Зимой, когда бухта начинала покрываться льдом, Тихоокеанской эскадре приходилось отходить на юг. По соглашению с японским правительством она зимовала либо в Нагасаки, либо в каком-то другом японском порту. В те годы русские военные корабли так часто посещали Японию, что трудно сказать точно, когда впервые Колчак увидел эту страну. Может быть, ещё по пути во Владивосток предстала пред ним Япония эпохи Мэйдзи, открытая уже для европейцев, но во многом ещё старая, патриархальная (все в кимоно), не техницизированная, как сейчас, очаровательно гостеприимная, с гейшами, назначение которых для грубых европейцев так и осталось не вполне понятным, с пёстрыми знамёнами, развевающимися у каждой лавки и балагана и зазывающими туда, как в рай земной, с мягкими очертаниями гор и прихотливыми изгибами бухт, с уникальным соединением двух религий – буддизма и шинтоизма. Уже тогда Колчак заинтересовался философией буддизма, разделившегося на множество направлений, от созерцательных до откровенно воинственных. Он даже попытался изучить китайский язык, чтобы читать в подлиннике буддийские тексты. Побывал в городке Камакура (недалеко от Токио), где находится огромная статуя Будды в позе «тихого созерцания».[43] Япония одновременно и привлекала, и отталкивала Колчака. Кажется, до конца своих дней он не смог разрешить для себя «японскую загадку».
Во Владивостоке или Нагасаки Колчак познакомился с Дмитрием Ненюковым и Георгием Дукельским, лейтенантами с крейсера «Память Азова». Ненюков (впоследствии адмирал) вспоминал о Колчаке: «Он уже и тогда обращал на себя внимание своими познаниями в морском деле и порывистостью своего характера. Он чрезвычайно интересовался военно-морской историей и знал все морские сражения, как свои пять пальцев. Его в шутку называли мичманом Нельсоном…»[44] Знакомство с Дукельским переросло в дружбу. Уроженец Тифлиса, Дукельский был старше Колчака на четыре года. Как и Колчак, он был вторым в своём выпуске. Как и Колчак, интересовался морской историей, и его, по словам того же Ненюкова, называли «маленьким Фаррагутом».[45] (Маленьким, как видно, за невысокий рост.)
Эскадра совершала длительные плавания в Японском и Жёлтом морях. Колчак заинтересовался гидрологией этих морей, главными течениями, свирепыми дальневосточными тайфунами. Изучил двухтомный труд адмирала С. О. Макарова «Витязь и Тихий океан». Но кроме этой книги и нескольких лоций не обнаружил ничего. «Я убедился, что сведения о природе этих морей крайне недостаточны даже для целей навигации, не говоря уже про массу возникавших вопросов более теоретического характера», – отмечал он в набросках воспоминаний, написанных в 1903 году, во время второй арктической экспедиции.[46]
Постепенно Колчак расширил область своих интересов, перечитав всю доступную ему литературу по гидрологии Тихого океана. Особенно заинтересовала его северная часть океана – Берингово и Охотское моря. А в перспективе он думал об исследовании южных полярных морей, как бы «заброшенных» русскими мореплавателями после знаменитой экспедиции Ф. Ф. Беллинсгаузена и М. П. Лазарева, а также о рывке к Южному полюсу. Эта неосуществлённая мечта не покидала его всю жизнь. О ней он упомянул и в арктической записке, и во время допроса.[47]
Молодой офицер начал делать собственные наблюдения над морскими течениями, хотя этому мало способствовала обстановка военного корабля, да ещё флагманского, на котором находился командующий эскадрой адмирал Е. И. Алексеев.
Дальневосточная эскадра при Алексееве имела грозный, внушительный вид, но в действительности приближалась к грани развала. Корабли подолгу не ремонтировались, многие офицеры находились в дальних морях уже по пять-шесть лет и страшно устали, некоторые командиры кораблей отличались явной некомпетентностью, а младшие флагманы (командующие соединениями) привыкли к тому, что адмирал решает всё сам и с них ничего не спрашивает.[48]
В 1897 году Колчак подал рапорт с просьбой перевести его на канонерскую лодку «Кореец», которая отправлялась к Командорским островам для охраны промыслов. Он полагал, что там он сможет вплотную заняться исследовательской работой. Но начальство рассудило иначе.