В 1997 г. прошли модернизацию 54 турецких и 36 греческих F-4E. Первыми занималась фирма Israel Aircraft Industries, доработавшая их по типу Kurnass 2000, но вместо радара AN/APG-76 установившая более современную станцию EL/M-2032. С греческими машинами работали немцы по программе Peace Icarus (аналог программы ICE для F-4F), благодаря которой был продлен ресурс планера, обновлено оборудование и вооружение.
Из стран-импортеров F-4E активно применяли свои машины в боевых действиях Израиль (о чем в ближайших номерах «АиВ» будет рассказано в специальной статье) и Иран. Во время войны с Ираком было сбито около 60 «Фантомов» Исламской республики. Из-за американского эмбарго на поставку запчастей многие оставшиеся машины утратили летную годность. Точное число F-4E, продолжающих летать в Иране, неизвестно, но, по некоторым данным, оно составляет 65 самолетов.
В 1968 г. F-4E решила приобрести Япония. В соответствии с международным соглашением на самолетах не устанавливались системы для ударов по наземным целям, а также система дозаправки топливом в полете, предкрылки и дефлектор. Японская промышленность разработала для истребителя несколько своих радиоэлектронных систем, в т.ч. СПО J/APR-2 и аппаратуру командного наведения APR-670 для работы с АСУ ПВО. Самолет получил обозначение F-4EJ. Два первых истребителя (№№ 17- 8301 и 17-8302) полностью сделали на McDonnell и облетали 14 января 1971 г. Следующие 11 машин поставили в Японию в разобранном виде, а собирали на фирме Mitsubishi. Первый F-4EJ (№ 27- 8303) японской сборки полетел 12 мая 1972 г. Остальные 127 истребителей строили в Японии по лицензии до 1981 г. Когда международные ограничения на наступательные виды оружия для Японии смягчили, Mitsubishi оснастила самолеты дозаправочными узлами и оборудованием для ударов по наземным целям.
В конце 1980-х гг. часть «Фантомов» японцы сняли с вооружения, а другую часть модернизировали по программе Kai с целью продления ресурса и обновления оборудования. В частности, на них установили современный импульсно-доплеровский радар AN/APG-66J, центральный компьютер, выполнявший основные боевые и навигационные вычисления. Для подвески под фюзеляж приспособили топливный бак от истребителя F-15 на 2309 л. Арсенал пополнили противокорабельной ракетой ASM-1. Первый F-4EJ Kai поднялся в воздух 17 июля 1984 г. Всего модернизировали 96 машин, из них 29 переделали в разведчики RF-4EJ Kai. Сейчас ВВС Японии планируют провести еще одну модернизацию «Фантомов», чтобы сохранить их на вооружении до 2020 г.
Пара F-4E из 6-й эскадрильи ВВС Австралии. Справа – «Фантом» (серийный № 697234) этого же подразделения после аварийной посадки в районе авиабазы Эмберли. 19 октября 1970 г.

Усиление противовоздушной обороны во Вьетнаме заставило американцев начать разработку специальных самолетов для борьбы с РЛС ПВО. На базе F-4C создали EF-4C Wild Weasel IV, но установленное на нем оборудование не позволяло применять новейшие противорадиолокационные ракеты AGM-78 Standart, что существенно ограничивало круг применения этих самолетов. Поэтому выпустили их всего 36 единиц. А вот на F-4G Wild Weasel V поступил солидный заказ в 116 машин. Базовым для этой модификации стал F-4E. Разработчики сняли с него пушку, а освободившееся пространство использовали под блоки станции AN/APR-38. Для защиты от управляемых ракет самолет оснастили системой постановки пассивных помех AN/ALE-40 и активной помеховой станцией AN/ALQ- 119, которая подвешивалась в нишу первой левой ракеты Sparrow. Радар AN/APQ-120 и ракеты «воздух-воздух» на F-4G оставили, но его главным вооружением считались противорадиолокационные ракеты AGM-45 Shrike и AGM-78 Standart ARM.
В 1980-х гг. началась модернизация F-4G. Ее наиболее важной составляющей стал переход на цифровую обработку сигналов и вооружение самолетов ракетами AGM-88 HARM. Ко времени операции «Буря в пустыне» была закончена модернизация машин только двух эскадрилий 35-го тактического авиакрыла (TFW). 36 из них широко использовались в боевых действиях. Потерян был только один самолет, да и тот, по американским данным, потерпел аварию во время вынужденной посадки на базе Эль Кахри в Саудовской Аравии.