкова, Владимира Головлева и Бориса Березовского была образована партия «Либеральная Россия». В 2002 году Березовский опубликовал «Манифест российского либерализма», который лег в основу программы партии. В 2002 году Березовский был избран лидером партии «Либеральная Россия».
Владимир Головлев был убит в августе 2002 года.
Сергей Юшенков был убит в апреле 2003 года.
Постоянное давление силовых структур и правоохранительных органов, административное вмешательство в его деятельность, аресты и высылки коллег и друзей вынудили Березовского уехать из России. Он эмигрировал в Великобританию, где получил политическое убежище. 23 марта 2013 года он был найден мертвым в Лондоне, в доме своей второй жены, с которой был разведен, но где проживал после продажи своего собственного особняка под Лондоном.
Автопортрет, или записки повешенного
Я генетический оптимист. Я всю свою жизнь каждый день прожил так, как хотел. И всегда был дуализм. С одной стороны, я каждый день живу как последний. А с другой стороны, я каждый день живу так, как первый. И всю жизнь получаю от жизни удовольствие. Всю свою жизнь. И мне добавить к этому больше нечего. Я ощущаю себя ровно так. Я счастлив постоянно. Это болезнь, это диагноз. Я счастлив, я постоянно счастлив. Честное слово.
У меня была мечта, которая практически полностью реализована. Я хотел сохранить себя как независимого, самостоятельного и свободного человека. Причем «свободный человек» отнюдь не означает «вольный». В моей системе определений свобода определяется системой внутренних ограничений. Грубо говоря, это Десять заповедей. Свободный человек – это человек, который не нарушает эти десять ограничений, а в их рамках делает все что угодно. Десять заповедей сформулированы так, чтобы каждый мог реализовывать себя в максимальной степени, не мешая при этом другим. Я этого состояния добился и в этом смысле живу в полной гармонии с самим собой.
Я родился достаточно давно. Я почти атавизм, я видел еще Сталина на трибуне в 1952 году, и, конечно, это наложило свой отпечаток даже на разговоры близких. В моем детстве главные слова были «свобода», «равенство», «братство» и дальше некоторые вариации… Мама рассказывала, что, когда я в пять лет тяжело болел (у меня была дифтерия), от высокой температуры я бредил и в бреду звал на помощь Сталина. Вот с чем мы жили в то время.
Биографии отца и матери очень простые. Я бы сказал, страшно простые. Типичная советская судьбинушка, очень средний, реально средний, уровень советской интеллигенции. Я бы мог сказать советско-еврейской, но нет, потому что в доме не было ничего национального, не было никаких особенностей.