С учетом опыта полетов в 1959 г. на очередной учебный год была поставлена задача совершенствовать навыки работы с поисковой аппаратурой, особенно ночью и в СМУ. Суммарный налет эскадрильи в 1960 г. резко возрос и превысил 900 ч, в том числе ночью в СМУ — 35 ч, благо недостатка в плохой погоде на Камчатке не отмечается. 26 октября 1959 г. при посадке ночью на аэродроме бухта Ягодная в условиях сильной метели произошла поломка Бе-6, пилотируемого командиром 122-й омдраэ майором Судаковым.
В 1960 г. эскадрилья пополнилась матчастью и изменила свое предназначение и вошла в состав 317-го смешанного авиаполка (с 31 января).
21 -26 мая 1960 г. из Суходола в бухту Ягодная капитаны Колпашников, Сипович, Жаворонкин и старший лейтенант Вавилов перегнали еще четыре Бе-6, ранее состоявших на вооружении 289-го отдельного морского дальне-разведывательного авиаполка, а 1 ноября 1960 г. 122-я омдраэ переименовали в 122-ю отдельную дальнюю противолодочную эскадрилью, а 1 августа 1961 г. — в 122-ю отдельную противолодочную авиационную эскадрилью дальнего действия (оплаэ да).
Бе-6 на гидроаэродроме. Бухта Ягодная
Кормовая стрелковая установка Бе-6. Снимок сделан с палубного самолета ВМС США
С 20 мая по 1 сентября 1963 г. 122-я эскадрилья восемью экипажами попутно выполняла задачи воздушной разведки кораблей и судов в оперативной зоне Камчатской военной флотилии, произведено 24 самолето-вылета, в том числе 14 ночью. Результативность вылетов составила 95 % — «задачи вскрытия надводной обстановки решались полностью и с высоким качеством». Экипажи Бе-6 трижды успешно осуществляли поиск иностранных подводных лодок во взаимодействии с кораблями Камчатской военной флотилии и вели за субмаринами длительное слежение. На следующий год эскадрилья продолжала решать задачи противолодочной обороны и боевой службы в оперативной зоне Камчатской военной флотилии (КВФ) самостоятельно и во взаимодействии с кораблями противолодочной обороны КВФ; произведено 24 самолето-вылета Бе-6. Для поиска надводных кораблей и судов, подводных лодок использовались радиолокаторы, гидроакустическая и магнитометрическая аппаратура.
В 1965–1966 гг. эскадрилья решала задачи поиска иностранных подводных лодок, надводных кораблей и судов на подходах к побережью Камчатки, Курильских островов и главной базе Камчатской военной флотилии, устанавливала их местонахождение, определяла состав сил и характер деятельности. В случае необходимости экипажи Бе-6 во взаимодействии с кораблями ПЛО препятствовала действиям субмарин ВМС других государств.
20 сентября 1966 г. пять Бе-6 (командиры экипажей майоры Трапезников, Сопенюк, Коробков, капитаны Вялов, Васильев) выполнил перелет из бухты Ягодной в Суходол, где самолеты передали в 289-й авиаполк, после чего личный состав 122-я оплаэ дд с 1 декабря 1966 г. по 1 апреля 1967 г. приступил к переучиванию на противолодочный гидросамолет-амфибию Бе-12 в Николаеве.
Новую технику эскадрилья получила уже на новом месте базирования — аэродроме Елизово (Петропавловск-Камчатский). Амфибия Бе-12, в отличие от летающей лодки Бе-6, «умела» взлетать и садиться на сухопутные аэродромы, поэтому необходимость в гидроаэродроме отпала. Первые три Бе-12 эскадрилья получила 15 июня 1967 г., еще три прибыли в Елизово 12 июля и два — 15 декабря 1967 г. В 1967 г. десять экипажей были подготовлены к полетам на боевое применение Бе-12 днем в ПМУ и СМУ, четыре летчика и четыре штурмана получили инструкторские допуска на Бе-12.
В 1969 г., 9 июня, впервые в истории эскадрильи было выполнено групповое серийное торпедометание днем и ночью: днем — экипажами командира эскадрильи подполковника В.Н. Трапезникова (ведущий), капитана В.Н. Преображенского и капитана Н.Ф. Стрельцова; ночью — экипажами командира отряда майора Д.А. Коробкова (ведущий), капитана О.А. Вялова, капитана Н.С. Калашникова. Помимо поиска подводных лодок и отработки нанесения по ним торпедных ударов, экипажи эскадрильи практиковались в выполнении бомбометания на сухопутных полигонах и по «условной» подводной лодке.
Освоение новой техники не обошлось без жертв: 25 сентября 1969 г. при выполнении ночного учебного полета произошла катастрофа самолета Бе-12. Самолет столкнулся с сопкой, все пять членов экипажа погибли: командир корабля капитан В.Н. Преображенский, правый летчик капитан Ю.Е. Кропылев, штурман корабля ст. лейтенант В.В. Карусенко, проверяющий старший штурман подполковник Л.Н. Савинов, воздушный радист-оператор старшина сверхсрочной службы Ю.Ф. Гонзарь.