У киевского отделения Союза была своя молодежная секция «Двуглавый орел». Одним из ее вожаков был студент Владимир Голубев. Он первым предположил, что убийство Андрея Ющинского носило ритуальный характер. Он был «умучен жидами» с целью получения «крови христианских младенцев». Близилась еврейская пасха, а согласно кровавому навету, кровь нужна для выпечки мацы.
Уже во время похорон Андрея Ющинского на кладбище членами «Двуглавого орла» были разбросаны листовки: «Русские люди! Если Вам дороги Ваши дети, бейте жидов! Бейте до тех пор, пока хоть один жид будет в России! Пожалейте ваших детей! Отомстите за невинных страдальцев! Пора! Пора!» Голубев начал проводить независимое расследование. И именно он первым высказал предположение о виновности Мейера Бейлиса.
На Лукьяновке жила некая Вера Чеберяк. По сведениям полиции она занималась скупкой краденого, а двое ее сыновей, Андрей и Женя, «употреблялись воровской компанией для выполнения разных поручений и таким образом являлись посвященными в тайны собиравшегося в притоне Чеберяковой общества». Женя Чеберяк – сверстник и приятель Андрея Ющинского.
Голубеву удалось получить сведения: фонарщик Казимир Шаховской видел, что Бейлис с неизвестным хасидом в 8 часов 12 марта гнался за Андреем Ющинским, когда тот играл на территории завода Зайцева. И это был последний раз, когда Андрея видели живым.
Собственно арест Менделя Бейлиса произошел 22 июня 1911 года. К этому времени местные отделения «Союза русского народа» засыпают власти телеграммами с требованием найти и покарать убийц-евреев. Парламентские запросы посылают правые фракции Государственной думы. Это могущественные союзники правительства, не считаться с ними невозможно.
Министр юстиции Иван Щегловитов указывает киевскому прокурору Г. Чаплинскому: «Поручаю Вашему Превосходительству иметь личное наблюдение за производством следствия об убийстве мальчика Ющинского. Ожидаю подробных периодических донесений».
С этого момента следствие начинает работать против Бейлиса. Для этого есть и определенная общественная атмосфера: в августе 1911 г. в Киеве еврей Дмитрий Богров убивает премьер-министра Российской империи Петра Столыпина. Появляются и новые свидетели виновности Бейлиса. На него указывает, в частности, Женя Чеберяк и его две маленькие сестры. В отсутствие матери (она была арестована) дети заболели дизентерией. Выйдя из тюрьмы, Чеберяк перевезла их к себе домой.
8 августа Женя умер, через неделю умерла его сестра Валентина. В бреду умирающий мальчик постоянно повторял: «Андрюша, Андрюша, не кричи! Андрюша, Андрюша, стреляй!» Мать постоянно держала его на руках и, когда он приходил в себя, просила: «Скажи агентам, что я по этому делу ничего не знаю», на что Женя отвечал: «Мама, не говори мне про это, мне очень больно». Чеберяк не дала сыну исповедоваться, хотя он явно хотел что-то сказать.
13 мая1913г. дело по обвинению Бейлиса в убийстве Андрея Ющинского, совершенного с особой жестокостью, передали в суд. Улики были очень слабыми, это осознавали и в Петербурге, и в Киеве.
Для того чтобы проверить работу киевского следствия, Щегловитов послал тайного ревизора, знаменитого сыщика Аркадия Кошко. По возвращении тот сказал министру юстиции: «Я бы никогда не нашел возможность арестовать и держать Бейлиса годами в тюрьме по тем весьма слабым уликам, которые есть против него в деле». Министр внутренних дел Макаров писал Щегловитову: «Есть основания предполагать, что судебный процесс окончится оправданием обвиняемого за невозможностью доказать его виновность». Щегловитов рассердился. Он сказал Кошко: «Из ваших слов я вижу, что евреи на предстоящем процессе не нашли бы лучшего защитника, чем вы!» Возвращаясь в Москву, Кошко, по собственному признанию, полагал, что карьера его завершена. (Чего, кстати, не произошло; позже он стал начальником Всероссийского уголовного розыска).
Суд длился месяц. Обвинение столкнулось с рядом трудностей. Свидетели меняли показания. Записка, которую Бейлис якобы передал своей жене через одного из вышедших на свободу заключенных (в записке было косвенное признание, оно заключалось в совете жене оплатить издержки нового свидетеля), оказалась написана не почерком обвиняемого.
