При этом соображения могли быть очень разными, в том числе и нравственного порядка.
Основная дипломатическая нагрузка в нелегких научных переговорах с маститыми учеными легла на плечи Курчатова.
28 сентября 1945 года Специальный комитет рассмотрел и окончательно утвердил список № 1 двадцати академических, ведомственных и учебных институтов с перечнем конкретных тем, поручаемых каждому из них.
Более всего заказов получили три академических института: Физико-технический (директор — академик Иоффе), Физический (директор — академик Вавилов), Радиевый (директор — академик Хлопин).
В списке № 1 отсутствовали некоторые весьма авторитетные научные учреждения, амбициозно претендовавшие на участие в атомном проекте. Например, Московский университет.
Группа университетских физиков, возглавляемая профессором Иваненко, считала себя несправедливо обиженной таким решением. Неприязнь к академическим ученым, рожденная ещё в предвоенные годы, могла выстрелить ядовитыми стрелами в любой непредсказуемый момент.
Но в 1945 году Технический совет находился полностью в руках академических лидеров, и открытая борьба была обречена на поражение ученых из МГУ.
Поэтому они смирились с поражением, не апеллируя к политической власти.
В списке № 1 отсутствовал также известный в стране Институт физических проблем, который возглавлял член Спецкомитета Петр Леонидович Капица.
Но здесь причина была в другом.
Капица панически боялся секретных тем для своего института. Страшился собственной засекреченности, поскольку это поставило бы крест на его международных связях, на лелеемой втайне надежде получить когда-нибудь звание нобелевского лауреата, на его привычной и неограниченной свободе действий.
Близкое знакомство с бериевским стилем руководства атомными проблемами привело Капицу в неописуемый ужас. «Почетные» обязанности по Спецкомитету ему были совсем не по душе. Все тверже созревала мысль о необходимости срочно вырваться из атомного капкана, куда он попал отнюдь не по собственному желанию.
Через пять дней после утверждения атомного научного списка № 1, 3 октября 1945 года, Капица написал письмо Сталину с просьбой о своей отставке:
«…Я уверен, что пока я больше пользы принесу как своей стране, так и людям, если отдам все свои силы непосредственно научной работе, ею я и решил всецело заняться. Ведь эту работу я люблю и за неё заслужил уважение у людей. Поэтому прошу Вас, чтобы Вы дали свое согласие на мое освобождение от всех назначений по СНК, кроме моей работы в Академии Наук».
Сталин на это письмо никак не отреагировал. Отказ Капицы вместе со своим институтом участвовать в атомном проекте не очень сильно огорчил Курчатова. А вот вежливое и корректное отстранение от урановой проблемы Института химической физики (ИХФАНа) во главе с академиком Семеновым его расстроило. Но Игорь Васильевич рассчитывал, что к вопросу ИХФАНа, с его прекрасными научными кадрами, он при подходящем случае обязательно ещё вернется.
Все привлеченные к атомной тематике институты срочно принялись за составление календарных планов работ, а заодно и мероприятий по материально-техническому обеспечению, расширению площадей и штатов, приобретению приборов и оборудования. Институты понимали, что финансирование их работ Первым Главным Управлением обещает быть щедрым, и поэтому старались как можно быстрее и эффективнее решить заодно свои собственные застарелые проблемы.
Наиболее важные атомные работы дублировались разными институтами. Принцип здоровой конкуренции сразу закладывался Спецкомитетом как основополагающий в организации всех работ.
Наиболее ответственные дела оставались за секретной лабораторией № 2, руководимой Курчатовым. Она должна была освоить лабораторные и опытно-промышленные методы разделения изотопов урана и получения плутония в уран-графитовой сборке. Кикоин и Курчатов отвечали за подготовку Технических Заданий (ТЗ) на проектирование промышленных комбинатов № 813 и № 817.
За Харитоном оставалась разработка конструкции бомбы, за Алихановым — тяжеловодный реактор. Несмотря на явную приоритетность Лаборатории № 2 во всех научных вопросах атомного проекта, вопрос о Главном научном руководителе оставался открытым. Капица или Курчатов?