Примером тому является прежде всего учение дьяка Матвея Башкина, который был осужден в 1553 году за «протестантскую ересь» и сослан в Волоколамский монастырь. Для него было характерно понимание евхаристии как символа, то есть так, как это типично для протестантов, отрицание икон, функций священнической иерархии и отделение мирян и клира, понимание церкви как собрания равноправных членов. Его непосредственным воспреемником стал монах Феодосий Косой. Некоторые представления о его учении можно почерпнуть из полемических трудов Зиновия Отенского, которые, к сожалению, не позволяют иметь ясное представление о положительных сторонах этого учения. Но все же можно сделать выводы о сходстве учения Башкина и Косого. После бегства Феодосия Косого его учение получило некоторое распространение в Литве.
Особая страница истории протестантства в России открывается во время правления Петра I. При нем начинается проникновение европейской науки, представленной лучшими учеными-протестантами. Как известно, Петр был страстным поклонником европейской цивилизации и совершенно естественно сочувствовал протестантизму. Протестантские историки даже подчеркивают особое отношение Петра к Лютеру. Однако нельзя сказать, что отношение к протестантизму в целом изменилось. Все же «Уложение» царя Алексея не было отменено: протестантская проповедь русскому народу была запрещена, браки православных и протестантов разрешались только при условии, что дети будут крещены и воспитаны в православии.
При Петре протестантские общины были распространены повсеместно. Во многих городах строились кирхи. Общины возникали даже при заводах и фабриках. Но наиболее яркими представителями протестантского учения были ближайшие сподвижники царя-реформатора.
Яков Брюс (1669–1735) — представитель знатного шотландского рода Брюсов. Участвовал в становлении русской артиллерии во время Северной войны. В 1702 году открыл первую в России обсерваторию при Навигацкой школе в Москве, которая размещалась в Сухаревой башне. В 1716 году принимал участие в составлении воинского артикула. Позже назначен сенатором и президентом Берг- и Мануфактур-коллегий. Был одним из образованнейших людей России, владел крупнейшей библиотекой, почти исключительно научно-технического и справочного содержания.
Франц Лефорт (1656–1699) приехал в Россию из Голландии еще в 1674 году, служил в чине капитана. Позже прочно осел в Москве, выучил русский язык и верно служил русскому государю. Благодаря его деятельности в России появились армия европейского образца и флот.
Особую роль сыграли протестанты при становлении Российской Академии наук. Так, немецкий славист Генрих Лудольф составил первую грамматику русского языка. Рождение русской истории как науки состоялось при участии петровских академиков Миллера, Байера, Штритера и Шлецера. Пробст Иоганн Эрнст Глюк с 1703 года обучал русских дворян иностранным языкам, а с 1704 года открыл в Москве гимназию для юношей. Особенно сильное влияние оказали иностранцы на отечественную науку после создания Санкт-Петербургской Академии наук в 1725 году, подбором кадров для которой руководил лютеранин, лейб-медик Лаврентий Блюментрост. В 1725–1799 годах из 111 академиков Российской Академии наук 71 были протестантами немецкого происхождения.
Отечественный театр также начался благодаря усилиям протестантов. В 1702 году Петром I был создан Публичный театр, рассчитанный на массовую публику. Специально для него на Красной площади в Москве было выстроено здание — «Комедиальная храмина», где проходили спектакли немецкой труппы Иоганна Кунста. В репертуаре были иностранные пьесы. Однако дело тогда не пошло, и театральное дело на некоторое время пришло в упадок.
Одним из потрясающих примеров такого служения России является Федор Гааз (1780-1853) — «святой доктор», как его назвали российские заключенные, которым он посвятил большую часть своей жизни. Приехав в Москву из своего родного города Мюнстерайфеля близ Кельна, он вначале занял должность главного врача Павловской клиники, а после стал главным врачом всех московских тюремных больниц. Его деятельность, а особенно отношение к заключенным, поражали всех. Он тратил собственные средства, требовал пересмотра дел и даже изобрел облегченные кандалы, испытав их на самом себе. Драматичность ситуации хорошо передает один из диалогов Гааза с митрополитом Филаретом. Однажды, во время очередной встречи, митрополит воскликнул: «Что вы с ними возитесь. Они же преступники. Если человек осужден, то он не может быть невиновным». Его собеседник ответил: «Владыко, вы забыли о Христе». Похороны Федора Гааза превратились в пятидесятитысячное шествие, а лейтмотивом его жизни стала поговорка, сложенная заключенными: «У Гааза нет отказа».