Еще в ноябре Жанен записал: "Колчак похудел, подурнел, взглядом угрюм и весь он, как кажется, находится в состоянии крайнего нервного напряжения. Он спазматически прерывает речь. Слегка вытянув шею, откидывает голову назад и в таком положении застывает, закрыв глаза"[80]. По-видимому, Колчак предвидел свой крах, назначая атамана Семенова главнокомандующим войсками Дальнего Востока и Иркутского военного округа и подписывая 6 января 1920 г. приказ о сложении с себя звания Верховного правителя с передачей его Деникину. Тогда же он отдал для сохранения подполковнику А. Н. Апушкину рукописный "дневник-письма" к А. В. Тимиревой (частично опубликован в "Морском сборнике", 1990, №№ 9,10).
Простояв около двух недель в Нижне-Удинске, Колчак получает уведомление Жанена о готовности союзников предоставить ему для дальнейшего передвижения один вагон без конвоя. Потрясенный адмирал на протестующую телеграмму не получил ответа и согласился на предложенное. После шестидневного путешествия под пятью союзными флагами, 15 января 1920 г. на ст. Иннокентьевской он был арестован чехами и вместе с Пепеляевым передан эсеро-меньшевистскому Политическому центру. А последний передал арестованных вместе со своей властью Иркутскому ВРК во главе с А. А. Ширямовым.
21 января 1920 г. Чрезвычайная следственная комиссия в Иркутске приступила к допросам бывшего Верховного правителя. После следствия предполагалась отправка его в Москву. Давая показания, Колчак догадывался о своей участи, но старался как можно меньше давать материала для обвинения лиц из своего окружения. Держался он как "военнопленный командир проигравшей кампанию армии"[81].
В архиве Троцкого (США) хранится шифрованная телеграмма Ленина заместителю председателя Реввоенсовета Республики Э. М. Склянскому: "Пошлите Смирнову (РВС-5) шифровку: (шифром). Не распространяйте никаких вестей о Колчаке, не печатайте ровно ничего, а после занятия нами Иркутска пришлите строго официальную телеграмму с разъяснениями, что местные власти до нашего прихода поступили так под влиянием угрозы Каппеля и опасности белогвардейских заговоров в Иркутске. Ленин. Подпись тоже шифром. Беретесь ли сделать архинадежно?" Председатель Сибревкома И. Н. Смирнов телеграфировал Ленину и Троцкому: "Сегодня ночью дал по радио приказ Иркутскому штабу коммунистов (с курьером подтвердил его), чтобы Колчака в случае опасности вывезли на север от Иркутска, если не удастся спасти его от чехов, то расстрелять в тюрьме". И отдал приказ Исполкому Иркутского Совета: "Ввиду движения каппелевских отрядов на Иркутск и неустойчивого положения Советской власти в Иркутске, настоящим приказываю вам находящихся в заключении у вас адмирала Колчака, председателя Совета министров Пепеляева с получением сего немедленно расстрелять. Об исполнении доложить"[82].
Постановлением N 27 от 7 февраля, стремясь не допустить восстания тайной организации, ставившей целью освобождение Колчака, и основываясь на том, что Колчак и его правительство находятся вне закона, Иркутский ВРК постановил расстрелять адмирала. По рассказу председателя первой следственной комиссии С. Г. Чудновского, руководившего расстрелом, Колчак встретил его в камере, одетым в шубу и папаху. Он спокойно отнесся к приказу ревкома, лишь спросил по окончании его чтения, почему его расстреливают без суда. На просьбу Колчака о встрече с Тимиревой, находившейся в той же тюрьме, Чудновский ответил отказом.
7 февраля 1920 г. в четыре часа утра двойное оцепление привело приговоренных на берег р. Ушаковки. "Колчак — высокий, худощавый, тип англичанина, его голова немного опущена". Разъяснив значение момента, командир дал команду. Прогремел залп, затем еще один. Трупы Колчака и Пепеляева как палачей сибирского крестьянства было решено "отправить туда, где тысячами лежат ни в чем не повинные рабочие и крестьяне, замученные карательными отрядами"[83], в прорубь.