Кальвинисты, и особенно анабаптисты, появившиеся на исторической арене чуть позже лютеранства, пошли намного дальше. В их практике уже проявилось явное желание отмежеваться не просто от тех или иных аспектов учения и практики католичества, но вообще перестроить само церковное устройство. Так возникла характерная протестантская традиция, исповедующая более упрощенную систему церковной иерархии и церковного убранства. Так, например, Кальвин выдвинул принцип, что из церкви должно быть убрано все, что в Библии не требуется. Посему большинство протестантских храмов до сих пор выглядят довольно аскетично, а голые стены являются не признаком бедности, а выражением особого богословского подхода к церковной жизни. Но подробнее об этом будет рассмотрено в главе об отношении протестантов к церковному искусству. Анабаптисты, к сожалению, проявили себя во многом с негативной стороны. Можно сказать, что в их деятельности проявились издержки протестантской традиции. Принцип свободы вероисповедания и церковного управления был доведен до крайней формы радикализма. Характерными примерами можно назвать призывы к насильственному ниспровержению существующего строя (хоть и не всеми анабаптистами поддерживаемые), а также попытка установления теократического правления в коммуне города Мюнстера, фактически вылившаяся в жесткую диктатуру ряда лидеров движения. Подобные крайности, проявленные рядом анабаптистских лидеров, фактически привели к исчезновению этого движения в Европе. Некоторое влияние их учения можно проследить в движении меннонитов и в нескольких более мелких направлениях.
Более поздняя волна протестантских течений, безусловно, была основана на принципах, провозглашенных в начале реформационного движения. В основном они были вдохновлены стремлением к духовному возрождению посредством возвращения к первообразу ранней христианской церкви, описанной в текстах Нового Завета. Для второй волны характерно возникновение движения гугенотов во Франции, пуритан и баптистов в Англии. Фактически гугеноты и пуритане являлись представителями более раннего кальвинизма, вышедшего за пределы Швейцарии, где он возник благодаря усилиям Жана Кальвина. Позже из пуританского движения возникли два основных направления, существенно повлиявшие на картину протестантского мира. Эти направления различались в вопросе подхода к церковному управлению. Одни пуритане ратовали за полную свободу церковных общин и наиболее верной формой управления считали конгрегациональную, что привело к возникновению конгрегационалистов. Впоследствии именно этот вариант пуританизма очень хорошо прижился в колониях Северной Америки и существенно повлиял на религиозные настроения в США. Известный эпизод путешествия корабля «Мейфлауэр» в 1620 году связан именно с переселением пуритан. Второе направление придерживалось иных взглядов на церковное управление и пришло к созданию пресвитерианской формы, занявшей промежуточную позицию между принятой в католичестве епископальной и конгрегациональной. Она положила начало пресвитерианской деноминации в протестантстве.
Формально первая община баптистов возникла в Амстердаме в 1609 году, куда ее члены перебрались из Англии, спасаясь от гонений на своей родине. Баптизм испытал очень сильное влияние пуритан-конгрегационалистов, откуда был унаследован подход к церковному управлению, простота церковного убранства, строгость в вопросах морали и нравственности, аскетичность в повседневной жизни, ответственный подход к труду. Также для этой общины было характерно принятие крещения исключительно во взрослом возрасте, поскольку они считали, что веру человек должен выбирать сознательно. Позже, после ослабления гонений в Англии, многие баптисты вернулись на родину, а оттуда движение попало в Северную Америку. Именно баптисты основали колонию Род-Айленд, где были провозглашены принципы свободы вероисповедания.
В дальнейшем в протестантстве возник еще ряд течений. Например, в XVIII веке появились методисты, в XIX — адвентисты, пятидесятники, Армия Спасения. В XX веке пятидесятническое движение породило харизматическое, или неопятидесятническое, движение.
