Но море стало брать реванш. В 865 году страшный шторм, обрушившийся на устье Рейна, затопил крупный город Дорестад, а также окружающие его земли. В 1170 году, в "День всех святых" море отрезало от материка большой участок суши, превратив его во Фризские острова. В конце XIII столетия вода достигла озера Флево, лежащего в глубине Нидерландов, соединилась с ним, и так возник обширный залив Северного моря — Зейдер-Зее "Южный залив". Наводнения 1218, 1287 и 1377 года образовали еще два новых залива — Долларт и Лауверс-зе.
Страшное наводнение обрушилось на берега Нидерландов в 1362 году. С 15 по 17 января бушевал свирепый зимний шторм, новолуние вызвало к тому же бурный морской прилив. В результате бедствия большой город Рунгольт был навсегда погребен под водой, море поглотило большой участок суши, от которой осталось лишь несколько клочков земли в виде островков. Затопленными оказались дома, церкви, пастбища, и в водах разбушевавшегося моря погибло около 100 тысяч человек. Обширный участок суши отделился от материка и превратился в остров Странд.
Еще раньше под водой оказались города Энс и Налете. Вдававшийся во время античности в воды Северного моря полуостров превратился в остров Зюдштранд, который ныне полностью исчез под водой. В XVI столетии наводнение затопило большую часть Нидерландов, в том числе города Роттердам и Амстердам. Эта катастрофа обошлась стране в миллионы гульденов убытка и стоила жизни 400 тысячам человек. Широкая полоса суши превратилась в морское дно.
11 октября 1634 года морские волны обрушились на оставшийся от катастрофы 1362 года остров Странд, площадь которого равнялась 30 тысячам гектаров, а население составляло около девяти тысяч человек. После шторма Странд распался на три небольших островка общей площадью всего лишь в девять га, от потопа спаслось немногим более двух с половиной тысяч жителей Странда. В феврале 1825 года штормовые волны бушевали в Галлигене, унеся с собой множество домов и пятую часть защитных укреплений. В ночь с 31 января на 1 февраля 1953 года Северное море вновь обрушилось на берега Голландии, разрушив 400 плотин, затопив 160 тысяч гектаров плодородной земли и погубив почти две тысячи человек и 60 тысяч голов домашнего скота. В феврале 1962 года штормовые волны ворвались в устье Эльбы, достигнув Гамбурга и затопив его центр.
На дне Северного моря, таким образом, находятся следы поселений первобытного человека, средневековые города и целые острова. События последних веков зафиксированы в хрониках, о затонувших островах говорят предания и легенды, правоту которых могут подтвердить раскопки под водой. Подводные раскопки смогут решить и загадку земель Арктики — земель, о которых сообщали многие ее исследователи и которые тщетно потом разыскивали другие открыватели арктических широт.