Не отрицая ценности единых методик лётного обучения, черноморцы предложили отказаться от обучения в школе ОВФ и организовать обучение летчиков своими силами, имея в виду гидросамолеты. Своё предложение они обосновывали возможностью сократить сроки подготовки на три – четыре месяца и снижением затрат (теоретическое обучение на курсах в Петербурге не исключалось). Довод относительно снижения затрат на обучение и исключение этапа подготовки на сухопутных самолётах безусловно заслуживал внимания. Об этом и доложил в январе 1913 г. начальник Морского генерального штаба вице-адмирал А.А Ливен морскому министру адмиралу И.К. Григоровичу. Одновременно возник вопрос о подготовке «нижних чинов-специалистов». По опыту Службы связи Балтийского моря на обучение этой категории личного состава затрачивалось три – четыре месяца. Непременное условие – направлять на эти курсы желающих из специалистов, в частности сверхсрочнослужащих. Морской министр согласился с организацией подготовки морских лётчиков на Чёрном море. Если не вдаваться в формальную сторону, то это фактически разрешение на организацию первой школы морской авиации! Не исключено, что черноморцы догадывались о назревающем конфликте с руководством севастопольской школы ОВФ и не ошиблись в своих предположениях.
Начальник Морского генерального штаба 19 февраля 1913 г. доложил морскому министру: «Управляющий делами ОВФ капитан 1-го ранга Фогель, письмом на моё имя от 24 января с.г. за №186, указывал, что ОВФ вынужден иметь бипланы Фармана исключительно для обучения офицеров флота, так как офицеры Военного ведомства обучаются только на самолётах Ньюпор, то просит меня сообщить ему для доклада его императорскому высочеству великому князю Александру Михайловичу не признает ли Морское ведомство возможным приобрести теперь же для школы два учебных Фармана с 50- сильными двигателями «Гчом» и один быстроходный с 80-сильным двигателем, на что потребно 25 ООО рублей». Кроме того, следовало переводить в счёт оплаты за бензин, масло и прочее до 1500 рублей на каждого обучаемого. Безусловно, подобное требование было справедливым, но военное ведомство как-то запамятовало, что оно расходует деньги, которые предназначались в своем первоначальном варианте на строительство кораблей. Морское министерство не имело желания выделять 43 тысячи рублей (18 тысяч рублей на обучение 12 летчиков и 25 тысяч рублей на приобретение самолетов) – такие расходы просто не предусматривались бюджетом. Начались переговоры, в результате которых возникший инцидент удалось уладить и договориться выделять на каждого обучаемого морского ведомства по 1000 рублей, если ОВФ «заведёт для пользы дела, учебные аппараты Фармана» (в следующем году по 1200 рублей). Возможно, согласие было жёсткой позицией морского ведомства, которое заявило, что если соглашение не будет достигнуто, то практическое обучение полётам организуют в «школе императорского Всероссийского аэроклуба или непосредственно в авиационных отрядах Службы связи».

Самолет "Маран" у ангара Качинской авиашколы
В мае 1913 г. на Опытную станцию Гребного порта прибыла первая партия молодых лётчиков для обучения на гидросамолётах: лейтенант Б.А. Щербачев, мичманы: П. Ваксмут, И.И. Кульнев, П.Э. Липгарт, В.А. Литвинов и инженер-механик мичман В.Е. Зверев.
Специальная комиссия, назначенная командующим ЧФ, чтобы подтвердить целесообразность обучения летчиков непосредственно на флотах, минуя летную школу ОВФ, приняла в августе 1913 г. экзамен на звание летчика у мичмана Рогозина.. Инструкцией, принятой на Черном море, например, определялось, что первый самостоятельный вылет на новом типе самолета летчик производит в присутствии разрешившей его комиссии. В ее состав обязательно входили: начальник службы связи Черного моря, начальник команды военно-морских летчиков, проводивший обучение инструктор. Но практика подготовки лётного состава на флотах имела и существенный недостаток, так как различия в методическом уровне инструкторов и неминуемые в связи с этим издержки могли привести к недоученности летчиков. К тому же всё более явной становилась необходимость готовить лётчиков и для обычных самолётов. Помимо документов, поступавших сверху, на флотах разрабатывались конкретные инструкции по организации и производству полетов с учетом условий базирования, характера решаемых задач и типа летательных аппаратов.