(1 Нумерация мероприятий в документе изменена. Из текста документа опущены пункты, которые касаются организации и проведения оперативных мероприятий по пресечению шпионажа и террора, недопущению случаев диверсий и саботажа в промышленности и на транспорте, предотвращению провокационных действий, дестабилизирующих порядок и организованность в городах и населённых пунктах, занятых Красной армией.)
Таким образом, оперативно-чекистские группы должны были выполнять функции органов госбезопасности во вновь присоединённых областях Украины. Их штаб или временный центр управления должен был находиться в Тернополе с последующим переводом его во Львов.
Главными задачами групп являлась очистка занятой территории от социально опасных для новой власти элементов, к которым были отнесены представители знати (дворяне), крупные помещики и капиталисты, члены правительственной администрации, руководители отделений полиции, жандармерии, пограничной охраны и филиалов 2-го отдела Генштаба. В группу социально опасных элементов входили также руководители контрреволюционных партий, бывшие полицейские, агенты и осведомители польских спецслужб и «прочий антисоветский элемент». Основным мероприятием, которое должно было обеспечить «зачистку», являлось создание агентурно-осведомительной сети на занятых землях и налаживание агентурно-осведомительной работы. Деятельность спецгрупп сдерживалась острым дефицитом чекистских кадров. На второй день операции в спецдонесении на имя Л. Берии В. Меркулов докладывал о «бардаке» при передислокации войск, организации комендатур и катастрофической нехватке оперативных работников.
Помимо функций, обозначенных в директиве, оперативно-чекистским группам приходилось заниматься и другими делами, в частности, «работать» с военнопленными и националистами. Так, опергруппой в районе гг. Чертков, Коломыя, Печенежин, Косов, Снятый и Станиславов по состоянию на 27.09.1939 г. было арестовано 923 человека, в основном бывших полицейских и офицеров польской армии. Среди арестованных оказались и активные члены ОУН.
По состоянию на 28 сентября 1939 г. во Львове было арестовано 124 украинских националиста, а по 10 законченным следственным делам были расстреляны два человека. В донесении на имя Берии от 28 сентября 1939 г. о работе оперативно-чекистских групп на Западной Украине Меркулов сообщал: «…Арестовываем исключительно по материалам следствия и агентуры. Работа даёт удовлетворительные результаты…»
В донесении от 3.10.1939 г. на имя начальника секретариата НКВД Мамулова Меркулов и Серов подвели итоги работы спецгрупп за две недели. Они сообщали: «…общее количество арестованных оперативно-чекистскими группами по областям Западной Украины, по данным на 1-е октября включительно, составляет 3914 человек, в том числе бывших жандармов, полицейских, официальных и секретных агентов полиции и разведки — 2539 человек; помещиков, крупной буржуазии, бывших людей — 293 человека; офицеров польской армии и осадников — 381 человек; руководителей контрреволюционных партий УНДО, ОУН и других — 144 человека; петлюровцев, участников бандгруппировок — 74 человека; прочих — 483 человека».
Оперативно-чекистские группы были перегружены, и на территории Западной Украины стали создавать органы милиции. В донесении от 9.10.1939 г. Меркулов и Серов сообщают, что для организации милиции «…нами вызвано из Управления милиции УССР 255 человек, которых распределили по пунктам: Львов — 80 чел., Луцк — 60 человек, Тарнополь — 60 человек, Станиславов — 55 человек…». В донесении сказано также об организации «дружин рабочей гвардии» и налаживании работы милицейского аппарата — уголовного розыска, паспортных отделов и т. д.
С начала октября 1939 г. в оперативных материалах НКВД появляется информация о попытках оуновского подполья организовать мятежи в некоторых районах вновь присоединённых областей Западной Украины. Так, в донесениях Серова на имя Берии от 13.10.1939 и 14.10.1939 г. сообщалось: «…В начале сентября с.г. поляки оставили до особого распоряжения на запасных пунктах около ст. Золотиево эшелон с вооружением: пулемётами, винтовками и амуницией. При отходе войск эшелон остался, и крестьяне селений Алексин, Шпанов, Золотиев и Городок разграбили этот эшелон и оружие спрятали для сопротивления с Советской властью. Всей подготовкой восстания руководит ОУН. Эта организация агитировала против Советской власти, муссируя слухи, что 17.10 с.г. должны произойти крупные события и будет установлена военная диктатура…».
