Осенью 1972 г. в ответ на убийство израильских спортсменов на олимпиаде в Мюнхене «Фантомы» провели целую серию ударов по лагерям Организации освобождения Палестины в Сирии и Ливане. Во время этих налетов был потерян один F-4E, но сбить удалось два МиГ-21.
21 февраля 1973 г. пара F-4E сбила пассажирский Boeing 727 ливийской авиакомпании. Погибли 216 пассажиров.
Судный день
6 октября 1973 г. египетские и сирийские войска начали широкомасштабное наступление против израильских позиций на Синайском полуострове и Голанских высотах. Его поддерживали крупные силы авиации, которые по численности превосходили IDF/AF почти в два раза.
Египетская авиация начала войну с удара по израильским аэродромам Рафидим и Офир, ЗРК, пунктам управления и РЛС на Синае. «Фантомы» вступили в бой немедленно. Дежурная пара F-4E взлетела с Рафидима, когда над ним уже находилось около двух десятков МиГ-17. В результате боя ей удалось сбить 7 самолетов. Египтяне не признали сам факт этого боя, хотя потерю 7 самолетов в тот день не отрицают. В это время другие «Фантомы» наносили бомбовые удары по наступавшим войскам и потеряли от огня сирийского ЗРК один F-4.
В конце дня египетский спецназ приступил к операциям в глубине обороны израильтян. Группы диверсантов доставляли вертолеты Ми-6 и Ми-8. Дежурная пара F-4E из 119-й эскадрильи была вызвана в район Рас-Судр, где наблюдатели обнаружили большое число вертолетов противника. Прибыв на место, летчики встретили около двух десятков винтокрылых машин, часть из которых уже приземлилась и начала высадку. Используя ракеты AIM-9 и пушки, летчики уничтожили пять Ми-8. Еще один вертолет попал в спутную струю от «Фантома» и разбился. По египетской версии, ничего подобного, конечно, не было и быть не могло. Их данные говорят о потере пяти вертолетов, но в разных частях фронта.
В первый день войны египетская авиация применила крылатые ракеты КСР-2 и КСР-11, которые запускались с бомбардировщиков Ту-16. «Фантомам» удалось сбить одну ракету КСР-2, приближавшуюся со стороны моря к Тель-Авиву.
Ночью египетские ракетные катера нанесли удар по опорным пунктам на северном фланге линии Бар-Лева. Израильские катера пытались им помешать, но успеха не добились. Вызванный на помощь F-4E уничтожил один катер противника, находившийся в 40 км от берега.
Утром 7 октября IDF/AF начали операцию Tager, направленную на подавление египетской ПВО. На позиции зенитчиков «Фантомы» сбрасывали кассетные бомбы CBU-24, каждая из которых вмещала 640 осколочных суббоеприпасов. Разлетавшиеся при их взрыве шарики разрывали электрические кабели, разрушали антенно-фидерные системы и уничтожали личный состав расчетов. В этом вылете «Фантомы» потерь не понесли.
В связи с ухудшением положения на Сирийском фронте израильтяне прекратили выполнение плана Tager и перебросили всю наличную авиацию в район Голанских высот. Перед F-4E стояла та же задача — уничтожить ПВО противника. Операция получила название Doogman 5 и стала самой неудачной в истории IDF/AF. На ее ход решающее влияние оказали устаревшие данные о расположении целей. Сирийцы успели сменить свои позиции, и «Фантомы» отбомбились по пустым местам или макетам. Из 26 ЗРК удалось уничтожить только один комплекс С-125. За халатность штабистов пришлось расплачиваться пилотам. Шесть «Фантомов» было сбито, а около десяти — получили повреждения. Два летчика F-4 погибли, и 9 попали в плен.
В ходе этого налета произошел довольно курьезный случай. Один из поврежденных в бою «Фантомов» из 201-й эскадрильи пилотировали Гад Самок и Авикам Лиф. Когда на борту возник пожар, Лиф решил, что они сбиты, и катапультировался. Но Самок продолжал бороться за жизнь своего F-4 и привел подбитую машину на базу. Об отсутствии оператора в кабине он узнал только после посадки.
В воздушных боях удача сопутствовала экипажам «Фантомов». Они записали на свой счет три МиГ-21 и один Су-7Б. В свою очередь, египетские летчики МиГ-21 отрапортовали о двух победах над F-4E.
8 октября израильские сухопутные войска предприняли ряд контратак. IDF/AF в тот день наносили удары по аэродромам противника и потеряли по два «Фантома» и «Скайхока». При этом арабы заявили об уничтожении 30 самолетов!