Тем временем Бекет получил письмо от Папы, в котором тот отпускал ему грехи, но слегка упрекал за то, что тот не служил мессу, и напомнил ему о различии между грехами, совершенными преднамеренно, и теми действиями, которые сделаны «по неведению или по принуждению». Хотя архиепископ дважды безуспешно пытался пересечь пролив, чтобы лично встретиться с Папой, он очевидно осознал, что стоит на более сильных позициях и его совесть свободна от греха. В любом случае, Бекет начал игнорировать Постановления. Когда для Генриха стало очевидным, что архиепископ не намеревался следовать Постановлениям, он был одновременно разочарован тем, что не смог проводить собственную церковную политику на твердой основе и приведен в ярость сопротивлением человека, который ранее был его другом. Но он также осознавал, что хотя другие епископы и приняли Постановления, они сделали это с неохотой и не были удовлетворены результатом. Соответственно, его первые действия, направленные против Бекета, не относились к церковной области. Король в большей степени воздействовал на Бекета с точки зрения феодального права.
На королевском совете, состоявшемся в Нортгемптоне в октябре 1164 года, агенты короля предъявляли архиепископу различные обвинения, относящиеся ко времени его службы в качестве канцлера. Несмотря на то что Бекет в ответ высказал жалобу о том, что, став архиепископом, он был освобожден от всех прочих обязательств, доводы короля оказались сильны. Более того, поскольку Бекет заявил, что не отвечал на предыдущие вызовы короля на совет, сославшись на нездоровье, он теперь оказался перед новым обвинением в неуважении к суду.
Сначала Бекет казался смущенным и нерешительным. Он в действительности был болен и все еще лелеял надежду, что можно найти какой-то способ приспособиться к новой ситуации и жить с королем в мире. Епископы были испуганы и раз делились в своем мнении. Один или два из них советовали архиепископу освободить престол или подчиниться. Другие выступили против такого решения. Более того, на этом совете они не представляли, как в Кларендоне, единую организацию, чтобы обсудить проблему Церкви, но скорее являлись вассалами, созванными, чтобы судить своего архиепископа по феодальному вопросу.
Поэтому Бекет, не находя реальной помощи среди своих коллег, искал совета своего духовника, приора Роберта Мертонского. Очевидно тому удалось укрепить его дух, так как на следующий день архиепископ встретился со своими епископами и информировал их о намерении оставаться твердым. В ожидании действий против себя, он запретил им, под страхом снятия с должности, принимать участие в любом приговоре в отношении тех действий, которые принимались им как канцлером, и приказал епископам отлучать от Церкви каждого, кто исполняет приговор светского суда против него. Несмотря на усилия епископа Фолиота Лондонского и других остановить Бекета, тот вошел в зал совета с идущим впереди себя прислужником, который нес архиепископский крест, что, конечно, явилось показательным жестом, отмечающим, что архиепископ не признавал за королевским судом право судить его. Он также официально обратился с апелляцией к папе.
После совета, проведенного королем с епископами, Генрих отправил заключительное обращение архиепископу, призывая его отозвать свою апелляцию в Рим и отменить отданные им приказы другим епископам, поскольку оба действия, совершенные им, противоречили обычаям, которые тот поклялся защищать. Проблема выбора принять распоряжение короля или поддержать архиепископа для английских епископов осложнилась, когда стало очевидным, что король намеревался использовать обвинение в государственной измене, которое могло привести к приговору пожизненного заключения. Соответственно, епископы, в очередной раз потерпев неудачу в попытках отстранить Бекета, решили, возможно по предложению Фолиота, попросить короля освободить их от обязанности зачитывать приговор суда, при условии, что они обратятся с апелляцией к Папе, обвинив Бекета в нарушении Постановлений, которые тот поклялся защищать и принудил других епископов утвердить. Нет сомнений, что они надеялись таким образом освободиться от бремени осуждения всего архиепископа по феодальной, то есть политической проблеме. Так как Фолиот и его коллеги, каким бы двусмысленным ни было их поведение, хорошо осознавали свои обязанности по отношению как к архиепископу, так и к папе, они не желали разрывать нормальные отношения с ними не сейчас и не позднее.