Получить необходимую информацию о военно-политической обстановке и прогноз на будущее следовало, конечно, в Генеральном штабе. В мае его начальником стал командарм 1 ранга Б. М. Шапошников, сменивший маршала А. И. Егорова. Для Галлера это была большая радость: Шапошников отлично понимал необходимость тесного взаимодействия между армией и флотом.
Начальник Генштаба принял Галлера поздно вечером, извинился — дела. Получасовой разговор, однако, не дал Галлеру необходимой информации. Шапошников, как оказалось, и сам не обладал ею в должной степени. Однако Борис Михайлович заметил, что Генштаб работает организованно, стратегическое планирование, мобилизационная работа, руководство боевой подготовкой войск в его руках. «Вам куда труднее», — сказал он, заканчивая разговор. Галлер был с ним полностью согласен. Существующая система органов руководства Морскими Силами не отвечала, как он полагал, требованиям времени, копировала, в сущности, структуру управления РККА времен двадцатых годов. Получалось, что штаб МС проводил лишь планирование развертывания на случай войны, выдавал те или иные рекомендации. Руководство боевой подготовкой и организацию мобилизационных мероприятий осуществляло Управление Морских Сил. Его 1-й отдел, руководивший боевой подготовкой, возглавлял флагман 1 ранга Э. С. Панцержанский. Отдел состоял из трех отделений — оперативно-тактической подготовки, методического и уставного. Непрерывность руководства и контроля специальной боевой подготовкой обеспечивалась начальниками служб (т. е. фактически главными флагманскими специалистами) по подводным лодкам, эсминцам и торпедным катерам, артиллерии, минно-торпедному вооружению, штурманской части, связи, противовоздушной и противохимической обороне. Таким образом, отдел Панцержанского руководил боевой подготовкой флотов, учил, как это нужно делать методически, и отрабатывал необходимые руководящие документы — уставы и наставления.
Еще шесть отделов управления занимались организационно-мобилизационной работой, кадрами, учебными заведениями, морской авиацией, кораблестроением и вооружением. В общем, на долю штаба оставалось не так-то много. Проанализировав сложившуюся систему управления Морскими Силами, Галлер приблизительно через полгода работы пришел к выводу, что штаб, лишенный руководства мобилизационной работой и контроля за боевой подготовкой, не может реально планировать ни подготовку Морских Сил к войне, ни оперативное развертывание на случай войны. Лев Михайлович перечитал курс штабной службы флагмана 2 ранга А. В. Шталя, который преподавался в Военно-морской академии, еще раз просмотрел свои выписки из «Мозга армии» Б. М. Шапошникова, из работ М. Н. Тухачевского, французского адмирала Костекса. Необходимость перестроить систему руководства Морскими Силами не вызывала у него сомнений. В Штаб Морских Сил должны влиться организационно-мобилизационный отдел, отделы боевой подготовки и разведывательный. Должны быть в его составе также подразделения, занимающиеся вопросами транспорта (военных сообщений) и материально-технического планирования. Такой штаб стал бы полноценным органом управления, а начальник его — правой рукой командующего Морскими Силами. И Лев Михайлович исподволь, постепенно занялся разработкой структуры такого штаба, да и вообще органов управления Красного Флота. Понадобилась эта работа лишь к концу 1937 года — совершенно неожиданно. Впрочем, неожиданного в тот год случалось более чем достаточно…
20 января 1937 года Галлер прочел в «Правде» сообщение «В Прокуратуре СССР». «…Органами НКВД закончено следствие по делу троцкистского параллельного центра в составе… организованного в 1933 г. по указанию находящегося в эмиграции Л. Троцкого…»[190] Из сообщения следовало, что «центр» готовил вредителей и диверсионные акты, террор против руководителей ВКП(б) и Советского правительства, стремился подорвать военную мощь СССР, свергнуть Советскую власть. К судебной ответственности привлекались Ю. Л. Пятаков, К. Б. Радек, Г. Я. Сокольников, Л. П. Серебряков и многие другие. Лев Михайлович почувствовал: идет вторая «волна» после 1929–1930 годов. Виноваты ли эти люди? Он сомневался, ибо помнил «фильтрацию» в 1921 году и аресты в начале 30-х годов. Ведь потом стало ясно, что арестованы люди неправильно. Обвиняли же бог знает в чем. В последующие дни января, когда еще шел суд, газеты печатали гневные письма и резолюции собраний с призывами «призвать к ответу шпионов и убийц», «уничтожить врагов народа». А подсудимые, отвечая на вопросы прокурора А. Я. Вышинского, каялись, признавались в ужасных преступлениях. Признания были нелепы, алогичны, будто делавшие их люди находились под гипнозом…