Лодка новой амфибии была разделена на отсеки водонепроницаемыми шпангоутами-переборками, которые при простреле или повреждении любых двух отсеков обеспечивали плавучесть и непотопляемость самолета. Одной из особенностей Бе-12 являлось наличие объемного грузоотсека, в котором размещалась боевая нагрузка, причем загружать его можно было и на плаву, для чего в палубе имелся люк. Ранее создание большого герметичного люка в днище лодки было неразрешимой задачей. У Бе-6 вооружение подвешивалось под крылом, что создавало ряд проблем. В ОКБ МС эту задачу впервые решили на Бе-10.
Отличительной чертой Бе-12 от сухопутных самолетов было то, что входные двери открывались вовнутрь. Это сделано для покидания лодки в случае ее затопления, т.к. при этом открыть дверь наружу не позволит давление воды. Однако при покидании самолета в воздухе, особенно при высоких скоростях, набегающий поток может "размазать" парашютиста по корпусу лодки. Поэтому перед задней дверью, через которую предстояло спасаться радисту, в момент эвакуации должен открываться специальный щиток. Его предусмотрели после того, как с самолетом еще до первого вылета ознакомился парашютист Николай Романюк.
Этот щиток в ходе заводских испытаний принес немало хлопот. Сначала не выдерживал нагрузки от напора воздуха подкос, удерживающий его в открытом положении. После усиления подкоса стал прогибаться сам щиток. Проблема была решена после установки гидравлического демпфера. Позднее размер щитка был несколько увеличен.
Бе-12 был весьма плотно "нафарширован" радиоэлектронным и электрооборудованием, от надежной работы которого зависели и безопасность полета, и выполнение боевого задания. Поэтому к системе электроснабжения при ее создании предъявлялись весьма жесткие требования по безотказности. В результате амфибия Бериева стала одним из первых самолетов в стране, на котором системы электроснабжения были выполнены с учетом бесперебойного питания потребителей от двух независимых источников со 100% резервом и обеспечена качественная селективность сети.
Стрелковое вооружение опытного Бе-12 состояло из подвижной палубной пушечной установки. Новая амфибия оснащалась передовым на то время ра- диоэлектронным оборудованием, позволявшим решать задачи самолетовождения, инструментальной посадки в условиях ограниченной видимости и ночью, а также вести поиск подводных лодок противника. При его размещении был решен ряд проблем, связанных со спецификой работы аппаратуры в условиях гидросамолета: обеспечена электронная совместимость антенных устройств; на глиссирующей части днища за кабиной летчиков размещен люк для выдвигавшейся вниз антенны РЛС "Инициатива"; создан совместно с ВИАМ и установлен обтекатель для антенного поста радиолокационного доплеровского измерителя путевой скорости и угла сноса самолета, способный сохранять стабильность радиотехнических параметров после длительного пребывания его в морской воде; выполнены в немагнитном исполнении корма лодки, хвостовое оперение, хвостовая опора шасси и размещенное в хвостовой части самолета оборудование.
Существенным отличием Бе-12 от Бе-6 и Бе-10 было собственное шасси. Оно позволяло самолету не только взлетать и садиться на сушу, но и своим ходом сходить с берега в море или выкатываться на берег.
* Нечто подобное применялось на Ил-28, Ту-16, АН- Т2 для спасения кормового стрелка, но этим машинам не надо было находиться на воде. Нарушать же герметичность днища самолета-амфибии - дело опасное. Применив оригинальную схему герметизации этого люка, конструкторы успешно решили проблему.
Первый прототип Бе-12 во время заводских испытаний
Второй прототип Бе-12 во время испытаний
В эксплуатации это сулило существенные преимущества: отпадала необходимость в специальной команде, которая устанавливала в воде перекатное шасси, без чего летающая лодка не могла выйти на берег; решалась проблема всесезонного использования гидросамолета. В одном из первых вариантов амфибия должна была иметь трехопорное шасси с носовым управляемым колесом, но по ряду компоновочных соображений от этого отказались. Так как предполагалось, что Бе-12 в основном будет использоваться с воды, барабанные тормоза колес не снабдили эффективным теплоотводом. Для самолета специально разработали колеса основных опор шасси диаметром 1300 мм с 32-слойным кордом.