Предложения начштаба И. К. Кожанов принял.
С 3 марта началась выгрузка снарядов и зарядов с «Гангута» и «Полтавы» и перевозка их по железной дороге в Ораниенбаум. Оттуда по узкоколейке снаряды и заряды отправляли на Краснофлотский. Галлер держал эту работу под контролем. Когда погреба линкоров опустели, их команды перевели в Дерябинские казармы, охрану кораблей взяли на себя караулы красных курсантов. Необходимости в этом Галлер не видел, но такое решение приняли в ВЧК.
Галлер хотел сам проверить положение дел на Краснофлотском, но И. К. Кожанов предложил ему оставаться в Петрограде, помогать армейскому командованию, если возникнет необходимость. И в самом деле, 5 марта врид начальника штаба Галлер докладывал о силах мятежников, системе обороны Кронштадта и боевых возможностях артиллерии форта Краснофлотский прибывшим из Москвы председателю Реввоенсовета Республики Л. Д. Троцкому, главкому С. С. Каменеву и командующему Западным фронтом М. Н. Тухачевскому. В этот же день Галлер узнал о назначении Тухачевского командующим вновь образуемой 7-й армией, предназначенной для подавления мятежа, об оперативном подчинении ему Балтфлота.
Начиная с 6 марта орудия Краснофлотского повели обстрел гаваней Кронштадта, где стояли линкоры, форта Риф, островных фортов. И. К. Кожанов находился на форту Краснофлотский и лично убедился в эффективности огня. А Лев Михайлович по-прежнему оставался в Петрограде. Он каждый день бывал на кораблях, требовал продолжения ремонта и подготовки к кампании, проверял порядок и организацию службы. Но видел, что головы у командиров кораблей и дивизионов, у начальников дивизий заняты совсем другим: на кораблях и в частях флота в Петрограде ВЧК производила аресты, с кораблей списывали в экипаж военморов, и их немедленно воинскими эшелонами отправляли на Черное море и Каспий. Потом уточнили — более трех тысяч вывезли из Петрограда к 8 марта… Все это делалось помимо штаба флота, и Лев Михайлович спросил нового начальника Побалта П. И. Куркова: что же происходит. «Очищаем флот, Питер от ненадежных, — сердито ответил Курков. — Пусть поостынут вдали от Балтики. То-то будет еще нам работы, когда Кронштадт возьмем…» Галлер почувствовал, что вопрос Куркову неприятен. В самом деле, ему, бывшему матросу-машинисту, начинавшему службу в Кронштадте в 1912 году, большевику с семнадцатого и председателю судового комитета «Авроры», комиссару Действующего отряда в 1919 году, больно было видеть позор революционной Балтики. Подумать только, балтийцы — опора партии и Советской власти лишились ныне доверия! «Гангут» и «Полтаву» охраняют армейцы-курсанты, два других дредноута изменили революции…
Первое наступление на мятежный Кронштадт, начатое 8 марта, окончилось неудачей. Командарм-7 М. Н. Тухачевский немедленно организовал подготовку к новому наступлению, стягивал подкрепления. В Петроград для участия в штурме прибыла группа делегатов начавшегося в Москве X съезда РКП (б). А Кожанов вновь отправился на Краснофлотский, чтобы проверить готовность к мощному артиллерийскому удару по мятежникам. 16 марта дружно ударили залпы батарей. В ночь на 17 марта, когда южная и северная группы войск 7-й армии вышли на лед и двинулись к Кронштадту, 305-миллиметровые «чемоданы» Краснофлотского обрушились на район стоянки линкоров, мятежные форты Риф, Милютин, Константин, Петр и Александр. Особую опасность представляли сильно укрепленные форты Константин и Милютин. Но после нескольких попаданий 305-миллиметровых снарядов они фактически прекратили сопротивление. К исходу 17 марта все главные пункты обороны мятежников в Кронштадте были заняты частями Красной Армии. Всю ночь по ледовой дороге к мысу Стирсудден — в Финляндию тянулись беглецы. Позже выяснилось, что их оказалось около восьми тысяч. А в Кронштадте с утра 18 марта уже наводил порядок назначенный комендантом П. Е. Дыбенко.
Л. М. Галлер приехал в Кронштадт 19 марта, сразу же вместе с флагманским артиллеристом штаба В. И. Ивановым пошел на линкоры. Целы! Правда, на «Петропавловске» пробита верхняя палуба. Все поправимо, существенных повреждений нет, корабли можно быстро ввести в строй. Но необходимо сменить оставшийся и командный состав, и «некомандный». Уже 20-го на линкоры прибыли новые командиры, рекомендованные Кожанову Галлером: на «Севастополь» — Н. А. Бологов, командир эсминца «Самсон», на «Петропавловск» — А. В. Макаров, командир дивизиона эсминцев. Из петроградского экипажа прислали военморов, а участникам мятежа предстояло пройти суровую проверку у работников ВЧК — «фильтрацию», как тогда это называлось.
