Исключением оставался штопор, для строевых летчиков МиГ-27 безоговорочно запрещенный (как, впрочем, и на других современных машинах). Штопор и сваливание на МиГ-27, как правило, осложнялись срывом потока в воздухозаборниках и начинавшимся помпа- жом с быстрым перегревом двигателя. Чтобы избежать помпажа, еще до начала вывода из штопора следовало выключить двигатель. Сам вывод, и при послушном поведении машины, приводил к потере высоты не менее 35004000 м, и если МиГ-27 начинал штопорить на этих высотах, то летчику оставалось только катапультироваться – запаса высоты ему уже не хватало. Помочь при таком стечении обстоятельств не мог даже богатый летный опыт: 12 мая 1987 года в 39-й адиб начштаба эскадрильи майор А.В Сучков, выполняя боевой разворот для атаки наземной цели, в верхней точке виража попал в облака, потерял ориентировку и сорвался в штопор. Выровнять машину летчик 1 -го класса уже не смог – земля была рядом, и ему пришлось покинуть самолет.
В другой раз в Талды-Кургане к потере самолета едва не привела сама "система безопасности" СОУА. 10 октября 1986 года сразу после уборки шасси на МиГ-27Д майора В.И.Кланоуса отказал датчик угла атаки, толкатель тут же среагировал и увел вперед ручку управления, загоняя в пикирование взлетавший самолет. Летчику пришлось обеими руками удерживать ручку, пересиливая механизм. Только уведя самолет от земли, он смог отключить САУ и СОУА и развернуться на посадку.
На посадке МиГ-27 имел свои особенности: по сравнению с МиГ-21 и даже МиГ-23 посадочная глиссада более тяжелой машины выглядела выше ("по-вороньи") и требовала увеличенных оборотов двигателя, не прощавшего резкой уборки оборотов. Посадка выполнялась на скорости 270-280 км/ч (на уровне МиГ-21), но малая база шасси при большом киле и всей боковой проекции требовала внимания, особенно при боковом ветре, когда на ошибку при выравнивании или внезапный порыв ветра при изрядной "парусности" самолет отвечал быстрым креном. Задержка с его парированием приводила к касанию-падению на одно колесо, а то и чирканию консолью по бетону. Садиться с ПТБ при неработающей САУ вообще запрещалось – баки сильно ухудшали боковую устойчивость и их следовало сбросить перед посадкой. Вместе с тем МиГ-27 избавился от склонности к "козлам" на посадке, свойственным МиГ-23М, и позволял садиться даже с убранными закрылками – для этого следовало выдерживать глиссаду более пологой, а скорость – выше на 50-60 км/ч.

Пара "Кайр" 18 гв. апиб во время перелета на аэродром перехватчиков в г. Братске
Этот самолет был списан и передан в качестве учебного пособия Харьковскому ВВАИУ
Заправка МиГ-27К от ТЗА-7.5-500А
Практически не возникало сложностей у летчиков, переучивавшихся с МиГ-23Б и БН: после сдачи зачетов по матчасти и теории пилотирования, вся процедура ограничивалась полетом по кругу на МиГ-27, а затем вылетом в зону на простой пилотаж и полет по маршруту, после чего они автоматически получали допуск по всем видам уже имевшейся подготовки на предыдущем типе. Направлять на переучивание летный и техсостав с близкого по типу МиГ- 23М (что, на первый взгляд, казалось привлекательным – летчики и техники с опытом эксплуатации МиГ-23 легче и быстрее всего освоили бы МиГи-бомбардировщики) не представлялось возможным – до поры до времени все полки на "чистых" МиГ-23 входили в структуру ИА и забирать из них истребителей не было смысла. "Пересаживаться" с МиГ-23 на МиГ-27 приходилось только вчерашним курсантам, выпускавшимся из училищ на "двадцать третьих" и попадавшим в ИБА. В самих Ейском и Борисоглебском ВВАУЛ,специализировавшихся на подготовке летчиков ИБА, летное обучение на МиГ-27 не проводилось.
В пилотировании МиГ-27 несколько отличался от МиГ-23. Основным "визуальным" фактором было отсутствие объемистого носа с торчащей ПВД, по которой обычно ориентировались летчики (ПВД и на рулении, и в полете служил "указкой" положения машины), из-за чего на МиГ-27 приходилось вырабатывать новые навыки. Если истребитель взлетал сразу после отрыва переднего колеса, практически без разбега на двух колесах, то у МиГ-27 взлет стал немного продолжительнее, с разгоном на основных колесах при поднятой передней стойке и контролем за взлетным углом атаки по указателю на козырьке фонаря. Отрыв происходил на скорости 300-330 км/ч, в зависимости от нагрузки.