Невельская операция стала последней для Калининского фронта, с 20 октября 1943 г. он стал 1-м Прибалтийским фронтом.
В декабре 1943 г. полк в составе 5-й гвардейской Валдайской иад (бывшей 239-й иад) в связи с реорганизацией фронтов вошел в состав 15-й воздушной армии 2-го Прибалтийского фронта. Фактически полк оставался в двойном подчинении, так как дивизия входила в состав 11-й истребительного авиационного корпуса Резерва Главного Командования.
С января по июнь 1944 г. полк пополнялся матчастью и личным составом на аэродроме Семенки. По состоянию на 1 апреля 1944 г. в полку имелось 35 истребителей Р-39 «Аэрокобра» (31 исправный, 4 неисправных), на 1 ионя – 41. По окончанию доукомплектсвания, 8 июня 1944 г. полк убыл на аэродром Журидово, на 1-й Прибалтийский фронт в 5-ю гвардейскую иад 11-го иак За 19 летных дней июня было выполнено 684 боевых вылета на прикрытие ударных самолетов, штурмовку, разведку, свободную охоту и блокировку аэродромов противника. В июле 1944 г. полк, следуя за наступающими частями 1-го Прибалтийского фронта, сменил несколько аэродромов, произвел почти тысячу боевых вылетов и способствовал освобождению городов Полоцк, Паневежис, Шауляй.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 октября 194 4 г. за образцовое выполнение боевых заданий на 1-м Прибалтийском фронте полк был награжден орденом Кутузова III степени. С октября 1942 по сентябрь 1944 гг. полком командовал Олег Маркович Родионов. В числе немногих советских летчиков он был награжден Золотым рыцарским крестом Британской империи. В сентябре 1944 г. гвардии подполковник Родионов получил назначение на должность заместителя командира 9-й гвардейской Мариупольской истребительной авиадивизии, которой командовал полковник А.И. Покрышкин. Подполковник Родионов погиб в конце апреля 1945 г. под Берлином в возрасте всего 26 лет.
После ухода Родионова на повышение полк принял гвардии майор Борис Дмитриевич Милехин. 22 июня 941 г. Борис Милехин встретил, будучи рядовым пилотом 153-го иап – всю войну, от первого до последнего ее дня в одном полку. В начале войны на истребителе МиГ-3 Милехин выполнил 117 боевых вылетов, затем летал на «кобрах». После войны Б.Д. Милехин дослужился до генерал-лейтенанта.
В составе 1-го и 2-го Прибалтийских фронтов полк произвел 4462 боевых вылета.
Со второй половины февраля 1945 г. полк работал с аэродрома Пазунден (16 км севернее Кенигсберга) в интересах 3-го Белорусского фронта.
Конец войны, но напряжение боев только возрастало. В марте – 6С 0 боевых вылетов, в апреле – 1090, в том числе 537 самолето-вылетов на блокирование и штурмовку аэродромов противника, 367 – нанесение ударов по живой силе и технике противника, 93 – на сопровождение бомбардировщиков Ту-2 и Пе-2, 24 – на свободную охоту. В апреле 1945 г. на вооружении 28-го гв. иап состояло 59 истребителей Р-39 «Аэрокобра». Полк принимал участие в штурме Кенигсберга. На боевые задания гвардейцы неоднократно летали вместе с летчиками из полка «Нормандия – Неман».
В первых числах мая 1945 г. полк срочным порядком перебросили в район Шауляя, для действий против Курляндской группировки германских войск.
За время Великой Отечественной войны летчики полка уничтожили 509 самолетов противника, 12 аэростатов, 19 танков, 184 артиллерийских орудия, 85 минометов, три бронепоезда, пять паровозов, 330 ж.д. вагонов, 40 мотоциклов, 905 автомашин, большое количество живой силы. Собственные боевые потери полка составили 64 летчика, шесть человек инженерно-технического состава и 94 самолета. Девять летчиков полка были удостоены звания Герой Советского Союза (четверым – Ф.М. Мазурину, Н.Ф. Пасько, А.В. Кислякову и Л.А. Быковцу звание Героя присвоено указом от 18 августа 1 945 г.), А.С. Смирнов стал дважды Героем.
Заместитель командира 28-го гв. ИАП гв. майор А. В. Кисляков
В Параде Победы в Москве приняли участие А.С. Смирнов, Л.А. Быковец, Ф.М. Мазурин, С.И. Коробов, БД Милехин.
После капитуляции Германии полк перебазировался на аэродром Гросс-Диршкайм.
Со 2 по 26 июня 1946 г. личный состав проходил переучивание на истребитель Р-63 «Кингкобра». 2 июля 42 экипажа убыли в Красноярск за «Кингкобрами». В середине августа летчики полка перегнали из Красноярска на аэродром Гавунден 41 истребитель Р-63 «Кингкобра», но эти самолеты предназначались отнюдь не для 28-го гв. иап. «Кингкобры» передали в 57-й гв. иап 5-й гв. иад, а 28-й полк продолжал эксплуатировать просто «Кобры». В июне 1947 г. началось переучивание на реактивный истребитель Як-15. В связи с грядущим переучиванием 13 мая полк перелетел с аэродрома Гросс-Диршкайма на аэродром Зидлунг (Калининградская обл.). К 30 июля все летчики полка самостоятельно вылетели на реактивных Яках (на Як-15 было подготовлено 53 пилота), параллельно полк продолжал отрабатывать задачи боевого применения на поршневых «Кобрах». «Промежуточным» типом, посредством которого пилоты переучивались с Р-39 на Як-15 стал истребитель Як-9, в полку в тот период имелось шесть Як-9.