Это одна из причин по которой к 1963 г. самолёты-разведчики Ту-16Р, поставки которых в авиацию флотов начались в 1957г., почти повсеместно вытеснили Ил-28Р, а Бе-6 переоборудовались в противолодочные и частично списывались. Причём происходило это не сразу. Так по штатам середины 1957 г. некоторые разведывательные полки состояли из трёх разных эскадрилий: самолёты Ту-16Р, Ил-28Р и Ил- 28РТР.
На этом этапе Ту-16Р с РЛС типа РБП-4 (РБП-6), с дальностью обнаружение крупных кораблей 150-180 км, обеспечивал целеуказание и в интересах Ту-16КС, дальность пуска ракет которых не превышала 100-130 км. Разведывательное оборудование самолёта Ту-16Р включало станции FTP типа СРС-1 и СРС-3. Первая предназначалась для обнаружения и выявления основных параметров РЛС в диапазоне волн от 10 до 500 см. Все операции выполнялись вручную для чего пришлось включить в экипаж седьмого человека – спецоператора. Для него в грузовом отсеке установили подвесную гермокабину с катапультируемым вниз креслом.
Вторая станция радиотехнической разведки СРС-3 автоматическая, она фиксировала работу РЛС работающих в диапазоне от 3 до 30 см. Запись производилась на фотопленку, дешифрирование которой осуществлялось только после полёта. Контейнеэы станции СРС-3 сигарообразной формы крепились к подкрыльным пилонам.
Радиус полёта самолёта Ту-16Р при взлётном весе 75 800 кг достигал 2 500 км, если же в районе объекта разведки производилось снижение, то он естественно уменьшался. Для увеличения дальности предназначалась система заправки топливом в полёте. Одна попутная заправка увеличивала дальность полёта в среднем на 1300-1400 км.
Разведчик Ту-16Р
На Ту-16Р устанавливались ТРД типа РД-ЗМ с увеличенным ресурсом. Набор авиационных фотоаппаратов обеспечивал повышенную чёткость аэрофотоснимков. Для съемок в ночное время устанавливался специальный фотоаппарат.
Экипажи самолётов Ту-1 6Р приступили к систематическим разведывательным полётам по планам флотов, летом 1961 г. впервые в истории авиации ВМФ был выполнен полёт продолжительностью 1 1 ч.48 мин. на Северный полюс с двумя заправками в полёте экипажем майора Ф.В. Узлова. Экипажи 317 осап авиации ТОФ приступили к систематическим полётам в Тихий океан и во многом способствовали совершенствованию приёмов разведки. С заправкой в воздухе экипажи вели эпизодическую разведку подходов к Восточному побережью островов Японии для своевременного обнаружения АУГ ВМС США, следующих в ВМБ Йокосука. Первые контакты с АМГ обычно сопровождались перехватами истребителей. Решили попытаться избежать преждевременного обнаружения и на практике отрабатывать и проверять приёмы скрытного ведения воздушной разведки (с выходом на визуальный контакт под лепестком диаграммы направленности корабельных РЛС). Совершенствовались также приёмы использования бортовых средств РТР.
Сложность полётов с аэродрома Елизово состояла в том, что при резком ухудшении метеоусловий на нём экипажи оказывались в затруднительном положении, запасных аэродромов поблизости у них не было. Эта же эскадрилья, используя для базирования аэродром Анадырь, эпизодически выполняла разведывательные полёты вдоль Северного побережья Аляски.
Когда силы флота отошли от собственных берегов, а авиация стала выполнять полёты в воздушном пространстве над международными водами, возник ряд проблем, в том числе, связанных с безопасностью. Для авиации это имело особое значение.
Следовало на договорной основе с другими государствами определить порядок облёта кораблей, особенно авианосцев в период, когда на них производятся полёты, не создавать опасные инциденты, которые могут истолковываться как нападение или действия, приведшие к нежелательным последствиям.
Основания для этого имелись. Так при облёте авианосца ВМС США в Норвежском море 25 мая 1968 г. потерпел катастрофу самолёт Ту-16Р, пилотируемый майором Плиевым. Попытки штаба авиации ВМФ взвалить ответственность за катастрофу на американские палубные истребители оказались несостоятельными. Из кадров киносъёмки, представленных через посольство американской стороной следовало, что самолёт, следовавший на недопустимо малой высоте, при развороте задел консолью за воду.