В декабре 2002 года А. Котюсов получил освободившейся мандат депутата Государственной Думы РФ третьего созыва от партии «СПС» («Союз Правых Сил»). В Государственной Думе Котюсов назначается на должность председателя Комитета ГД по образованию и науке.
С февраля 2004 года Котюсов является руководителем Управления телевидения и радио Министерства по делам печати, телерадиовещания и средств массовой информации.
По окончании своей политической и государственной деятельности, в феврале 2005 года А. Котюсов принимает решение серьезно заняться бизнесом и становится заместителем генерального директора, а чуть позже и генеральным директором нижегородского нефтяного концерна «Нефтяной».
Через полгода А. Котюсов становится президентом Группы Компаний «ПИР», ее Нижегородского подразделения. Эту организацию можно назвать «современной версией общепита». Компания занимается строительством ресторанов, кафе, развлекательных клубов, а также развитием индустрии гостеприимства в Приволжском регионе. В должности президента ГК «ПИР» Нижнего Новгорода А. Котюсов трудится по настоящее время.
Политические эксперты, наблюдая за карьерой А. Котюсова, выразили мнение, что последнее назначение бывшего депутата и активного государственного деятеля связано с так называемой «общей политической деградацией» партии «Союза Правых Сил». В своем родном регионе Александр Котюсов имеет высокую репутацию опытного политика и удачного бизнесмена.
