В ходе работ на базе экспериментальных данных ЦАГИ составили сеть проектных характеристик самолета "98" (скорости, высоты и дальности полета) в зависимости от геометрии крыла, взлетной массы и т.д. Это позволило оптимизировать ряд параметров аэродинамической компоновки. Впоследствии эти материалы неоднократно использовались в других разработках ОКБ.
В ходе отработки технологии изготовления панелей крыла и фюзеляжа конструкторы, прочнисты и технологи ОКБ столкнулись с большими трудностями. Из-за малой относительной толщины крыла панели были необычно высоко нагружены, что впервые потребовало применения обшивки толщиной до 8-10 мм. Моделирование и расчеты, проведенные в ОКБ, показали, что для крепления к такой обшивке стрингеров без существенного перетяжеления нужны заклепки, каких промышленность не выпускала. Поэтому в ОКБ пошли по новому пути и предложили прессовать панель целиком - обшивку вместе со стрингерами. Технологически это оказалось возможным, если панель прессовать в виде трубы, а потом разворачивать. Одним из достоинств такой конструкции было снижение трудоемкости сборочных операций, т.к. исключался большой объем клепальных работ. Чтобы при разворачивании трубы стрингеры не отрывались, решили их крепить с внешней стороны грубы. Когда стало ясно, что столь необычная технология не снижает прочности панели, ее приняли и внедрили в производство самолета "98", а позднее - Ту-22.
На "девяносто восьмой" впервые в практике ОКБ-156 во все каналы управления ввели необратимые гидроусилители (до этого Туполев весьма настороженно относился к еще "сырым" бустерам). Одновременно появились пружинные загружатели и различного типа рулевые демпферы, позволившие получить приемлемое управление. Силовая установка бомбардировщика состояла из двух двигателей АЛ-7Ф ОКБ А.М.Люльки со статической тягой 6500 кгс (9500 кгс - на форсаже), расположенных в хвостовой части фюзеляжа. Воздух к ним поступал через удлиненные воздухозаборники, начинавшиеся за кабиной. Основные стойки шасси крепились к бимсам бомбоотсека и убирались назад в специальные ниши под двигателями. Четырехколесная тележка при этом поворачивалась на 90‘ и занимала вместе со стойкой горизонтальное положение. Такое решение позволило получить аэродинамически чистое крыло, но ухудшало устойчивость машины при движении по ВПП, особенно скользкой. Специально для бомбардировщика "98" под руководством А.В.Надашкевича и И.И.Торопова была разработана кормовая дистанционная стрелковая установка с двумя пушками АМ-23, наведение которой осуществлялось с помощью радиолокационного прицела ПРС-1 "Аргон".
Ведущим конструктором по самолету "98" назначили Д.С.Маркова, ведущим инженером по производству - А.Залесского. Постройка опытной машины закончилась в июле 1955 г. Самолет перевезли га летно-испытательную и доводочную базу (Л ИиДБ) в Жуковском, где до февраля 1956 г. он стоял без двигателей, пока ОКБ А.М.Люльки не предоставило два АЛ-7Ф из первой, еще не совсем доведенной партии. До июня велись наземные отработки систем, двигателей, вооружения, а также доукомплектовывалось оборудование. 7 июля начались заводские испытания. В первый полет машину подняли летчик-испытатель В.Ковалев и штурман-испытатель К.Малхасян.
Испытания опытного бомбардировщика проходили до 1959 г. Была достигнута максимальная скорость 1238 км/ч (по эскизному проекту она равнялась 1365 км/ч). Дальность полета с нормальной боевой нагрузкой составила 2440 км. Длина разбега при взлетном весе 39 т на форсаже -1160 м, а пробега (с тормозным парашютом) - 865 м. Взлетно-посадочные характеристики позволяли эксплуатировать самолет с аэродромов, на которых базировались Ил-28. Несмотря на неплохие данные, "девяносто восьмой" в серию запускать не стали. Машина разделила судьбу бомбардировщика ОКБ С.В.Ильюшина Ил-54. С середины 50-х гг. функции фронтовой ударной авиации начали передавать новому классу самолетов - истребителям- бомбардировщикам, кроме того, Ил-28 еще неплохо справлялся со своими задачами. 28 февраля 1958 г. вышло постановление Совмина №1013/482, которое снимало вопрос о серийном производстве бомбардировщика.
