В 1940 году, по личному рапорту Сафонова, его направили в распоряжение ВВС Северного флота командиром звена авиационного полка.
Великую Отечественную войну Б. Ф. Сафонов встретил командиром эскадрильи 72-го смешанного авиационного полка Северного флота, в котором ни одно боевое задание не выполнялось без непосредственного участия ее командира. Войну летчики полка начали на устаревших истребителях И-16 (летая на этих машинах, Сафонов совершил 109 боевых вылетов и сбил 17 самолетов противника). На левом борту фюзеляжа своего И-16 (бортовой № 11) Б. Ф. Сафонов вывел крупными буквами — «За Сталина!», а на правом — «Смерть фашистам!».
В первый день войны, 22 июня 1941 года, Сафонов в группе с летчиком-истребителем Воловиковым у полуострова Рыбачий вышел на перехват гитлеровского бомбардировщика. Несмотря на то что вражеский самолет имел прямое попадание и задымил, он все-таки сумел оторваться от преследования и ушел на свою территорию…
Свою первую победу одержал 24 июня 1941 года, сбив Ju-88. К концу лета 1941 года Б. Ф. Сафонов, награжденный 14 июля 1941 года первым орденом Красного Знамени, совершил 130 боевых вылетов, провел 32 воздушных боя и лично сбил 11 самолетов противника. Только за 5 дней августа он одержал пять личных побед.
15 сентября 1941 года семерка истребителей под его командованием вступила в схватку с превосходящими почти в 8 раз силами противника, уничтожила 13 вражеских самолетов, не потеряв ни одного своего. Сафонов лично сбил 3 самолета.
Об этом дне стоит рассказать отдельно. К 15 сентября накал боевого противостояния как на земле, так и в небе достиг своей наивысшей точки. Накануне немецкие части двумя полками под прикрытием дымовой завесы и при поддержке авиации нанесли удар по нашей обороне. Для поддержки наступления в первой половине дня авиация противника произвела два массированных налета на расположение наших войск. В ответ в воздух были подняты все имевшиеся в наличии советские истребители. Мало того, по наступающим горным егерям наносили удары бомбардировщики и штурмовики ВВС Северного флота и 14-й армии. Особенно было жарко в небе в районе Западной Лицы, где горные егеря потеснили наши части, продвинувшись на 14 километров вперед и тем самым перерезав единственную дорогу на Мурманск.
В 10.17 семерка И-16 и пара МиГ-3, ведомые капитаном Сафоновым, вылетели на прикрытие своих наземных войск в районе Западной Лицы. Надо сказать, что в сентябре месяце в состав сафоновской эскадрильи вошли остатки группы самолетов МиГ-3, которая ранее подчинялась непосредственно командиру 72 сап. Там уже над линией фронта вели штурмовые действия «Чайки» и «Бисы» ВВС СФ и 14-й армии. Действия армейских штурмовиков 147-го иап прикрывали звенья И-16 и ЛаГГ-3 145-го иап. Почти в это же время с противоположной стороны к линии фронта подошли пикирующие бомбардировщики Ju-87 с большим истребительным эскортом — Bf-110 из состава 1.(Z)/JG 77 и Bf-109 из состава 1. и 14./JG 77. Североморцы вместе с армейскими летчиками вступили в схватку с противником. Воздушный бой сразу же распался на несколько отдельных схваток.
Летчикам-североморцам не удалось прорваться к бомбардировщикам противника, так как они были скованы истребителями сопровождения. Наши истребители привычно встали в «оборонительный круг». В один из моментов воздушного боя один «сто десятый» оставил свое место в строю звена и предпринял попытку атаковать шедшие ниже И-16, как в тот же миг сам был атакован другим И-16, севшим ему на хвост. У подбитого «Мессершмитта» сразу же заклинило один из моторов, он свалился в штопор, с небольшой высоты упал на землю и взорвался. Учитывая обстоятельства боя, нет ничего удивительного в том, что никто из экипажа «сто десятого» не спасся[65].
Возвратившись из первого в этот день боевого вылета, летчики — капитан Сафонов, старший лейтенант Коваленко и младший лейтенант Животовский — заявили каждый об одном сбитом Bf-110. Кроме того, летчики лейтенант Абишев и старшина Семененко, а также старший лейтенант Сорокин[66], летавший на самолете МиГ-3, заявили еще о трех сбитых Bf-109.