Несколько катеров, доставленных из Ленинграда, не могли, конечно, удовлетворить потребности флотов. И Галлер приказал начальнику Управления кораблестроения ВМФ Н. В. Исаченкову послать Б. В. Никитина вначале на Каспий, чтобы ускорить приемку в Баку БО — больших охотников за подводными лодками, а затем на заводы, на которых развертывалось строительство боевых катеров различного назначения. Приемка больших охотников завершилась в декабре. Уже в новом году Б. В. Никитин проверил, как строятся торпедные катера «Д-3» и «Г-5», броневые катера и малые охотники, принял участие в испытаниях бронекатеров с реактивными установками для снарядов РС-30 и РС-82. Вскоре катера с «катюшами» вошли в состав Волжской флотилии и Черноморского флота.
Несмотря на напряженную работу по кругу своих непосредственных обязанностей, Галлер внимательно следил за обстановкой на фронтах. Последние данные но оперативной обстановке ему иногда удавалось узнавать, когда по делам оказывался в Генштабе. К Б. М. Шапошникову, вновь назначенному с 1 августа начальником Генштаба, он зашел лишь однажды. Говорили, что маршал очень много работает, несмотря на болезнь. В кабинете у него кислородная подушка…
Все, что Галлеру становилось известно о положении на фронте, свидетельствовало о продолжающемся наступлении вермахта.
В сентябре тяжелое положение сложилось под Ленинградом. Гитлеровцы непрерывно штурмовали блокированный с суши город. Авиация врага пыталась уничтожить крупные артиллерийские корабли. Тяжелейшие повреждения 23 сентября получил при попадании крупнокалиберной авиабомбы линкор «Марат», был поврежден и линкор «Октябрьская революция».
Вскоре стала прифронтовым городом и Москва. 30 сентября вермахт начал операцию «Тайфун», имевшую целью взятие Москвы. В оперативной сводке за 6 октября Галлер прочитал об оставлении Юхнова. Он раскрыл атлас, лежавший в кабинете на столе: от Юхнова через Малоярославец открывался путь на Москву. Но это и означало, что наши армии в районе Вязьмы уже в тылу у немцев. Окружены? И Галлер подумал о судьбе Особой артиллерийской группы ВМФ — двух дивизионов морской артиллерии, орудия которых недавно были установлены на рубеже обороны к западу от Вязьмы. Лишь одна батарея из восьми имела механическую тягу. Морские стотридцатки остальных батарей не отведешь на новые позиции…
На улицах Москвы строили огневые точки, в сводках замелькали названия подмосковных городов — Можайск, Волоколамск, Малоярославец. 11 октября нарком пригласил к себе Галлера. «Лев Михайлович, получено указание ГКО эвакуировать наш наркомат в Куйбышев и Ульяновск. Из Москвы выезжают все управления, Главный морской штаб. Вы остаетесь, возглавите оперативную группу наркомата. Возьмете на себя руководство флотами, связь с Генштабом. К вам будут поступать все указания и запросы ГКО. Подберите себе состав группы…» — приказал нарком.
В. А. Алафузов в 50-е годы вспоминал: приказание вылететь в Куйбышев, чтобы наладить связь с флотами и организовать работу ГМШ и управлений на новом месте, нарком отдавал ему в присутствии Галлера. Лев Михайлович, как всегда, был сдержан и подтянут, идеально выбрит, из-под стоячего воротника кителя белели уголки накрахмаленного подворотничка. Галлер подробно объяснял Алафузову, что сделано подчиненными ему связистами для связи из Куйбышева и Ульяновска по радио и проводам с флотами. Еще в июле при активном участии сотрудников Научно-исследовательского морского института связи были начаты работы по оборудованию резервного приемопередающего и телеграфного центра ВМФ на борту сетевого заградителя «Исеть». Теперь «Исеть» перейдет в Куйбышев. Начальником узла связи назначен сотрудник института, талантливый инженер В. К. Адамский, на него можно положиться. Нет сомнений, что он обеспечит связь с Ленинградом, Полярным и Севастополем в последней декаде октября.
Все было так, как обещал Галлер. С приходом «Исети» в Куйбышев на берегу развернули выносной приемный пункт, с 22 октября ГМШ обеспечили радиосвязью с Ленинградом и Полярным, а в дальнейшем и с другими пунктами. От корабля к телеграфному узлу Наркомата связи протянули кабельные линии длиною в несколько десятков километров. Это позволило установить телеграфную связь с Севастополем, Архангельском и Полярным