27 марта 1919 года на заседании СНК М. С. Кедров был утвержден членом комиссии Народного комиссариата внутренних дел. Таким образом, на Кедрова была возложена вся полнота ответственности за положение дел в особых отделах.
Михаил Сергеевич был обаятельным человеком. Простой и скромный, он все время ходил в гимнастерке и сапогах. Никогда не кичился своими заслугами. Так говорили о нем те, кто работал с ним в двадцатые годы. За честность, прямоту и удивительное трудолюбие Кедрова очень уважал и любил Дзержинский. Не имея собственной жилой площади в Москве, Михаил Сергеевич скитался по городским гостиницам. И когда он обратился к Дзержинскому за помощью, Феликс Эдмундович написал записку: «Дать тов. Кедрову квартиру. Она ему нужна не столько для проживания, сколько для работы».
М. С. Кедров с первых шагов деятельности особых отделов отводит подобающее место правовым вопросам. Он стремится к максимально возможному в условиях Гражданской войны использованию права для борьбы с контрреволюционным подпольем и шпионажем. Ему всегда было чуждо сухое, бездушное, формальное отношение к делу, каким бы оно ни являлось. Везде он искал новых путей, новых интересных форм работы, отдавая ей свой блестящий организаторский талант, ум и горение. Работу чекиста, беспощадного к врагам, Михаил Сергеевич удивительно умел сочетать с решением высокогуманных задач борьбы за жизнь и счастье людей, ради чего он не щадил самого себя. За борьбу с контрреволюцией Кедрову было присвоено звание Почетного чекиста и выдан ценный подарок — рояль лучшей марки, на котором он играл многие годы. Деятельность Кедрова за годы Гражданской войны была высоко оценена советской властью. В декабре 1927 года он награжден орденом Красного Знамени.
Кедров сумел, преодолевая противоречивые мнения военных авторитетов, выбрать и предложить Ф. Э. Дзержинскому, коллегии ВЧК единственно правильное решение в организации военной контрразведки Красной армии. Немногим более полугода возглавлял он советскую военную контрразведку, но за это короткое время она превратилась в четко функционирующий боевой орган. В успешном выполнении задач ограждения Красной армии и флота от происков контрреволюции и иностранных шпионов в годы Гражданской войны, которое обеспечивали особые отделы, есть несомненная заслуга их первого руководителя.
В 1921–1922 годах М. С. Кедров выполнял поручения Совета Труда и Обороны, а также ГПУ — ОГПУ на Южном Каспии, в Закавказье и на Нижней Волге. Знакомясь с работой Азербайджанской ЧК, председателем которой был Багиров, а его заместителем — Берия, Кедров обнаружил грубейшие нарушения революционной законности и произвол со стороны Берии. Принципиально оценив конкретные факты, Кедров решил сообщить о них специальным письмом на имя Ф. Э. Дзержинского в Москву. В письме указывалось, что Берия арестовывал и привлекал к уголовной ответственности невиновных людей по явно непроверенным, а иногда и сфальсифицированным материалам и в то же время необоснованно прекращал уголовные дела на лиц, в отношении которых имелись неопровержимые доказательства их враждебной деятельности против советской власти. Михаил Сергеевич просил Ф. Э. Дзержинского рассмотреть вопрос об отстранении Берии от работы в чекистских органах как человека, не заслуживающего, по его мнению, политического доверия. Письмо Кедров вручил сыну и просил передать в Москву Дзержинскому. Тот привез письмо в Москву, отдал в ЧК, но по неизвестным причинам оно не попало к Ф. Э. Дзержинскому, и Берия остался на ответственной работе.
Во время пребывания на Кавказе Кедров активно участвовал в работе местных партийных и советских органов, в укреплении их проверенными кадрами. Он был избран членом Бакинского Совета.
У М. С. Кедрова большой послужной путь. Он работал в ВСНХ и Наркомате здравоохранения, был младшим помощником прокурора Отдельной военной прокуратуры Верховного суда СССР, трудился в Госплане РСФСР. С 1936 года начинает работу в Научно-исследовательском институте нейрохирургии Наркомздрава СССР.
Жизненный путь Кедрова оборвался трагически. В апреле 1939 года он был арестован, содержался во внутренней тюрьме НКВД. На суде 9 июля 1939 года оправдан Верховным судом СССР — редкий случай в то время. Несмотря на это, люди Берии не выполнили указание суда о немедленном освобождении.
