По существу, в этом фундаментальном труде Колчак заложил основы учения о морских льдах. Он открыл, что арктический ледовый пак совершает движение по часовой стрелке, причем «голова» этого гигантского эллипса упирается в Землю Франца-Иосифа, а «хвост» находится у северного побережья Аляски. Им был введен в научный оборот ряд новых океанологических терминов.
Уже в 1906 году, после представления Академии официального отчета об экспедициях, Колчак возвращается на военную службу. Горечь и потрясение, пережитые им и многими другими патриотически настроенными молодыми офицерами от разгрома и фактической гибели родного флота в минувшую войну, под Порт-Артуром и Цусимой, побудили их на основе собственного боевого опыта и с учетом уроков войны в целом к разработке программы возрождения флота и его коренной технической и организационной модернизации. Война с Японией преподнесла русским морякам жестокий урок, и лучшие из них не допустили того, чтобы этот урок прошел даром.
Одним из первых результатов настойчивых записок Колчака и его единомышленников стало создание в том же 1906 году Морского генерального штаба – специального органа по разработке оперативно-тактических, технических и организационных планов подготовки флота к войне. Наряду с ним, сохранился и Главный морской штаб, по-прежнему ведавший кадровым составом флота и административно-хозяйственными вопросами.
Сразу же после образования Морского генерального штаба Колчак, вскоре произведенный в капитаны 2-го ранга, получил назначение в него в качестве начальника статистического отдела. Вдруг он оказался, можно сказать, «не по чину», одной из ключевых фигур в деле разработки программы возрождения флота. Его талант засверкал новыми гранями. Как генератор идей и организатор он проявляет завидную энергию и оказывает большое влияние на офицерскую молодежь. Вокруг него группируется кружок единомышленников – молодых офицеров, прозванных в шутку «младотурками», который выступает вскоре с развернутой и обоснованной по всем статьям программой.
Параллельно капитан Колчак становится экспертом комиссии по обороне Государственной Думы, возглавляемой лидером партии октябристов, энтузиастом развития военной мощи России А.И. Гучковым, выступает с докладами в этой комиссии и в различных общественных собраниях.
Было ясно, что причиной трагедии русского флота в войне с Японией стала наша отсталость. Флот был большой, но корабли строились хаотично, без всякого плана, имели разнокалиберные орудия, слабую броню, плохо стреляли. В руководстве флота засели старые косные адмиралы, мыслившие отжившими категориями; по признанию самого Колчака, единственным светлым деятелем флота в доцусимский период был все тот же вице-адмирал С.О. Макаров. Боевая подготовка была очень слаба, далека от новых требований. Все эти обстоятельства и привели к трагедии Порт-Артура и Цусимы.
В Морском генштабе, который моряки сокращенно называли «Генмор», Колчак возглавлял комиссию по изучению военных причин цусимского разгрома. В частности, он пришел к выводу, что серьезной ошибкой русского командования было непринятие мер к нарушению радиосвязи у японцев, сыгравшей колоссальную роль в ходе боя.
Наиболее сложной проблемой после поражения в войне с Японией было восстановление материально-технической базы флота с использованием новейших достижений науки и техники в области кораблестроения, вооружения и технических средств. Но прежде надо было определить, какой флот нужен России. Единой точки зрения по этому вопросу не было. В печати и публичных выступлениях офицеров различных рангов высказывались диаметрально противоположные взгляды. Одни настаивали на приоритетном развитии стратегических, линейных сил флота, другие отдавали первенство минно-торпедным силам, третьи – строительству подводных лодок, четвертые вообще считали, что России, как континентальной державе, не нужен большой флот.
В противоположность сторонникам содержания для России лишь «малого» флота, достаточного для обороны побережий, Колчак выступает убежденным поборником строительства мощного линейного флота для выполнения самых широких стратегических задач.
