Внешнеполитический поворот был крутым, для Галлера неожиданным. Он ожидал указаний наркому ВМФ о повышении готовности флотов, но их не последовало. Н. Г. Кузнецов съездил в Генштаб к Б. М. Шапошникову и только тогда узнал, что западные военные округа находятся в повышенной боевой готовности. Потом Кузнецов и Галлер почти всю ночь работали, прикидывая на карте Балтики вероятные изменения в обстановке, новые задачи КБФ. Их мучил вопрос: насколько можно доверять Германии, не растопчет ли Гитлер только что заключенный с СССР договор о ненападении? Польская армия дралась геройски, но немцы превосходили численностью и имели военно-техническое преимущество. В воздухе безраздельно господствовала их авиация, на море — флот. Через несколько дней гитлеровские войска вышли к Висле и Нареву, танковые и механизированные части быстро продвигались в глубь Польши. 8 сентября немцы подошли к Варшаве, польский флот погиб сражаясь, но пять подводных лодок и три эсминца прорвались к берегам Англии, чтобы оттуда продолжать борьбу с врагом. 16 сентября польское правительство выехало в Румынию, но героически оборонялась Варшава, до 2 октября отважно вели неравный бой моряки на полуострове Хель, до 30 сентября держалась крепость Модлин…
Сердце Льва Михайловича было с поляками. О, если б объединить военные силы СССР и Польши, немцам пришлось бы туго, думал он. В неравной борьбе один на один с сильнейшим по численности врагом гибла немалая польская армия, погиб польский флот. 17 сентября Красная Армия вступила в пределы Польши — в Западную Белоруссию и Западную Украину. Как военный человек Галлер понимал, что позволить немцам оккупировать и эти районы нельзя, из соображений безопасности следовало установить разграничительную линию с войсками вермахта как можно дальше к западу. Ведь дальнейшее развитие событий оставалось непредсказуемым: немцы стремительно продвигались на Восток, а на границе Германии и Франции шли перестрелки патрулей. Что задумали в Париже и Лондоне? По мнению Галлера, в такой военно-политической обстановке занятие восточных районов Польши Красной Армией было оправдано. Целесообразен был и переход по Припяти к Пинску кораблей Днепровской военной флотилии. В. А. Алафузов, посланный на нее представителем Главного штаба, сообщал, что корабли уже в Пинске.
28 сентября с Германией был подписан договор о новой западной границе СССР. Разведка сообщала о переброске немцами войск на запад. Несколько раньше, 9 сентября 1939 года, после разгрома на Халхин-Голе Япония заявила о готовности заключить перемирие. Через неделю перемирие было подписано: становилось спокойнее и на Дальнем Востоке. И Лев Михайлович пришел к выводу, что непосредственная угроза войны отступила.
Нарком Н. Г. Кузнецов известил Галлера, что по линии Наркомата иностранных дел идут переговоры с Эстонией, Латвией и Литвой о заключении между ними и СССР договоров о взаимной помощи. Они начались сразу же после нападения Германии на Польшу. Б. М. Шапошников в это же время доверительно сообщил о возможном в скором времени размещении наших военных баз в странах Прибалтики. «Вам, морякам, следует четко определить, где флоту нужны военно-морские базы. Прикиньте программу-максимум и программу-минимум… И наркома и вас могут вскоре спросить». Необходимую работу оперативное управление провело немедленно, Галлер сам руководил оформлением документации и подготовкой карт и схем. В число необходимых флоту основных баз включили Палдиски и Таллинн в Эстонии, Усть-Двинск, Виндаву и Либаву в Латвии… Были составлены планы дислокации авиации флота по аэродромам, размещения береговых батарей на материке и островах Моонзундского архипелага.
Пакт о взаимопомощи с Эстонией был заключен 28 сентября 1939 года, с Латвией 5 октября, с Литвой 10 октября. Но уже 29 сентября Сталин вызвал к себе Н. Г. Кузнецова, Л. М. Галлера и И. С. Исакова, назначенного председателем военно-морской комиссии. Этой комиссии предстояло заключить с командованием вооруженных сил Эстонии и Латвии конкретные военные соглашения. Галлер кратко доложил о необходимых флоту базах, аэродромах и береговых батареях, показал на карте. Сталин одобрил предложения Наркомата ВМФ. Затем 1 октября комиссию инструктировал нарком обороны К. Е. Ворошилов. 3 октября И. С. Исаков, его заместитель С. П. Ставицкий и другие члены комиссии прибыли в Таллинн. 7 октября, обо всем договорившись с военным руководством Эстонии, Исаков вернулся в Москву. В час ночи 8 октября в присутствии Н. Г. Кузнецова и Л. М. Галлера он доложил Сталину о том, что в Таллинне ждут прихода советских военных кораблей. Сталин дал разрешение на начало перебазирования флота
