Вообще же за период 1905–1909 годов в морском ведомстве произошли важные перемены. Помимо упразднения должности генерал-адмирала и создания Моргенштаба, была проведена ещё одна крупная реформа: расширены права старшего плавающего адмирала, стоящего во главе флота (в мирное время он назывался начальником соединённых частей, в военное – командующим флотом). Если прежде руководство флотом осуществлялось с берега, то теперь командующие самостоятельно решали многие вопросы.
В эти же годы был отменён так называемый «морской ценз» – совокупность требований, установленных со специальной целью затруднить служебное продвижение молодых офицеров. Колчак, например, в чине лейтенанта прослужил около десяти лет, побывав за это время в двух полярных экспедициях и в осаждённом Порт-Артуре. Отмена «морского ценза» открывала возможность талантливым офицерам быстрее восходить по служебной лестнице.
И наконец, флот перешёл на круглогодичную морскую службу. В эпоху парусного флота с окончанием навигации флот зимовал в гаванях, а команды перебирались на берег в морские экипажи – судовая жизнь останавливалась. Эти порядки долго держались и в эпоху парового флота, когда появилась возможность круглогодичного пребывания на судне. И только после войны с Японией были введены новые порядки: продолжительность плавания увеличилась, команда постоянно оставалась на корабле, военно-морская подготовка не прекращалась и зимой.[458]
Однако в 1908 году в руководстве флота произошли перестановки, на некоторое время задержавшие дальнейшие перемены.
Начальники двух Генеральных штабов, морского и сухопутного, по-разному смотревшие на многие вопросы, сошлись в одном важном пункте. Оба считали, что Генеральные штабы, по германскому образцу, должны подчиняться не министрам, а непосредственно императору.[459] По-видимому, были сделаны какие-то шаги, чтобы провести в жизнь эту идею. Дело дошло до министров, и начальник сухопутного Генерального штаба генерал Ф. Ф. Палицын тут же был отправлен в отставку. Уход Брусилова обставили более деликатно. В 1908 году он получил звание вице-адмирала и был назначен младшим флагманом Балтийского флота. Конечно, он понимал, что это отставка. Человек очень впечатлительный, он тяжело переживал то, что его отстранили от главного дела его жизни. Вскоре он заболел и в 1909 году умер.
Начальником Моргенштаба стал контр-адмирал А. А. Эбергард, в своё время служивший в штабе у Е. И. Алексеева и усвоивший многие его традиции. Вскоре ушёл в отставку Диков. Новый министр, С. А. Воеводский, быстро расстроил наладившееся было сотрудничество с Государственной думой. Работа Моргенштаба теряла былое одушевление. Многие сподвижники Брусилова получали новые назначения. Щеглов перед уходом заявил, что «Моргенштаб скоро перестанет существовать, но через некоторое время его придётся создавать вновь».[460] Колчак, не оставляя пока старую должность, начал читать лекции в Морской академии.[461]
В это же время начальник Главного гидрографического управления А. И. Вилькицкий обратился к Колчаку с предложением возобновить исследовательскую работу в Северном Ледовитом океане. Возможно, Колчак и сам уже подумывал над этим. Служба в Моргенштабе приобретала рутинный характер, а Колчак больше всего ненавидел рутину. Арктика же притягивала не только в силу какого-то особого своего магнетизма в отношении тех, кто там побывал, но и воспоминаниями об ушедшей молодости и о первых крупных жизненных успехах.
И всё же уход из Моргенштаба был нелёгким, ибо оставалось ощущение незаконченного дела.
Война с Японией наглядно показала, насколько важен для России Северный морской путь. Только с его помощью Русский флот мог бы перебросить свои силы на Тихий океан, не совершая полукругосветных путешествий. Только с его помощью Россия могла установить действенный контроль над своими северо-восточными окраинами, упрочить их экономические связи с метрополией.
Для изучения вопроса о Северном морском пути в 1906 году была создана специальная комиссия во главе с адмиралом В. П. Верховским. На одном из её заседаний, 23 августа 1906 года, А. В. Колчаку было поручено составить для морского министра записку об условиях плавания вдоль арктического побережья России. В сентябре того же года Колчак представил «Памятную записку о плавании Северо-восточным проходом вдоль берегов Сибири от устья р. Енисей до Берингова пролива». Основываясь на опыте экспедиции Э. В. Толля и других, более ранних экспедиций, Колчак утверждал, что наибольшие трудности для плавания представляет район Таймыра – самая северная часть Евразийского континента. Далее же к востоку «имеются все шансы на беспрепятственную навигацию благодаря влиянию на прибрежные части моря великих сибирских рек». Вследствие этого систематические исследования, гидрографические и картографические, он предлагал начать у западных берегов Таймырского полуострова и продолжать их постепенно далее на восток.