В 1848 году М. Р. Щиглев поступил в 1-ю гимназию, но продолжал ходить во все отпуски к своему другу, и они попрежнему много играли в четыре руки и на скрипке с виолончелью. Про характер своего брата в этот период жизни Д. С. Александров рассказывает: «Мальчик он был тихий, спокойный, но несколько рассеянный. Если он чем-нибудь увлекался или просто был занят, то надо бывало повторить несколько раз вопрос, прежде чем он на него ответит… Нашей матери, — продолжает Д. С. Александров, — советовали отдать брата в университет; но как раз случились там к этому времени какие-то беспорядки, и она отдумала. Один знакомый (тот самый Ф. А. Федоров, который за четыре года перед тем познакомил Бородина с Щиглевым) посоветовал отдать его в Медико-хирургическую академию, где был хорошо знаком с инспектором Ильинским. Мать наша свезла Сашу к этому инспектору, тот проэкзаменовал его во всех предметах, нашел его знания очень удовлетворительными, и брат, не имея еще полных 16 лет, после того поступил (в 1850 году) вольнослушающим в академию. [1] Все семейство перебралось на Выборгскую сторону, поближе к академии, и поселилось на Бочарной (нынче Симбирской) улице, против Артиллерийского училища, в доме доктора Чарнаго. При переезде этом произошел один пустой, но очень характерный случай. Мать наша не была ханжа, но очень религиозна, — рассказывает Д. С. Александров. — Она пожелала, чтобы раньше всего был перевезен на новую квартиру образ спасителя. Это она поручила Ф. А. Федорову, а тот пригласил себе для компании учителя английского языка Джона Ропера. Друзья поехали, везя образ и графин водки, назначенный для угощения ломовых извозчиков. Но так как оба любили выпить, то по дороге из Измайловского полка на Выборгскую сторону выпили весь графин, да еще несколько раз заезжали в погребки и порядочно нагрузились. По приезде же на новую квартиру Ропер, подняв рюмку, провозгласил тост за великобританский народ. Федорова это возмутило, и с возгласом: „А мы не посрамим земли русской!“ — он ударил англичанина кулаком по носу и разбил в кровь… Занятиям по академии брат предался всей душой. Он скоро совсем провонял трупным запахом препаровочной, и мы дома сильно на это жаловались. Читал он обыкновенно, сидя в кресле и ноги положив на подоконник. [2] Дома почти всегда ходил в халате и туфлях. На втором курсе ему пришлось однажды препаровать труп, у которого прогнили позвонки. Брат просунул в отверстие средний палец, чтоб исследовать, насколько глубоко болезнь проела хребет. При этом какая-то тонкая кость впилась ему в палец под ноготь; от этого у него сделалось трупное заражение, от которого он слег и поправился лишь благодаря усилиям профессора Бессера. Учился брат отлично и „первым“ переходил из курса в курс. Раз только, при одном переходном экзамене, срезался у законоучителя Черепнина, потому что объяснил своими словами какой-то текст св. писания, тогда как требовалась буквальная его передача. Это несколько повредило ему впоследствии: он окончил академический курс без медали. Ближайшими товарищами его были, по большей части, все студенты-немцы, чему особенно сильно способствовала антипатия нашей матери к русским, которых она (хотя и русская, но родом из Нарвы) недолюбливала „за грубость нравов“. Из этих немецких товарищей хорошо помню: М. Ф. Ледерлэ, Вертера, Кноха, Цвернера, Ф. П. Ландцерта и Дистфельда, замечательного чудака, но предобрейшего и ограниченного человека. Все эти господа бывали у нас часто, танцевали; в разговоре преобладал немецкий язык…»
В Медико-хирургической академии Бородин почти с самого же начала всего более стал заниматься химией. Находясь на 3-м курсе, он отправился к профессору химии, знаменитому Зинину, с просьбой I заниматься в академической лаборатории. Зинин встретил его насмешками, не веря, чтобы студент его курса стал серьезно заниматься таким предметом: таких примеров еще не было. Но вскоре Зинину пришлось убедиться в том, что недоверие было напрасное. Бородин быстро! пошел вперед, а Зинин сделался самым ревностным его покровителем и наставником. Большую часть времени своего Бородин отдавал лаборатории. Он увлекался своим профессором и его преподаванием. В своей превосходной биографии Зинина, написанной в 1880 году вместе со знаменитым профессором Бутлеровым и напечатанной в «Журнале Русского физико-химического общества», Бородин говорит: «Войдя в состав профессоров С.-Петербургской медицинской академии, H. H. Зинин перенес сюда те же живые и высокие начала строгой науки, прогресса и самодеятельности, которых проводником он был прежде в Казани. Слово его с кафедры не только было верною передачею современного состояния, но и трибуною нового направления в науке… Он не скупился на идеи, бросал их направо и налево и не раз развивал на лекциях многое такое, о чем несколько лет спустя приходилось слышать, как о новом открытии или новой мысли в науке… В ту пору еще начинающие ученые, гости, спешили поделиться результатами своих первых работ, посоветоваться с опытным авторитетным хозяином лаборатории Медико-хирургической академии, Зининым, о своих идеях, планах, намерениях. Лаборатория превратилась в миниатюрный химический клуб, в импровизированное заседание химического общества, где жизнь молодой русской химии кипела ключом, где велись горячие споры, где хозяин, увлекаясь сам и увлекая гостей, громко, высоким тенором, с жаром развивал новые идеи и, за неимением мела и доски, писал пальцем на пыльном столе уравнение тех реакций, которым впоследствии было отведено почетное место в химической литературе. Это была пора патриархальных дружеских отношений между учителем и учениками… Мне живо помнятся веселые, чисто товарищеские и большею частью всегда поучительные беседы Зинина со студентами… Живо помнятся мне также прогулки с ним на даче в каникулярное время. Это были настоящие учебные экскурсии. Опытный и страстный натуралист, Зинин умел под каждым листиком, камешком, на каждом дереве или травке найти интересный предмет для наблюдения и бесед».